PacBio 2+3 पूर्ण-लांबीचे mRNA सोल्यूशन
वैशिष्ट्ये
● अभ्यासाची रचना:
प्रतिलेख isoforms ओळखण्यासाठी PacBio सह क्रमाने तयार केलेला नमुना
विभक्त नमुने (प्रतिकृती आणि चाचणीसाठी अटी) अनुक्रमितउतारा अभिव्यक्ती परिमाण करण्यासाठी NGS
● PacBio अनुक्रमणिका CCS मोडमध्ये, HiFi रीड जनरेट करत आहे
● पूर्ण-लांबीच्या प्रतिलेखांचा क्रम
● विश्लेषणासाठी संदर्भ जीनोम आवश्यक नाही; तथापि, ते वापरले जाऊ शकते
● बायोइन्फॉरमॅटिक विश्लेषणामध्ये केवळ जनुक आणि आयसोफॉर्म-स्तरावरील अभिव्यक्तीच नाही तर lncRNA, जीन फ्यूजन, पॉली-एडेनिलेशन आणि जनुक संरचना यांचे विश्लेषण देखील समाविष्ट आहे
फायदे
● उच्च अचूकता: HiFi अचूकतेने वाचते >99.9% (Q30), NGS शी तुलना करता येते
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण: सर्व प्रतिलिपी अनुक्रमित केल्याने आयसोफॉर्म ओळख आणि व्यक्तिचित्रण सक्षम होते.
● PacBio आणि NGS सामर्थ्यांचे संयोजन: आयसोफॉर्म स्तरावर अभिव्यक्तीचे प्रमाण सक्षम करणे, संपूर्ण जनुक अभिव्यक्तीचे विश्लेषण करताना मुखवटा घातलेला बदल उघड करणे
● विस्तृत कौशल्य: 1100 पेक्षा जास्त PacBio पूर्ण-लांबीचे ट्रान्सक्रिप्टोम प्रकल्प पूर्ण करण्याच्या ट्रॅक रेकॉर्डसह आणि 2300 हून अधिक नमुन्यांची प्रक्रिया करून, आमचा कार्यसंघ प्रत्येक प्रकल्पासाठी भरपूर अनुभव घेऊन येतो.
● विक्रीनंतरचे समर्थन: आमची वचनबद्धता 3 महिन्यांच्या विक्री-पश्चात सेवा कालावधीसह प्रकल्प पूर्ण होण्याच्या पलीकडे विस्तारते. या वेळी, आम्ही परिणामांशी संबंधित कोणत्याही शंकांचे निराकरण करण्यासाठी प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्यानिवारण सहाय्य आणि प्रश्नोत्तर सत्रे ऑफर करतो.
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
| लायब्ररी | अनुक्रम धोरण | डेटाची शिफारस केली आहे | गुणवत्ता नियंत्रण |
| PolyA समृद्ध mRNA CCS लायब्ररी | PacBio सिक्वेल II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| पॉली ए समृद्ध | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
न्यूक्लियोटाइड्स
|
| Conc.(ng/μl) | रक्कम (μg) | शुद्धता | सचोटी |
| इलुमिना लायब्ररी | ≥ १० | ≥ ०.२ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही. | वनस्पतींसाठी: RIN≥4.0; प्राण्यांसाठी: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही |
| PacBio लायब्ररी | ≥ १०० | ≥ १.० | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही. | वनस्पती: RIN≥7.5 प्राणी: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही |
शिफारस केलेले नमुना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
नमुना लेबलिंग: गट+प्रतिकृती उदा. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
शिपमेंट:
1. कोरडा बर्फ:नमुने पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
2. RNAstable tubes: RNA नमुने RNA स्थिरीकरण ट्यूब (उदा. RNAstable®) मध्ये वाळवले जाऊ शकतात आणि खोलीच्या तापमानात पाठवले जाऊ शकतात.
खालील विश्लेषणाचा समावेश आहे:
कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
वैकल्पिक पॉलीडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
फ्यूजन ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण
पर्यायी स्प्लिसिंग विश्लेषण
बेंचमार्किंग युनिव्हर्सल सिंगल-कॉपी ऑर्थोलॉज (BUSCO) विश्लेषण
कादंबरी उतारा विश्लेषण: कोडिंग अनुक्रम (CDS) आणि कार्यात्मक भाष्याचा अंदाज
lncRNA विश्लेषण: lncRNA आणि लक्ष्यांचा अंदाज
मायक्रोसॅटलाइट आयडेंटिफिकेशन (एसएसआर)
विभेदकपणे व्यक्त केलेले प्रतिलेख (डीईटी) विश्लेषण
भिन्न व्यक्त जीन्स (DEGs) विश्लेषण
DEGs आणि DETs चे कार्यात्मक भाष्य
BUSCO विश्लेषण
पर्यायी स्प्लिसिंग विश्लेषण
वैकल्पिक पॉलीडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
विभेदित जीन्स (DEGs) आणि प्रतिलेख (DETs9 विश्लेषण
डीईटी आणि डीईजीचे प्रथिने-प्रोटीन परस्परसंवाद नेटवर्क
प्रकाशनांच्या क्युरेट केलेल्या संग्रहाद्वारे BMKGene च्या PacBio 2+3 पूर्ण-लांबीच्या mRNA अनुक्रमाने सुलभ केलेल्या प्रगतीचे अन्वेषण करा.
चाओ, क्यू. वगैरे. (2019) 'द डेव्हलपमेंटल डायनॅमिक्स ऑफ द पॉप्युलस स्टेम ट्रान्सक्रिप्टोम', प्लांट बायोटेक्नॉलॉजी जर्नल, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
डेंग, एच. इत्यादी. (2022) 'फळांच्या विकासादरम्यान एस्कॉर्बिक ऍसिड सामग्रीमध्ये डायनॅमिक चेंजेस आणि ऍक्टिनिडिया लॅटिफोलिया (एक एस्कॉर्बेट-रिच फळ पीक) आणि संबंधित आण्विक यंत्रणा', इंटरनॅशनल जर्नल ऑफ मॉलेक्युलर सायन्सेस, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
हुआ, X. et al. (२०२२) 'पॅरिस पॉलीफिलामधील बायोएक्टिव्ह पॉलीफिलिनमध्ये गुंतलेल्या बायोसिंथेटिक पाथवे जीन्सचा प्रभावी अंदाज', कम्युनिकेशन्स बायोलॉजी 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
लिऊ, एम. आणि इतर. (2023) 'कम्बाइन्ड PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transscriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
वांग, लिजुन वगैरे. (2019) 'रिकिनस कम्युनिसमधील रिसिनोलेइक ऍसिड बायोसिंथेसिसच्या चांगल्या आकलनासाठी Illumina RNA सिक्वेन्सिंगसह PacBio सिंगल-मॉलिक्युल रिअल-टाइम विश्लेषण वापरून ट्रान्सक्रिप्टोम जटिलतेचे सर्वेक्षण', BMC जीनोमिक्स, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
