Exclusive Agency for Korea

Log masuk BMKCloud

Produk

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Penjujukan amplicon dengan teknologi Illumina, yang menyasarkan secara khusus penanda genetik 16S, 18S dan ITS, ialah kaedah yang berkuasa untuk membongkar kelimpahan filogeni, taksonomi dan spesies dalam komuniti mikrob. Pendekatan ini melibatkan penjujukan kawasan hipervariable bagi penanda genetik pengemasan. Pada asalnya diperkenalkan sebagai cap jari molekul olehWoeses et alpada tahun 1977, teknik ini telah merevolusikan pemprofilan mikrobiom dengan membolehkan analisis bebas pengasingan. Melalui penjujukan 16S (bakteria), 18S (kulat), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), penyelidik boleh mengenal pasti bukan sahaja spesies yang banyak tetapi juga yang jarang dan tidak dikenal pasti. Diguna pakai secara meluas sebagai alat penting, penjujukan amplikon telah menjadi penting dalam membezakan komposisi mikrob yang berbeza merentas pelbagai persekitaran, termasuk mulut manusia, usus, najis dan seterusnya.

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Bioinformatik

Keputusan Demo

Penerbitan pilihan

Ciri Perkhidmatan

● Platform penjujukan: Illumina NovaSeq.

● Penguatan wilayah pendek 16S, 18S dan ITS, antara sasaran penguatan yang lain.

● Pilihan amplikon yang fleksibel.

● Pengalaman projek sebelumnya dengan pelbagai sasaran amplifikasi.

Kelebihan Perkhidmatan

●Bebas pengasingan:Pengenalpastian pantas komposisi mikrob dalam sampel persekitaran.

●Resolusi Tinggi: Dalam komponen rendah yang banyak dalam sampel persekitaran.

●Berkenaan secara meluas: Kajian komuniti mikrob yang pelbagai.

●Analisis Bioinformatik Komprehensif: Pakej QIIME2 terkini (wawasan kuantitatif ke dalam ekologi mikrob) dengan pelbagai analisis dari segi pangkalan data, anotasi, OTU/ASV.

●Kepakaran Luas: Dengan 150 ribu projek penjujukan amplikon dijalankan setiap tahun, BMKGENE membawa lebih sedekad pengalaman, pasukan analisis berkemahiran tinggi, kandungan komprehensif dan sokongan pasca jualan yang sangat baik.

Spesifikasi Perkhidmatan

Perpustakaan	Strategi Penjujukan	Data disyorkan
Amplicon	Illumina PE250	50/100/300K tag (Baca Pasangan)

Keperluan Perkhidmatan

Kepekatan (ng/µL)	Jumlah amaun (ng)	Isipadu (µL)
≥1	≥200	≥20

● Tanah/enapcemar: 1-2g
● Kandungan usus-haiwan: 0.5-2g
● Kandungan usus-serangga: 0.1-0.25g
● Permukaan tumbuhan (sedimen diperkaya): 0.1-0.5g
● sedimen diperkaya sup penapaian): 0.1-0.5g
● Najis (haiwan besar): 0.5-2g
● Najis (tikus): 3-5butir
● Cecair lavage alveolar pulmonari: kertas penapis
● Sapuan faraj: 5-6 sapuan
● Sapuan kulit/kemaluan/air liur/tisu lembut mulut/sapuan pharyngeal/sapu rektum: 2-3 sapuan
● Mikroorganisma permukaan: kertas penapis
● Badan air/udara/biofilem: kertas penapis
● Endofit: 1-2g
● Plak Pergigian: 0.5-1g

Aliran Kerja Perkhidmatan

Contoh penghantaran

Pembinaan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Perkhidmatan selepas jualan

Sebelumnya: Penjujukan Semula Seluruh Genom Bakteria dan Kulat

Seterusnya: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Termasuk analisis berikut:

Kawalan kualiti data mentah
Pengelompokan OTU /De-noise(ASV)
anotasi OTU
Analisis kepelbagaian alfa: pelbagai indeks, termasuk Shannon, Simpson dan ACE.
Analisis kepelbagaian beta
Analisis antara kumpulan
Analisis korelasi: antara faktor persekitaran dan komposisi dan kepelbagaian OUT
Ramalan gen berfungsi 16S

Histogram taburan taksonomi

peta haba pengelompokan kelimpahan taksonomi

Analisis kepelbagaian alfa: keluk rarefaction

analisis kepelbagaian beta: NMDS

Analisis antara kumpulan: penemuan biomarker LEFSE

Terokai kemajuan yang difasilitasi oleh perkhidmatan penjujukan amplikon BMKGene dengan Illumina melalui koleksi penerbitan yang dipilih susun.

Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.

Li, Y. et al. (2023) 'Pemindahan konsortia bakteria sintetik untuk rawatan vaginosis bakteria yang disebabkan oleh Gardnerella vaginalis pada tikus', Microbiome, 11(1), ms 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y

Yang, J., Fu, Y. dan Liu, H. (2022) 'Mikrobiom habuk udara yang dikumpul semasa eksperimen sokongan hayat bioregeneratif tertutup berasaskan darat "Istana Lunar 365"', Mikrobiom Alam Sekitar, 17(1), ms. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/RAJAH/8.

Yin, S. et al. (2022) 'Kelimpahan gen berfungsi yang bergantung kepada bahan suapan yang berkaitan dengan transformasi nitrogen mengawal kehilangan nitrogen dalam pengkomposan', Teknologi Sumber Bio, 361, hlm. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.