-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग -एनजीएस
मेटाजेनोम हा पर्यावरणीय आणि मानवी मेटाजेनोम्स सारख्या जीवांच्या मिश्र समुदायाच्या एकूण अनुवांशिक सामग्रीचा संग्रह आहे. यात लागवडीयोग्य आणि अकृषक अशा दोन्ही सूक्ष्मजीवांचे जीनोम आहेत. NGS सह शॉटगन मेटाजेनॉमिक सीक्वेन्सिंगमुळे पर्यावरणीय नमुन्यांमध्ये एम्बेड केलेल्या या क्लिष्ट जीनोमिक लँडस्केपचा अभ्यास वर्गीकरणात्मक प्रोफाइलिंग पेक्षा अधिक प्रदान करून, प्रजाती विविधता, विपुलता गतिशीलता आणि जटिल लोकसंख्येच्या संरचनांबद्दल बारीक अंतर्दृष्टी प्रदान करून सक्षम करते. वर्गीकरणाच्या अभ्यासाच्या पलीकडे, शॉटगन मेटाजेनॉमिक्स एक कार्यात्मक जीनोमिक्स दृष्टीकोन देखील प्रदान करते, ज्यामुळे एन्कोड केलेल्या जनुकांचा शोध आणि पर्यावरणीय प्रक्रियांमध्ये त्यांची भूमिका सक्षम होते. शेवटी, अनुवांशिक घटक आणि पर्यावरणीय घटक यांच्यातील परस्परसंबंध नेटवर्कची स्थापना सूक्ष्मजीव समुदाय आणि त्यांच्या पर्यावरणीय पार्श्वभूमीमधील गुंतागुंतीच्या परस्परसंवादाच्या समग्र समजामध्ये योगदान देते. शेवटी, मेटाजेनॉमिक सिक्वेन्सिंग हे विविध सूक्ष्मजीव समुदायांच्या जीनोमिक गुंतागुंत उलगडण्यासाठी, या जटिल परिसंस्थांमधील आनुवंशिकता आणि पर्यावरणातील बहुआयामी संबंधांना प्रकाश देणारे एक महत्त्वाचे साधन आहे.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq आणि DNBSEQ-T7
-
मेटाजेनोमिक सिक्वेन्सिंग-TGS
मेटाजेनोम हा पर्यावरणीय आणि मानवी मेटाजेनोम्स सारख्या जीवांच्या मिश्र समुदायाच्या अनुवांशिक सामग्रीचा संग्रह आहे. यात लागवडीयोग्य आणि अकृषक अशा दोन्ही सूक्ष्मजीवांचे जीनोम आहेत. मेटाजेनॉमिक सिक्वेन्सिंगमुळे वर्गीकरणापेक्षा अधिक प्रदान करून पर्यावरणीय नमुन्यांमध्ये एम्बेड केलेल्या या गुंतागुंतीच्या जीनोमिक लँडस्केपचा अभ्यास करणे शक्य होते. एनकोड केलेल्या जनुकांचा आणि पर्यावरणीय प्रक्रियेतील त्यांच्या महत्त्वाच्या भूमिकांचा शोध घेऊन ते कार्यात्मक जीनोमिक्स दृष्टीकोन देखील प्रदान करते. इलुमिना सिक्वेन्सिंगसह पारंपारिक शॉटगन पद्धतींचा वापर मेटाजेनोमिक अभ्यासांमध्ये मोठ्या प्रमाणावर केला जात असताना, नॅनोपोर आणि पॅकबायो लाँग-रीड सिक्वेन्सिंगच्या आगमनाने क्षेत्र बदलले आहे. नॅनोपोर आणि PacBio तंत्रज्ञान डाउनस्ट्रीम बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषणे वाढवतात, विशेषत: मेटाजेनोम असेंबली, अधिक सतत असेंब्ली सुनिश्चित करते. अहवाल सूचित करतात की नॅनोपोर-आधारित आणि PacBio-आधारित मेटाजेनोमिक्सने जटिल मायक्रोबायोम्स (मॉस, ईएल, एट अल., नेचर बायोटेक, 2020) पासून यशस्वीरित्या पूर्ण आणि बंद जिवाणू जीनोम तयार केले आहेत. इलुमिना रीड्ससह नॅनोपोर रीड्स एकत्रित केल्याने त्रुटी सुधारण्यासाठी एक धोरणात्मक दृष्टीकोन उपलब्ध होतो, ज्यामुळे नॅनोपोरची अंतर्निहित कमी अचूकता कमी होते. हे सिनर्जिस्टिक कॉम्बिनेशन प्रत्येक सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मच्या सामर्थ्याचा फायदा घेते, संभाव्य मर्यादांवर मात करण्यासाठी आणि मेटाजेनोमिक विश्लेषणांची अचूकता आणि विश्वासार्हता वाढविण्यासाठी एक मजबूत उपाय ऑफर करते.
प्लॅटफॉर्म: Nanopore PromethION 48, Illumia आणि PacBio Revio
-
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रमण (WGBS)
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (WGBS) ही DNA मेथिलेशनच्या सखोल शोधासाठी सुवर्ण-मानक पद्धत आहे, विशेषत: सायटोसिन (5-mC) मधील पाचवे स्थान, जीन अभिव्यक्ती आणि सेल्युलर क्रियाकलापांचे मुख्य नियामक. WGBS च्या अंतर्निहित तत्त्वामध्ये बिसल्फाईट उपचारांचा समावेश आहे, मेथाइलेटेड सायटोसाइन अपरिवर्तित सोडताना, unmethylated cytosines चे uracil (C ते U) मध्ये रूपांतर करणे. हे तंत्र सिंगल-बेस रिझोल्यूशन ऑफर करते, संशोधकांना मेथिलोमची सर्वसमावेशकपणे तपासणी करण्यास आणि विविध परिस्थितींशी संबंधित असामान्य मेथिलेशन पॅटर्न उघड करण्यास अनुमती देते, विशेषत: कर्करोग. WGBS चा वापर करून, शास्त्रज्ञ जीनोम-व्यापी मेथिलेशन लँडस्केपमध्ये अतुलनीय अंतर्दृष्टी मिळवू शकतात, विविध जैविक प्रक्रिया आणि रोगांना अंतर्भूत असलेल्या एपिजेनेटिक यंत्रणेची सूक्ष्म माहिती प्रदान करतात.
-
उच्च थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग (ATAC-seq) सह ट्रान्सपोसेस-ॲक्सेसिबल क्रोमॅटिनसाठी परख
ATAC-seq हे उच्च-थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग तंत्र आहे जे जीनोम-वाइड क्रोमॅटिन प्रवेशयोग्यता विश्लेषणासाठी वापरले जाते. याचा वापर जनुक अभिव्यक्तीवर जागतिक एपिजेनेटिक नियंत्रणाच्या जटिल यंत्रणेची सखोल माहिती प्रदान करतो. सिक्वेन्सिंग अडॅप्टर्स टाकून खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्रांना एकाच वेळी खंडित करण्यासाठी आणि टॅग करण्यासाठी ही पद्धत हायपरएक्टिव्ह Tn5 ट्रान्सपोसेस वापरते. त्यानंतरच्या PCR प्रवर्धनाचा परिणाम अनुक्रमणिका लायब्ररीच्या निर्मितीमध्ये होतो, जे विशिष्ट अवकाश-वेळ परिस्थितींनुसार खुल्या क्रोमॅटिन प्रदेशांची सर्वसमावेशक ओळख करण्यास अनुमती देते. ATAC-seq प्रवेशयोग्य क्रोमॅटिन लँडस्केप्सचे एक समग्र दृश्य प्रदान करते, ज्या पद्धती पूर्णपणे ट्रान्सक्रिप्शन घटक बंधनकारक साइट्स किंवा विशिष्ट हिस्टोन-सुधारित क्षेत्रांवर केंद्रित असतात. या खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्रांचे अनुक्रम करून, ATAC-seq सक्रिय नियामक अनुक्रम आणि संभाव्य ट्रान्सक्रिप्शन घटक बंधनकारक साइटची अधिक शक्यता असलेले क्षेत्र प्रकट करते, जीनोममधील जनुक अभिव्यक्तीच्या डायनॅमिक मॉड्यूलेशनमध्ये मौल्यवान अंतर्दृष्टी देते.
-
16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-PacBio
16S आणि 18S rRNA जीन्स, इंटर्नल ट्रान्स्क्राइब्ड स्पेसर (ITS) क्षेत्रासह, अत्यंत संरक्षित आणि हायपर-व्हेरिएबल प्रदेशांच्या संयोगामुळे निर्णायक आण्विक फिंगरप्रिंटिंग मार्कर म्हणून काम करतात, ज्यामुळे ते प्रोकॅरियोटिक आणि युकेरियोटिक जीवांचे वैशिष्ट्य दर्शवण्यासाठी अमूल्य साधने बनतात. या प्रदेशांचे प्रवर्धन आणि अनुक्रम विविध परिसंस्थांमध्ये सूक्ष्मजीव रचना आणि विविधता तपासण्यासाठी अलगाव-मुक्त दृष्टीकोन देतात. इल्युमिना सिक्वेन्सिंग सामान्यत: 16S आणि ITS1 च्या V3-V4 सारख्या लहान हायपरव्हेरिएबल प्रदेशांना लक्ष्य करते, असे दिसून आले आहे की 16S, 18S आणि ITS च्या संपूर्ण लांबीच्या अनुक्रमाने उत्कृष्ट वर्गीकरण भाष्य साध्य करता येते. या सर्वसमावेशक पध्दतीचा परिणाम अचूकपणे वर्गीकृत अनुक्रमांच्या उच्च टक्केवारीत होतो, ज्यामुळे प्रजातींच्या ओळखापर्यंत विस्तारित रेझोल्यूशनची पातळी प्राप्त होते. PacBio चे सिंगल-मॉलिक्युल रिअल-टाइम (SMRT) सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्म अत्यंत अचूक लाँग रीड्स (HiFi) प्रदान करून वेगळे आहे जे पूर्ण-लांबीचे ॲम्प्लिकॉन कव्हर करते, इलुमिना सिक्वेन्सिंगच्या अचूकतेला टक्कर देते. ही क्षमता संशोधकांना एक अतुलनीय फायदा प्राप्त करण्यास अनुमती देते - अनुवांशिक लँडस्केपचे एक विहंगम दृश्य. विस्तारित कव्हरेज विशेषत: जीवाणू किंवा बुरशीजन्य समुदायांमध्ये, प्रजाती भाष्यातील रिझोल्यूशनला लक्षणीयरीत्या वाढवते, ज्यामुळे सूक्ष्मजीवांच्या लोकसंख्येच्या गुंतागुंतीची सखोल माहिती मिळते.
-
16S/18S/ITS अँप्लिकॉन सिक्वेन्सिंग-एनजीएस
इल्युमिना तंत्रज्ञानासह ॲम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंग, विशेषत: 16S, 18S आणि ITS अनुवांशिक चिन्हकांना लक्ष्य करते, ही सूक्ष्मजीव समुदायांमध्ये फायलोजेनी, वर्गीकरण आणि प्रजातींचे विपुलता उलगडण्यासाठी एक शक्तिशाली पद्धत आहे. या पध्दतीमध्ये हाऊसकीपिंग अनुवांशिक मार्करच्या हायपरव्हेरिएबल क्षेत्रांचा अनुक्रम समाविष्ट आहे. द्वारे मूलतः आण्विक फिंगरप्रिंट म्हणून सादर केले गेलेवोसेस वगैरे1977 मध्ये, या तंत्राने अलगाव-मुक्त विश्लेषणे सक्षम करून मायक्रोबायोम प्रोफाइलिंगमध्ये क्रांती केली आहे. 16S (बॅक्टेरिया), 18S (बुरशी), आणि इंटर्नल ट्रान्स्क्राइब्ड स्पेसर (ITS, बुरशी) च्या क्रमवारीद्वारे, संशोधक केवळ विपुल प्रजातीच नव्हे तर दुर्मिळ आणि अनोळखी प्रजाती देखील ओळखू शकतात. एक प्रमुख साधन म्हणून व्यापकपणे स्वीकारण्यात आलेले, मानवी तोंड, आतडे, मल आणि त्यापलीकडे असलेल्या विविध वातावरणात विभेदक सूक्ष्मजीव रचनांचे आकलन करण्यासाठी ॲम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंग महत्त्वपूर्ण ठरले आहे.
-
जिवाणू आणि बुरशीजन्य संपूर्ण जीनोम री-सिक्वेंसिंग
जिवाणू आणि बुरशीजन्य संपूर्ण-जीनोम री-सिक्वेंसिंग प्रकल्प मायक्रोबियल जीनोमची पूर्णता आणि तुलना सक्षम करून मायक्रोबियल जीनोमिक्सच्या प्रगतीसाठी महत्त्वपूर्ण आहेत. हे किण्वन अभियांत्रिकी, औद्योगिक प्रक्रियांचे ऑप्टिमायझेशन आणि दुय्यम चयापचय मार्गांचे अन्वेषण सुलभ करते. शिवाय, बुरशीजन्य आणि जीवाणूंचे पुनर्क्रमण हे पर्यावरणीय अनुकूलन समजून घेण्यासाठी, ताणांना अनुकूल करण्यासाठी आणि अनुवांशिक उत्क्रांती गतीशीलता प्रकट करण्यासाठी, औषध, कृषी आणि पर्यावरण विज्ञानातील व्यापक परिणामांसह महत्त्वपूर्ण आहे.
-
PacBio-पूर्ण-लांबीचे 16S/18S/ITS ॲम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंग
Amplicon (16S/18S/ITS) प्लॅटफॉर्म मायक्रोबियल विविधता प्रकल्प विश्लेषणाच्या अनेक वर्षांच्या अनुभवासह विकसित केले आहे, ज्यामध्ये प्रमाणित मूलभूत विश्लेषण आणि वैयक्तिक विश्लेषण समाविष्ट आहे: मूलभूत विश्लेषणामध्ये सध्याच्या सूक्ष्मजीव संशोधनाच्या मुख्य प्रवाहातील विश्लेषण सामग्रीचा समावेश आहे, विश्लेषण सामग्री समृद्ध आणि व्यापक आहे, आणि विश्लेषण परिणाम प्रकल्प अहवाल स्वरूपात सादर केले जातात; वैयक्तिक विश्लेषणाची सामग्री वैविध्यपूर्ण आहे. वैयक्तिक गरजा लक्षात घेऊन नमुने निवडले जाऊ शकतात आणि मूलभूत विश्लेषण अहवाल आणि संशोधन उद्देशानुसार पॅरामीटर्स लवचिकपणे सेट केले जाऊ शकतात. विंडोज ऑपरेटिंग सिस्टम, साधी आणि जलद.
-
PacBio-पूर्ण-लांबीचे ट्रान्सक्रिप्टोम (संदर्भ नसलेले)
पॅसिफिक बायोसायन्सेस (PacBio) Isoform अनुक्रम डेटा इनपुट म्हणून घेऊन, हे ॲप पूर्ण-लांबीचे प्रतिलेख अनुक्रम (असेंबलीशिवाय) ओळखण्यास सक्षम आहे. संदर्भ जीनोमच्या विरूद्ध पूर्ण-लांबीच्या अनुक्रमांचे मॅपिंग करून, प्रतिलिपी ज्ञात जीन्स, प्रतिलेख, कोडिंग क्षेत्र इत्यादींद्वारे ऑप्टिमाइझ केली जाऊ शकतात. या प्रकरणात, mRNA संरचनांची अधिक अचूक ओळख, जसे की पर्यायी स्प्लिसिंग इ. साध्य करता येते. एनजीएस ट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग डेटासह संयुक्त विश्लेषण ट्रान्सक्रिप्ट स्तरावर अभिव्यक्तीमध्ये अधिक व्यापक भाष्य आणि अधिक अचूक परिमाण सक्षम करते, जे मुख्यत्वे डाउनस्ट्रीम विभेदक अभिव्यक्ती आणि कार्यात्मक विश्लेषणास लाभ देते.
-
रिड्यूस्ड रिप्रेझेंटेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (RRBS)
रिड्युस्ड रिप्रेझेंटेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (RRBS) हा डीएनए मेथिलेशन संशोधनात होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (WGBS) साठी एक किफायतशीर आणि कार्यक्षम पर्याय म्हणून उदयास आला आहे. WGBS संपूर्ण जीनोमचे सिंगल बेस रिझोल्यूशनवर परीक्षण करून सर्वसमावेशक अंतर्दृष्टी प्रदान करते, परंतु त्याची उच्च किंमत मर्यादित घटक असू शकते. जीनोमच्या प्रातिनिधिक भागाचे निवडक विश्लेषण करून आरआरबीएस धोरणात्मकरीत्या हे आव्हान कमी करते. ही पद्धत MspI क्लीवेजद्वारे CpG बेट-समृद्ध प्रदेशांच्या समृद्धीवर अवलंबून असते आणि त्यानंतर 200-500/600 bps तुकड्यांचा आकार निवडतात. परिणामी, केवळ सीपीजी बेटांच्या समीप असलेले प्रदेश अनुक्रमित केले जातात, तर दूरच्या सीपीजी बेटांना विश्लेषणातून वगळण्यात आले आहे. ही प्रक्रिया, बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंगसह एकत्रितपणे, DNA मेथिलेशनचे उच्च-रिझोल्यूशन शोधण्याची परवानगी देते आणि अनुक्रमणात्मक दृष्टीकोन, PE150, विशेषतः मध्यभागी ऐवजी इन्सर्टच्या टोकांवर लक्ष केंद्रित करते, ज्यामुळे मेथिलेशन प्रोफाइलिंगची कार्यक्षमता वाढते. RRBS हे एक अमूल्य साधन आहे जे किफायतशीर DNA मेथिलेशन संशोधन सक्षम करते आणि एपिजेनेटिक यंत्रणेचे ज्ञान वाढवते.
-
प्रोकेरियोटिक आरएनए सिक्वेन्सिंग
RNA अनुक्रमणिका विशिष्ट परिस्थितीत सर्व RNA प्रतिलेखांच्या सर्वसमावेशक प्रोफाइलिंगला सक्षम करते. हे अत्याधुनिक तंत्रज्ञान एक शक्तिशाली साधन म्हणून काम करते, विविध जैविक प्रक्रियांशी संबंधित जटिल जनुक अभिव्यक्ती प्रोफाइल, जनुक संरचना आणि आण्विक यंत्रणा उघड करते. मूलभूत संशोधन, क्लिनिकल डायग्नोस्टिक्स आणि ड्रग डेव्हलपमेंटमध्ये व्यापकपणे दत्तक घेतलेले, RNA अनुक्रम सेल्युलर डायनॅमिक्स आणि अनुवांशिक नियमनाच्या गुंतागुंतीमध्ये अंतर्दृष्टी देते. आमची प्रोकेरियोटिक आरएनए नमुना प्रक्रिया प्रोकेरियोटिक ट्रान्सक्रिप्टोमसाठी तयार केली गेली आहे, ज्यामध्ये आरआरएनए कमी होणे आणि दिशात्मक लायब्ररी तयार करणे समाविष्ट आहे.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq
-
मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग
इलुमिना सिक्वेन्सिंग तंत्रज्ञानाचा लाभ घेत, BMKGENE ची मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग सेवा माती, पाणी, समुद्र, मल आणि आतडे यांसारख्या नैसर्गिक वातावरणात युकेरियोट्स ते प्रोकेरियोट्स आणि विषाणूंच्या विविध प्रकारच्या सूक्ष्मजंतूंच्या डायनॅमिक जीन अभिव्यक्तीचे अनावरण करते. आमची सर्वसमावेशक सेवा संशोधकांना जटिल सूक्ष्मजीव समुदायांच्या संपूर्ण जनुक अभिव्यक्ती प्रोफाइलमध्ये शोधण्याचे सामर्थ्य देते. वर्गीकरण विश्लेषणाच्या पलीकडे, आमची मेटाट्रान्सक्रिप्टोम सिक्वेन्सिंग सेवा कार्यात्मक समृद्धीमध्ये अन्वेषण सुलभ करते, भिन्न व्यक्त जीन्स आणि त्यांच्या भूमिकांवर प्रकाश टाकते. या वैविध्यपूर्ण पर्यावरणीय कोनाड्यांमधील जनुक अभिव्यक्ती, वर्गीकरण विविधता आणि कार्यात्मक गतिशीलतेच्या जटिल लँडस्केपमध्ये नेव्हिगेट करताना जैविक अंतर्दृष्टींचा खजिना शोधा.
-
डी नोव्हो फंगल जीनोम असेंब्ली
BMKGENE बुरशीजन्य जीनोमसाठी बहुमुखी उपाय ऑफर करते, विविध संशोधन गरजा आणि इच्छित जीनोम पूर्णतेची पूर्तता करते. केवळ शॉर्ट-रीड इलुमिना सिक्वेन्सिंगचा वापर केल्याने मसुदा जीनोम तयार होऊ शकतो. नॅनोपोर किंवा पॅकबिओ वापरून शॉर्ट-रीड्स आणि लाँग-रीड सिक्वेन्सिंग अधिक परिष्कृत बुरशीजन्य जीनोमसाठी एकत्रित केले जातात ज्यामध्ये लांब कॉन्टिग्स असतात. शिवाय, हाय-सी सिक्वेन्सिंग समाकलित केल्याने क्षमता आणखी वाढतात, ज्यामुळे संपूर्ण गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम प्राप्त करणे शक्य होते.
