-
हाय-सी आधारित क्रोमॅटिन परस्परसंवाद
हाय-सी ही प्रोबिंग प्रॉक्सिमिटी-आधारित परस्परसंवाद आणि उच्च-थ्रूपुट अनुक्रम एकत्र करून जीनोमिक कॉन्फिगरेशन कॅप्चर करण्यासाठी डिझाइन केलेली पद्धत आहे. ही पद्धत फॉर्मल्डिहाइडसह क्रोमॅटिन क्रॉसलिंकिंगवर आधारित आहे, त्यानंतर पचन आणि री-लिगेशन अशा प्रकारे केले जाते की सहसंयोजकपणे जोडलेले तुकडेच बंधन उत्पादने तयार करतील. या बंधन उत्पादनांचे अनुक्रम करून, जीनोमच्या 3D संस्थेचा अभ्यास करणे शक्य आहे. हाय-सी जीनोमच्या भागांच्या वितरणाचा अभ्यास करण्यास सक्षम करते जे हलके पॅक केलेले आहेत (ए कंपार्टमेंट्स, युक्रोमॅटिन) आणि ट्रान्सक्रिप्शनली सक्रिय असण्याची शक्यता जास्त आहे, आणि अधिक घट्ट पॅक केलेले प्रदेश (बी कंपार्टमेंट, हेटेरोक्रोमॅटिन). हाय-सीचा वापर टोपोलॉजिकलली असोसिएटेड डोमेन्स (टीएडी), जीनोमचे क्षेत्र ज्यामध्ये दुमडलेल्या रचना आहेत आणि समान अभिव्यक्ती नमुने असण्याची शक्यता आहे, आणि क्रोमॅटिन लूप, प्रथिने एकत्र नांगरलेले डीएनए प्रदेश ओळखण्यासाठी देखील वापरले जाऊ शकते. अनेकदा नियामक घटकांमध्ये समृद्ध. बीएमकेजीनची हाय-सी सिक्वेन्सिंग सेवा संशोधकांना जीनोमिक्सचे अवकाशीय परिमाण शोधण्याचे सामर्थ्य देते, जीनोम नियमन आणि त्याचे आरोग्य आणि रोगावरील परिणाम समजून घेण्यासाठी नवीन मार्ग उघडतात.
-
क्रोमॅटिन इम्युनोप्रेसिपिटेशन सिक्वेन्सिंग (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) हे एक तंत्र आहे जे निवडकपणे DNA-बाइंडिंग प्रथिने आणि त्यांच्या संबंधित जीनोमिक्स लक्ष्यांना समृद्ध करण्यासाठी अँटीबॉडीजचा लाभ घेते. NGS सह त्याचे एकत्रीकरण हिस्टोन बदल, ट्रान्सक्रिप्शन घटक आणि इतर डीएनए-बाइंडिंग प्रोटीनशी संबंधित डीएनए लक्ष्यांचे जीनोम-व्यापी प्रोफाइलिंग सक्षम करते. हा डायनॅमिक दृष्टीकोन विविध सेल प्रकार, ऊती किंवा परिस्थितींमध्ये बंधनकारक साइटची तुलना सक्षम करतो. ChIP-Seq चे ऍप्लिकेशन ट्रान्सक्रिप्शनल रेग्युलेशन आणि डेव्हलपमेंटल पॅथवेजचा अभ्यास करण्यापासून ते रोगाच्या यंत्रणेचे स्पष्टीकरण देण्यापर्यंतचे आहे, ज्यामुळे जीनोमिक रेग्युलेशन लँडस्केप समजून घेणे आणि उपचारात्मक अंतर्दृष्टी वाढवणे हे एक अपरिहार्य साधन बनते.
प्लॅटफॉर्म: Illumina NovaSeq
-
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट अनुक्रमण (WGBS)
संपूर्ण जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (WGBS) ही DNA मेथिलेशनच्या सखोल शोधासाठी सुवर्ण-मानक पद्धत आहे, विशेषत: सायटोसिन (5-mC) मधील पाचवे स्थान, जीन अभिव्यक्ती आणि सेल्युलर क्रियाकलापांचे मुख्य नियामक. WGBS च्या अंतर्निहित तत्त्वामध्ये बिसल्फाईट उपचारांचा समावेश आहे, मेथाइलेटेड सायटोसाइन अपरिवर्तित सोडताना, unmethylated cytosines चे uracil (C ते U) मध्ये रूपांतर करणे. हे तंत्र सिंगल-बेस रिझोल्यूशन ऑफर करते, संशोधकांना मेथिलोमची सर्वसमावेशकपणे तपासणी करण्यास आणि विविध परिस्थितींशी संबंधित असामान्य मेथिलेशन पॅटर्न उघड करण्यास अनुमती देते, विशेषत: कर्करोग. WGBS चा वापर करून, शास्त्रज्ञ जीनोम-व्यापी मेथिलेशन लँडस्केपमध्ये अतुलनीय अंतर्दृष्टी मिळवू शकतात, विविध जैविक प्रक्रिया आणि रोगांना अंतर्भूत असलेल्या एपिजेनेटिक यंत्रणेची सूक्ष्म माहिती प्रदान करतात.
-
उच्च थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग (ATAC-seq) सह ट्रान्सपोसेस-ॲक्सेसिबल क्रोमॅटिनसाठी परख
ATAC-seq हे उच्च-थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग तंत्र आहे जे जीनोम-वाइड क्रोमॅटिन प्रवेशयोग्यता विश्लेषणासाठी वापरले जाते. याचा वापर जनुक अभिव्यक्तीवर जागतिक एपिजेनेटिक नियंत्रणाच्या जटिल यंत्रणेची सखोल माहिती प्रदान करतो. सिक्वेन्सिंग अडॅप्टर्स टाकून खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्रांना एकाच वेळी खंडित करण्यासाठी आणि टॅग करण्यासाठी ही पद्धत हायपरएक्टिव्ह Tn5 ट्रान्सपोसेस वापरते. त्यानंतरच्या PCR प्रवर्धनाचा परिणाम अनुक्रमणिका लायब्ररीच्या निर्मितीमध्ये होतो, जे विशिष्ट अवकाश-वेळ परिस्थितींनुसार खुल्या क्रोमॅटिन प्रदेशांची सर्वसमावेशक ओळख करण्यास अनुमती देते. ATAC-seq प्रवेशयोग्य क्रोमॅटिन लँडस्केप्सचे एक समग्र दृश्य प्रदान करते, ज्या पद्धती पूर्णपणे ट्रान्सक्रिप्शन घटक बंधनकारक साइट्स किंवा विशिष्ट हिस्टोन-सुधारित क्षेत्रांवर केंद्रित असतात. या खुल्या क्रोमॅटिन क्षेत्रांचे अनुक्रम करून, ATAC-seq सक्रिय नियामक अनुक्रम आणि संभाव्य ट्रान्सक्रिप्शन घटक बंधनकारक साइटची अधिक शक्यता असलेले क्षेत्र प्रकट करते, जीनोममधील जनुक अभिव्यक्तीच्या डायनॅमिक मॉड्यूलेशनमध्ये मौल्यवान अंतर्दृष्टी देते.
-
रिड्यूस्ड रिप्रेझेंटेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (RRBS)
रिड्युस्ड रिप्रेझेंटेशन बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (RRBS) हा डीएनए मेथिलेशन संशोधनात होल जीनोम बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंग (WGBS) साठी एक किफायतशीर आणि कार्यक्षम पर्याय म्हणून उदयास आला आहे. WGBS संपूर्ण जीनोमचे सिंगल बेस रिझोल्यूशनवर परीक्षण करून सर्वसमावेशक अंतर्दृष्टी प्रदान करते, परंतु त्याची उच्च किंमत मर्यादित घटक असू शकते. जीनोमच्या प्रातिनिधिक भागाचे निवडक विश्लेषण करून आरआरबीएस धोरणात्मकरीत्या हे आव्हान कमी करते. ही पद्धत MspI क्लीवेजद्वारे CpG बेट-समृद्ध प्रदेशांच्या समृद्धीवर अवलंबून असते आणि त्यानंतर 200-500/600 bps तुकड्यांचा आकार निवडतात. परिणामी, केवळ सीपीजी बेटांच्या समीप असलेले प्रदेश अनुक्रमित केले जातात, तर दूरच्या सीपीजी बेटांना विश्लेषणातून वगळण्यात आले आहे. ही प्रक्रिया, बिसल्फाइट सिक्वेन्सिंगसह एकत्रितपणे, DNA मेथिलेशनचे उच्च-रिझोल्यूशन शोधण्याची परवानगी देते आणि अनुक्रमणात्मक दृष्टीकोन, PE150, विशेषतः मध्यभागी ऐवजी इन्सर्टच्या टोकांवर लक्ष केंद्रित करते, ज्यामुळे मेथिलेशन प्रोफाइलिंगची कार्यक्षमता वाढते. RRBS हे एक अमूल्य साधन आहे जे किफायतशीर DNA मेथिलेशन संशोधन सक्षम करते आणि एपिजेनेटिक यंत्रणेचे ज्ञान वाढवते.
