गैर-संदर्भ आधारित mRNA अनुक्रम-एनजीएस
वैशिष्ट्ये
● ग्रंथालय तयार करण्यापूर्वी पॉली mRNA कॅप्चर करणे
● कोणत्याही संदर्भ जीनोमपासून स्वतंत्र: ट्रान्सक्रिप्ट्सच्या डी नोव्हो असेंबलीवर आधारित, एकाधिक डेटाबेससह भाष्य केलेल्या युनिजीनची सूची तयार करणे (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● जनुक अभिव्यक्ती आणि प्रतिलेख संरचनेचे सर्वसमावेशक जैव सूचनात्मक विश्लेषण
सेवा फायदे
●विस्तृत कौशल्य: BMKGENE येथे 600,000 हून अधिक नमुन्यांची प्रक्रिया करण्याच्या ट्रॅक रेकॉर्डसह, सेल कल्चर, टिश्यू आणि शरीरातील द्रव यासारख्या विविध प्रकारचे नमुने व्यापून, आमचा कार्यसंघ प्रत्येक प्रकल्पासाठी भरपूर अनुभव घेऊन येतो. आम्ही विविध संशोधन डोमेनमध्ये 100,000 mRNA-Seq प्रकल्प यशस्वीरित्या बंद केले आहेत.
●कठोर गुणवत्ता नियंत्रण: आम्ही नमुना आणि लायब्ररीच्या तयारीपासून अनुक्रम आणि बायोइन्फॉरमॅटिक्सपर्यंत सर्व टप्प्यांवर कोर नियंत्रण बिंदू लागू करतो. हे सूक्ष्म निरीक्षण सातत्याने उच्च-गुणवत्तेचे परिणाम प्रदान करते.
● सर्वसमावेशक भाष्य: आम्ही डिफरेन्शियल एक्सप्रेस्ड जीन्स (DEGs) ची कार्यक्षमतेने भाष्य करण्यासाठी एकाधिक डेटाबेस वापरतो आणि संबंधित संवर्धन विश्लेषण करतो, ट्रान्स्क्रिप्टोम प्रतिसाद अंतर्निहित सेल्युलर आणि आण्विक प्रक्रियांवर अंतर्दृष्टी प्रदान करतो.
●पोस्ट-विक्री समर्थन: आमची वचनबद्धता 3 महिन्यांच्या विक्री-पश्चात सेवा कालावधीसह प्रकल्प पूर्ण होण्याच्या पलीकडे विस्तारते. या वेळी, आम्ही परिणामांशी संबंधित कोणत्याही शंकांचे निराकरण करण्यासाठी प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्यानिवारण सहाय्य आणि प्रश्नोत्तर सत्रे ऑफर करतो.
नमुना आवश्यकता आणि वितरण
| लायब्ररी | अनुक्रम धोरण | डेटाची शिफारस केली आहे | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉली ए समृद्ध | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
नमुना आवश्यकता:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| Conc.(ng/μl) | रक्कम (μg) | शुद्धता | सचोटी |
| ≥ १० | ≥ ०.२ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलवर मर्यादित किंवा कोणतेही प्रथिने किंवा डीएनए दूषित नाही. | वनस्पतींसाठी: RIN≥4.0; प्राण्यांसाठी: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; मर्यादित किंवा बेसलाइन उंची नाही |
● वनस्पती:
रूट, स्टेम किंवा पाकळी: 450 मिग्रॅ
पाने किंवा बियाणे: 300 मिग्रॅ
फळ: 1.2 ग्रॅम
● प्राणी:
हृदय किंवा आतडे: 300 मिग्रॅ
व्हिसेरा किंवा मेंदू: 240 मिग्रॅ
स्नायू: 450 मिग्रॅ
हाडे, केस किंवा त्वचा: 1 ग्रॅम
● आर्थ्रोपॉड्स:
कीटक: 6 ग्रॅम
क्रस्टेसिया: 300 मिग्रॅ
● संपूर्ण रक्त: 1 ट्यूब
● पेशी: 106 पेशी
शिफारस केलेले नमुना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉइलची शिफारस केलेली नाही)
नमुना लेबलिंग: गट+प्रतिकृती उदा. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
शिपमेंट:
1. कोरडा बर्फ: नमुने पिशव्यामध्ये पॅक करणे आणि कोरड्या बर्फात पुरणे आवश्यक आहे.
2. RNAstable tubes: RNA नमुने RNA स्थिरीकरण ट्यूब (उदा. RNAstable®) मध्ये वाळवले जाऊ शकतात आणि खोलीच्या तापमानात पाठवले जाऊ शकतात.
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिझाइन
नमुना वितरण
आरएनए काढणे
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
बायोइन्फॉरमॅटिक्स
ट्रान्सक्रिप्टोम असेंब्ली आणि युनिजीन निवड
युनिजीन भाष्य
जैविक प्रतिकृतींचे नमुना सहसंबंध आणि मूल्यांकन
भिन्न व्यक्त जीन्स (DEGs)
DEGs चे कार्यात्मक भाष्य
डीईजीचे कार्यात्मक संवर्धन
प्रकाशनांच्या क्युरेट केलेल्या संग्रहाद्वारे BMKGene च्या युकेरियोटिक NGS mRNA सिक्वेन्सिंग सेवांद्वारे सुलभ केलेल्या प्रगतीचे अन्वेषण करा.
शेन, एफ. आणि इतर. (2020) 'डी नोवो ट्रान्सक्रिप्टोम असेंबली आणि अमूर कॅटफिश (सिलुरस एसोटस) च्या गोनाड्समध्ये लैंगिक-पक्षपाती जीन अभिव्यक्ती', जीनोमिक्स, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
झांग, सी. आणि इतर. (2016) 'कांद्यामध्ये बल्ब सूज आणि विकास दरम्यान सुक्रोज मेटाबॉलिझमचे ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण (ॲलियम सेपा एल.)', फ्रंटियर्स इन प्लांट सायन्स, 7(सप्टेंबर), पी. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
झू, सी. आणि इतर. (2017) 'De novo असेंब्ली, कॅरेक्टरायझेशन अँड एनोटेशन फॉर द ट्रान्सक्रिप्टोम ऑफ सारकोचेलिचथिस सिनेन्सिस', PLOS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'डे नोवो ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण पोडोकार्पस मॅक्रोफिलसच्या लवणतेच्या तणावाखाली लवण सहनशीलतेमध्ये अंतर्दृष्टी प्रदान करते', BMC प्लांट बायोलॉजी, 21(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
