条形 बॅनर -03

बातम्या

जीनोम इव्होल्यूशन, पेंजेनोम

पॅन-जीनोम म्हणजे काय?

संचयित पुरावे असे दर्शविते की प्रजातींच्या वेगवेगळ्या ताणांमधील भिन्नता प्रचंड असू शकते. एकल जीनोम एकाच प्रजातीच्या अनुवांशिक माहितीचे संपूर्ण चित्र मिळविण्यासाठी पुरेसे नाही. पॅन-जीनोम अभ्यासाचा हेतू म्हणजे प्रजातींचा अधिक व्यापक जीनोमिक आलेख प्राप्त करणे आणि असंख्य ताणांचे जीनोम डी नोव्हो असेंब्ली आयोजित करून वैशिष्ट्ये आणि अनुवांशिक कोडमधील संबंध डीकोड करणे, जे भिन्नतेचे सखोल आणि विस्तृत खाण करण्यास परवानगी देते.

पॅन-जीनोम अभ्यासाचा ट्रेंड

1

आकृती 1 पॅन-जीनोमच्या प्रकाशित संशोधन कागदपत्रांचा ट्रेंड.
टीपः निसर्ग, सेल आणि विज्ञान मालिकेच्या नियतकालिकांमध्ये प्रकाशित केलेल्या लेखांची शीर्षके शोधण्यासाठी मुख्य शब्द म्हणून “पॅन-जीनोम” घेतल्याचा परिणाम आकृती दर्शवितो.

अ. एकाधिक नमुन्यांमधील वाचन संदर्भात संरेखित केले जातात आणि अबाधित नसलेल्या कादंबरीच्या कॉन्टिगमध्ये एकत्र केले जातात. मूळ संदर्भ अनुक्रमात ही कादंबरी कॉन्टिग्स जोडून, ​​एक पेंजेनोम संदर्भ तयार केला जाऊ शकतो. डिस्पेंसेबल प्रांत सर्व वाचनांना पॅन्जेनोमकडे परत मॅपिंगवर आधारित आहेत.

बी. एकाधिक प्रवेशाच्या जीनोमची डी नोव्हो असेंब्ली संपूर्ण जीनोम संरेखन पध्दतींना डिस्पेंसेबल जीनोमिक प्रदेश ओळखण्यास अनुमती देते.

सी. पॅन-जीनोम आलेख संपूर्ण जीनोम संरेखनांद्वारे किंवा डी नोव्हो ग्राफ असेंब्लीद्वारे तयार केला जाऊ शकतो, जो ग्राफच्या माध्यमातून अनन्य मार्ग म्हणून डिस्पेंसेबल प्रदेशांची भिन्न माहिती कार्यक्षमतेने संचयित करतो.

पॅन-जीनोम कसे तयार करावे?

2

आकृती 2 पॅन-जीनोम पध्दतींची तुलना1

अ. एकाधिक नमुन्यांमधील वाचन संदर्भात संरेखित केले जातात आणि अबाधित नसलेल्या कादंबरीच्या कॉन्टिगमध्ये एकत्र केले जातात. मूळ संदर्भ अनुक्रमात ही कादंबरी कॉन्टिग्स जोडून, ​​एक पेंजेनोम संदर्भ तयार केला जाऊ शकतो. डिस्पेंसेबल प्रांत सर्व वाचनांना पॅन्जेनोमकडे परत मॅपिंगवर आधारित आहेत.

बी. एकाधिक प्रवेशाच्या जीनोमची डी नोव्हो असेंब्ली संपूर्ण जीनोम संरेखन पध्दतींना डिस्पेंसेबल जीनोमिक प्रदेश ओळखण्यास अनुमती देते.

सी. पॅन-जीनोम आलेख संपूर्ण जीनोम संरेखनांद्वारे किंवा डी नोव्हो ग्राफ असेंब्लीद्वारे तयार केला जाऊ शकतो, जो ग्राफच्या माध्यमातून अनन्य मार्ग म्हणून डिस्पेंसेबल प्रदेशांची भिन्न माहिती कार्यक्षमतेने संचयित करतो.

अलीकडेच पॅन-जीनोम्स प्रकाशित केले

● बलात्कार पॅन-जीनोम्स2

3

● टोमॅटो पॅन-जीनोम्स 3

4

● तांदूळ पॅन -जेनोम4

5

● सूर्यफूल पॅन-जीनोम5

6

● सोयाबीन पॅन-जीनोम 6

7

● तांदूळ पॅन-जीनोम7

8

● बार्ली पॅन-जीनोम8

9

● गहू पॅन-जीनोम9

10

● ज्वारी पॅन-जीनोम10

11

● फायटोप्लांक्टन पॅन-जीनोम11

12

संदर्भ

1. बायर पीई, गॉलिकझ एए, स्केबेन ए, बॅटले जे, एडवर्ड्स डी. प्लांट पॅन-जेनोम्स हा नवीन संदर्भ आहे. NAT वनस्पती. 2020; 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/S41477-020-0733-0

2. गाणे जेएम, ग्वान झेड, हू जे, इत्यादी. आठ उच्च-गुणवत्तेच्या जीनोम पॅन-जीनोम आर्किटेक्चर आणि ब्रासिका नॅपसचे इकोटाइप भिन्नता प्रकट करतात. NAT वनस्पती. 2020; 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/S41477-019-0577-7

3. गाओ एल, गोंडा प्रथम, सन एच, इत्यादी. टोमॅटो पॅन-जीनोम नवीन जीन्स आणि एक दुर्मिळ le लेलचे नियमन करणारे फळांचा स्वाद शोधते. नेट जेनेट. 2019; 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/S41588-019-0410-2

4. झाओ क्यू, फेंग क्यू, लू एच, इत्यादी. पॅन-जीनोम विश्लेषणाने लागवड केलेल्या आणि वन्य तांदूळातील जीनोमिक भिन्नतेची मर्यादा [प्रकाशित दुरुस्ती नेट जेनेटमध्ये दिसते. 2018 ऑगस्ट; 50 (8): 1196]. नेट जेनेट. 2018; 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/S41588-018-0041-z

5. हबनर एस, बेरकोविच एन, टॉडेस्को एम, इत्यादी. सूर्यफूल पॅन-जीनोम विश्लेषण दर्शविते की संकरीत जनुक सामग्री आणि रोग प्रतिकार बदलला. NAT वनस्पती. 2019; 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/S41477-018-0329-0

6. लिऊ वाय, डु एच, ली पी, इत्यादी. वन्य आणि लागवड केलेल्या सोयाबीनचे पॅन-जीनोम. सेल. 2020; 182 (1): 162-176.e13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023

7. किन पी, लू एच, डु एच, इत्यादी. 33 अनुवांशिकदृष्ट्या वैविध्यपूर्ण तांदळाच्या प्रवेशाचे पॅन-जीनोम विश्लेषण लपविलेले जीनोमिक भिन्नता [प्रिंटच्या पुढे ऑनलाइन प्रकाशित, 2021 मे 25] प्रकट करते. सेल. 2021; s0092-8674 (21) 00581-x. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046

8. जयकोदी एम, पद्मारसू एस, हबरर जी, इत्यादी. बार्ली पॅन-जीनोम उत्परिवर्तन प्रजननाचा लपलेला वारसा प्रकट करतो. निसर्ग. 2020; 588 (7837): 284-289. डीओआय: 10.1038/एस 41586-020-2947-8

9. वॉकोवियाक एस, गाओ एल, मोनाट सी, इत्यादी. एकाधिक गहू जीनोम आधुनिक प्रजननात जागतिक भिन्नता प्रकट करतात. निसर्ग. 2020; 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x

10. ताओ वाय, लुओ एच, झू जे, इत्यादी. पॅन-जीनोमच्या पॅन-जीनोममध्ये विस्तृत भिन्नता [प्रिंटच्या आधी ऑनलाइन प्रकाशित, 2021 मे 20]. NAT वनस्पती. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x

11. फॅन एक्स, क्यूयू एच, हान डब्ल्यू, इत्यादी. फायटोप्लांक्टन पेंजेनोम विविध कार्ये विस्तृत प्रोकेरियोटिक क्षैतिज जनुक हस्तांतरण प्रकट करते. विज्ञान अ‍ॅड. 2020; 6 (18): EABA0111. 2020 एप्रिल 29 प्रकाशित. डोई: 10.1126/sciadv.aba0111


पोस्ट वेळ: जाने -04-2022

आम्हाला आपला संदेश पाठवा: