● NovaSeq वर PE150 सह अनुक्रम.
● दुहेरी बारकोडिंगसह लायब्ररीची तयारी, 1000 हून अधिक नमुने एकत्र करणे सक्षम करणे.
● हे तंत्र संदर्भ जीनोमसह किंवा त्याशिवाय वापरले जाऊ शकते, प्रत्येक केससाठी वेगवेगळ्या बायोइन्फॉर्मेटिक पाइपलाइनसह:
संदर्भ जीनोमसह: SNP आणि InDel शोध
संदर्भ जीनोमशिवाय: नमुना क्लस्टरिंग आणि SNP शोध
● मध्येसिलिको मध्येप्री-डिझाइन स्टेज मल्टिपल रिस्ट्रिक्शन एन्झाइम कॉम्बिनेशन्स जीनोमच्या बाजूने SLAF टॅग्जचे एकसमान वितरण निर्माण करणारे शोधण्यासाठी तपासले जातात.
● पूर्व-प्रयोगादरम्यान, 9 SLAF लायब्ररी तयार करण्यासाठी 3 नमुन्यांमध्ये तीन एन्झाईम संयोगांची चाचणी केली जाते आणि या माहितीचा वापर प्रकल्पासाठी इष्टतम प्रतिबंधित एन्झाइम संयोजन निवडण्यासाठी केला जातो.
●उच्च अनुवांशिक मार्कर शोध: उच्च-थ्रूपुट दुहेरी बारकोड प्रणाली एकत्रित केल्याने मोठ्या लोकसंख्येच्या एकाचवेळी क्रमवारीसाठी अनुमती मिळते आणि लोकस-विशिष्ट प्रवर्धन कार्यक्षमता वाढवते, हे सुनिश्चित करते की टॅग संख्या विविध संशोधन प्रश्नांच्या विविध आवश्यकता पूर्ण करतात.
● जीनोमवर कमी अवलंबित्व: हे संदर्भ जीनोमसह किंवा त्याशिवाय प्रजातींवर लागू केले जाऊ शकते.
●लवचिक योजना डिझाइन: एकल-एंझाइम, दुहेरी-एंझाइम, बहु-एंझाइम पचन आणि विविध प्रकारचे एन्झाईम्स या सर्व वेगवेगळ्या संशोधन उद्दिष्टे किंवा प्रजाती पूर्ण करण्यासाठी निवडल्या जाऊ शकतात. दसिलिको मध्येइष्टतम सजीवांच्या शरीरात निर्मार्ण होणारे द्रव्य डिझाइन सुनिश्चित करण्यासाठी पूर्व-डिझाइन केले जाते.
● एंजाइमॅटिक पचन मध्ये उच्च कार्यक्षमता: एक च्या वहनसिलिको मध्येपूर्व-डिझाइन आणि पूर्व-प्रयोगाने गुणसूत्रावर SLAF टॅगचे समान वितरण (1 SLAF टॅग/4Kb) आणि कमी पुनरावृत्ती अनुक्रम (<5%) सह इष्टतम डिझाइनची खात्री दिली.
●विस्तृत कौशल्य: वनस्पती, सस्तन प्राणी, पक्षी, कीटक आणि जलचरांसह शेकडो प्रजातींवरील 5000 SLAF-Seq प्रकल्प बंद करण्याच्या ट्रॅक रेकॉर्डसह आमचा कार्यसंघ प्रत्येक प्रकल्पासाठी अनुभवाचा खजिना आणतो.
● स्वयं-विकसित बायोइन्फॉर्मेटिक वर्कफ्लो: BMKGENE ने अंतिम आउटपुटची विश्वासार्हता आणि अचूकता सुनिश्चित करण्यासाठी SLAF-Seq साठी एकात्मिक जैव सूचनात्मक कार्यप्रवाह विकसित केला आहे.
विश्लेषणाचा प्रकार | शिफारस केलेले लोकसंख्या स्केल | अनुक्रम धोरण | |
टॅग अनुक्रमांची खोली | टॅग क्रमांक | ||
अनुवांशिक नकाशे | 2 पालक आणि > 150 अपत्ये | पालक: 20x WGS संतती: 10x | जीनोम आकार: <400 Mb: WGS ची शिफारस केली जाते <1Gb: 100K टॅग 1-2Gb:: 200K टॅग >2Gb: 300K टॅग कमाल 500k टॅग |
जीनोम-वाइड असोसिएशन स्टडीज (GWAS) | ≥200 नमुने | 10x | |
अनुवांशिक उत्क्रांती | ≥30 नमुने, प्रत्येक उपसमूहातील >10 नमुने | 10x |
एकाग्रता ≥ 5 ng/µL
एकूण रक्कम ≥ 80 एनजी
नॅनोड्रॉप OD260/280=1.6-2.5
Agarose जेल: नाही किंवा मर्यादित ऱ्हास किंवा दूषितता
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब
(बहुतेक नमुन्यांसाठी, आम्ही इथेनॉलमध्ये जतन न करण्याची शिफारस करतो)
नमुना लेबलिंग: नमुना माहिती फॉर्म सबमिट करण्यासाठी नमुने स्पष्टपणे लेबल केलेले आणि एकसारखे असणे आवश्यक आहे.
शिपमेंट: ड्राय-बर्फ: नमुने प्रथम पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
संदर्भ जीनोमसाठी मॅपिंग
संदर्भ जीनोमशिवाय: क्लस्टरिंग
गुणसूत्रांवर SLAF टॅगचे वितरण:
गुणसूत्रांवर SNP चे वितरण:
वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अर्ज |
2022 | निसर्ग संप्रेषण | १७.६९४ | गीगा-क्रोमोसोमचा जीनोमिक आधार आणि ट्री पेनीचा गिगा-जीनोम Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 | नवीन फायटोलॉजिस्ट | ७.४३३ | मधील कृषिशास्त्रीय महत्त्व असलेल्या जीनोमिक क्षेत्रांना घरगुती पायाचे ठसे नांगरतात सोयाबीन | SLAF-GWAS |
2022 | प्रगत संशोधन जर्नल | १२.८२२ | G. हर्सुटममध्ये गॉसिपियम बार्बाडेन्सचे जीनोम-व्यापी कृत्रिम प्रवेश कापूस फायबर गुणवत्ता आणि उत्पन्नाच्या एकाच वेळी सुधारण्यासाठी उत्कृष्ट स्थान प्रकट करा वैशिष्ट्ये | SLAF - उत्क्रांती आनुवंशिकी |
2019 | आण्विक वनस्पती | १०.८१ | लोकसंख्या जीनोमिक विश्लेषण आणि डी नोव्हो असेंब्ली विडीचे मूळ प्रकट करते एक उत्क्रांतीवादी खेळ म्हणून तांदूळ | SLAF - उत्क्रांती आनुवंशिकी |
2019 | नेचर जेनेटिक्स | ३१.६१६ | सामान्य कार्प, सायप्रिनस कार्पिओचा जीनोम अनुक्रम आणि अनुवांशिक विविधता | SLAF-लिंकेज नकाशा |
2014 | नेचर जेनेटिक्स | २५.४५५ | लागवड केलेल्या शेंगदाण्याचे जीनोम शेंगाच्या कॅरिओटाइप, पॉलीप्लॉइडची अंतर्दृष्टी प्रदान करते उत्क्रांती आणि पीक पाळीवपणा. | SLAF-लिंकेज नकाशा |
2022 | प्लांट बायोटेक्नॉलॉजी जर्नल | ९.८०३ | ST1 ची ओळख बियाणे आकारविज्ञानाच्या हिचहाइकिंगचा समावेश असलेली निवड प्रकट करते आणि सोयाबीन पाळीव करताना तेलाचे प्रमाण | SLAF-मार्कर विकास |
2022 | आंतरराष्ट्रीय आण्विक विज्ञान जर्नल | ६.२०८ | गहू-लेयमस मॉलिस 2Ns (2D) साठी ओळख आणि डीएनए मार्कर विकास डिसोमिक क्रोमोसोम प्रतिस्थापन | SLAF-मार्कर विकास |
वर्ष | जर्नल | IF | शीर्षक | अर्ज |
2023 | वनस्पती विज्ञान मध्ये आघाडीवर | ६.७३५ | Pyrus pyrifolia ची फळे पिकवताना साखर सामग्रीचे QTL मॅपिंग आणि ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण | अनुवांशिक नकाशा |
2022 | प्लांट बायोटेक्नॉलॉजी जर्नल | ८.१५४ | ST1 ची ओळख सोयाबीनच्या पाळीव प्रक्रियेदरम्यान बियाणे आकारविज्ञान आणि तेल सामग्रीचा हिचहाइकिंगचा समावेश असलेली निवड प्रकट करते
| SNP कॉलिंग |
2022 | वनस्पती विज्ञान मध्ये आघाडीवर | ६.६२३ | जीनोम-वाइड असोसिएशन मॅपिंग ऑफ हललेस बेरली फेनोटाइप इन ड्रॉट एन्व्हायर्नमेंट.
| GWAS |