वनस्पती/अ‍ॅनिमल डी नोव्हो जीनोम सिक्वेंसींग
डी नोव्होसिक्वेंसींग संदर्भ जीनोमच्या अनुपस्थितीत अनुक्रम तंत्रज्ञानाचा वापर करून प्रजातींच्या संपूर्ण जीनोमच्या बांधकामाचा संदर्भ देते. तृतीय-पिढीतील अनुक्रमांचा परिचय आणि व्यापक अवलंबन, जास्त वाचन दर्शविणारे, वाचनांमधील आच्छादन वाढवून जीनोम असेंब्लीमध्ये लक्षणीय वाढ झाली आहे. आव्हानात्मक जीनोमशी संबंधित असताना ही वाढ विशेषत: समर्पक आहे, जसे की उच्च हेटरोझीगोसिटी दर्शविणारे, पुनरावृत्ती प्रदेशांचे उच्च प्रमाण, पॉलीप्लॉइड्स आणि पुनरावृत्ती घटक असलेले प्रदेश, असामान्य जीसी सामग्री किंवा उच्च गुंतागुंत जे सामान्यत: शॉर्ट-रीड सिक्वेंसींगचा वापर करून एकत्र केले जातात एकटा.
आमचे एक-स्टॉप सोल्यूशन एकात्मिक अनुक्रम सेवा आणि बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषण प्रदान करते जे उच्च-गुणवत्तेचे डी नोव्हो एकत्रित जीनोम वितरीत करते. इल्युमिनासह प्रारंभिक जीनोम सर्वेक्षण जीनोम आकार आणि जटिलतेचे अंदाज प्रदान करते आणि ही माहिती पॅकबीओ एचआयएफआयसह दीर्घ-वाचन अनुक्रमांच्या पुढील चरणात मार्गदर्शन करण्यासाठी वापरली जाते, त्यानंतर त्यानंतरडी नोव्होकॉन्टिग्सची असेंब्ली. एचआयसी असेंब्लीचा त्यानंतरचा वापर गुणसूत्र-स्तरीय असेंब्ली मिळवून, जीनोममध्ये कॉन्टिग्सचे अँकरिंग सक्षम करते. अखेरीस, जीनोम जनुकांच्या अंदाजानुसार भाष्य केले जाते आणि लहान आणि लांब वाचनांसह ट्रान्सक्रिप्टोम्सचा अवलंब करून, व्यक्त केलेल्या जीन्सच्या अनुक्रमेद्वारे भाष्य केले जाते.
सेवा वैशिष्ट्ये
One एका स्टॉप सोल्यूशनमध्ये एकाधिक अनुक्रम आणि बायोइन्फॉर्मेटिक सेवांचे एकत्रीकरण:
जीनोम आकाराचा अंदाज लावण्यासाठी आणि त्यानंतरच्या चरणांचे मार्गदर्शन करण्यासाठी इल्युमिना सह जीनोम सर्वेक्षण;
साठी दीर्घ वाचन अनुक्रमडी नोव्होकॉन्टिग्सची असेंब्ली;
गुणसूत्र अँकरिंगसाठी हाय-सी अनुक्रम;
जीन्सच्या भाष्यासाठी एमआरएनए अनुक्रम;
असेंब्लीचे प्रमाणीकरण.
The कादंबरी जीनोम बांधण्यासाठी योग्य सेवा किंवा विद्यमान संदर्भ जीनोमच्या आवडीच्या प्रजातींसाठी सुधारित सेवा.
सेवा फायदे
मध्ये सिक्वेंसींग प्लॅटफॉर्म आणि बायोइन्फॉरमॅटिक्सचा विकासडी नोव्होजीनोम असेंब्ली
(अमरसिंघे एसएल एट अल.,जीनोम बायोलॉजी, 2020)
●विस्तृत कौशल्य आणि प्रकाशन रेकॉर्ड: बीएमकेजीनला विविध प्रजातींच्या उच्च-गुणवत्तेच्या जीनोम असेंब्लीमध्ये मोठ्या प्रमाणात अनुभव जमा झाला आहे, ज्यात डिप्लोइड जीनोम आणि पॉलीप्लॉइड आणि अ‍ॅलोपोलिपॉइड प्रजातींच्या अत्यंत जटिल जीनोमचा समावेश आहे. 2018 पासून, आम्ही ओव्हरमध्ये योगदान दिले आहे300 उच्च-प्रभाव प्रकाशने आणि त्यापैकी 20+ नेचर जेनेटिक्समध्ये प्रकाशित केले आहेत?
● एक-स्टॉप सोल्यूशन: आमचा एकात्मिक दृष्टीकोन एकाधिक अनुक्रम तंत्रज्ञान आणि बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषणे एकत्रित वर्कफ्लोमध्ये एकत्रित करतो, ज्यामुळे उच्च-गुणवत्तेचे एकत्रित जीनोम वितरित होते.
●आपल्या गरजा अनुरूप: आमची सेवा वर्कफ्लो सानुकूलित आहे, जी विविध वैशिष्ट्यांसह आणि विशिष्ट संशोधन गरजा असलेल्या जीनोमसाठी अनुकूलन करण्यास परवानगी देते. यात राक्षस जीनोम, पॉलीप्लॉइड जीनोम, अत्यंत विषमपंथी जीनोम आणि बरेच काही समाविष्ट आहे.
●अत्यंत कुशल बायोइन्फॉरमॅटिक्स आणि प्रयोगशाळेतील कार्यसंघ: जटिल जीनोम असेंब्लीच्या समोर प्रायोगिक आणि बायोइन्फॉरमॅटिक्स या दोहोंचा उत्कृष्ट अनुभव आणि पेटंट आणि सॉफ्टवेअर कॉपीराइट्सची मालिका.
●विक्रीनंतरचे समर्थन:आमची वचनबद्धता 3 महिन्यांच्या विक्री-सेवा कालावधीसह प्रकल्प पूर्ण होण्यापलीकडे आहे. यावेळी, आम्ही निकालांशी संबंधित कोणत्याही प्रश्नांची पूर्तता करण्यासाठी प्रोजेक्ट पाठपुरावा, समस्यानिवारण सहाय्य आणि प्रश्नोत्तर सत्रे ऑफर करतो.
सेवा वैशिष्ट्ये
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम असेंब्ली | क्रोमोसोम-लेव्हल | जीनोम भाष्य |
| 50 एक्स इल्युमिना नोवाशेक पीई 150
| 30 एक्स पॅकबीओ सीसीएस एचआयएफआय वाचते | 100x हाय-सी | आरएनए-सेक इल्युमिना पीई 150 10 जीबी + (पर्यायी) पूर्ण लांबी आरएनए-सेक पॅकबीओ 40 जीबी किंवा नॅनोपोर 12 जीबी |
सेवा आवश्यकता
जीनोम सर्वेक्षण, जीनोम असेंब्ली आणि हाय-सी असेंब्लीसाठी:
| ऊतक किंवा काढलेल्या न्यूक्लिक ids सिडस् | जीनोम सर्वेक्षण | पॅकबीओसह जीनोम असेंब्ली | हाय-सी असेंब्ली |
| प्राणी व्हिसेरा | 0.5-1 ग्रॅम
| ≥ 3.5 ग्रॅम | ≥2 जी |
| प्राणी स्नायू | ≥ 5 ग्रॅम | ||
| सस्तन प्राणी रक्त | 1.5 मिली
| ≥ 5 मिली | ≥2 मिली |
| पोल्ट्री/फिश रक्त | ≥ 0.5 मिली | ||
| वनस्पती- ताजे पान | 1-2 ग्रॅम | ≥ 5 ग्रॅम | ≥ 4 ग्रॅम |
| सुसंस्कृत पेशी |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| कीटक | 0.5-1 ग्रॅम | ≥ 3 ग्रॅम | ≥ 2 ग्रॅम |
| काढलेला डीएनए | एकाग्रता: ≥1 एनजी/ µL रक्कम ≥ 30 एनजी मर्यादित किंवा कोणतेही अधोगती किंवा दूषितपणा | एकाग्रता: ≥ 50 एनजी/ µL रक्कम: 10 µg/फ्लो सेल/नमुना OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 मर्यादित किंवा कोणतेही अधोगती किंवा दूषितपणा |
-
|
ट्रान्सक्रिप्टोमिक्ससह जीनोम भाष्यासाठी:
| ऊतक किंवा काढलेल्या न्यूक्लिक ids सिडस् | इल्युमिना ट्रान्सक्रिप्टोम | पॅकबीओ ट्रान्सक्रिप्टोम | नॅनोपोर ट्रान्सक्रिप्टोम |
| वनस्पती- रूट/स्टेम/पाकळी | 450 मिलीग्राम | 600 मिलीग्राम | |
| वनस्पती - पान/बियाणे | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| वनस्पती - फळ | 1.2 ग्रॅम | 1.2 ग्रॅम | |
| प्राणी हृदय/आतडे | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| प्राणी व्हिसेरा/मेंदू | 240 मिलीग्राम | 240 मिलीग्राम | |
| प्राणी स्नायू | 450 मिलीग्राम | 450 मिलीग्राम | |
| प्राण्यांची हाडे/केस/त्वचा | 1 ग्रॅम | 1 ग्रॅम | |
| आर्थ्रोपॉड - कीटक | 6 | 6 | |
| आर्थ्रोपॉड -क्रस्टेसिया | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| संपूर्ण रक्त | 1 ट्यूब | 1 ट्यूब | |
| काढलेला आरएनए | एकाग्रता: ≥ 20 एनजी/ µL रक्कम ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 रिन≥ 6 5 -28 एस/18 एस 1 | एकाग्रता: ≥ 100 एनजी/ µL रक्कम ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 रिन≥ 8 5 -28 एस/18 एस 1 | एकाग्रता: ≥ 100 एनजी/ µL रक्कम ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 रिन≥ 7.5 5 -28 एस/18 एस 1 |
शिफारस केलेले नमुना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
(बर्‍याच नमुन्यांसाठी आम्ही इथेनॉलमध्ये जतन न करण्याची शिफारस करतो.)
नमुना लेबलिंग: नमुने स्पष्टपणे लेबल केलेले आणि सबमिट केलेल्या नमुना माहिती फॉर्मसारखेच असणे आवश्यक आहे.
शिपमेंट: ड्राय-आईस: नमुने प्रथम पिशव्यात भरले जाणे आवश्यक आहे आणि कोरड्या-बर्फात दफन करणे आवश्यक आहे.
वर्कफ्लो
सेवा कामाचा प्रवाह
प्रयोग डिझाइन
नमुना वितरण
डीएनए एक्सट्रॅक्शन
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
पूर्ण बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषण, 4 चरणांमध्ये विभक्त:
१) एनजीएसच्या के-मेर विश्लेषणावर आधारित जीनोम सर्वेक्षण वाचले आहे:
जीनोम आकाराचा अंदाज
हेटरोझीगोसिटीचा अंदाज
पुनरावृत्ती प्रदेशांचा अंदाज
२) पॅकबीओ एचआयएफआयसह जीनोम असेंब्ली:
डी नोव्होअसेंब्ली
असेंब्ली मूल्यांकनः जीनोम पूर्णतेसाठी बुसको विश्लेषण आणि एनजीएस आणि पॅकबीओ एचआयएफआयच्या मागे मॅपिंगचा समावेश आहे
3) हाय-सी असेंब्ली:
हाय-सी लायब्ररी क्यूसी: वैध हाय-सी परस्परसंवादाचा अंदाज
हाय-सी असेंब्ली: गटांमध्ये कॉन्टिगचे क्लस्टरिंग, त्यानंतर प्रत्येक गटात कॉन्टिग ऑर्डर करणे आणि कॉन्टिग अभिमुखता नियुक्त करणे
हाय-सी मूल्यांकन
4) जीनोम भाष्य:
नॉन-कोडिंग आरएनए अंदाज
पुनरावृत्ती अनुक्रम ओळख (ट्रान्सपोजन्स आणि टँडम पुनरावृत्ती)
जनुक अंदाज
§डी नोव्हो: अब इनिशिओ अल्गोरिदम
Home होमोलॉजीवर आधारित
Long ट्रान्सक्रिप्टोमवर आधारित, लांब आणि लहान वाचनांसह: वाचन आहेतडी नोव्होजीनोमच्या मसुद्यात एकत्र किंवा मॅप केलेले
Multiple एकाधिक डेटाबेससह अंदाजित जीन्सचे भाष्य
1) जीनोम सर्वेक्षण- के-मेर विश्लेषण
२) जीनोम असेंब्ली
२) जीनोम असेंब्ली - पॅकबीओ एचआयएफआय मसुदा असेंब्लीवर मॅपिंग वाचते
२) हाय-सी असेंब्ली-एचआय-सी वैध परस्परसंवाद जोड्यांचा अंदाज
3) एचआय-सी पोस्ट-असेंब्ली मूल्यांकन
)) जीनोम भाष्य - अंदाजित जीन्सचे एकत्रीकरण
)) जीनोम भाष्य - अंदाजित जीन्स भाष्य
प्रकाशनांच्या क्युरेट केलेल्या संग्रहाद्वारे बीएमकेजीनच्या डी नोव्हो जीनोम असेंब्ली सर्व्हिसेसद्वारे सुलभ केलेल्या प्रगती एक्सप्लोर करा:
ली, सी. इट अल. . doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
ली, वाय. एट अल. . doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
टियान, टी. एट अल. . doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
झांग, एफ. एट अल. . doi: 10.1038/S41467-023-37133-4.
आव्हानात्मक केस-अभ्यास:
टेलोमेर-टू-टेलोमेरे असेंब्ली:फू, ए. एट अल. . doi: 10.1093/ताशी/uhac228.
हॅप्लोटाइप असेंब्ली:हू, डब्ल्यू. एट अल. . doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
राक्षस जीनोम असेंब्ली:युआन, जे. इत्यादी. . doi: 10.1038/S41467-022-35063-1.
पॉलीप्लॉइड जीनोम असेंब्ली:झांग, प्र. एट अल. . doi: 10.1038/S41588-022-01084-1.
