संपूर्ण जीनोम रीसेक्शन
एसएआरएस-सीओव्ही -2 चे जीनोमिक्स मॉनिटरिंग एनएसपी 1 डिलीटेशन व्हेरिएंट उघडते जे टाइप I इंटरफेरॉन प्रतिसाद सुधारित करते
नॅनोपोर | इल्युमिना | संपूर्ण जीनोम रीसेक्शन | मेटाजेनोमिक्स | आरएनए-सेक | सेन्जर
बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीजने या अभ्यासामध्ये नमुना अनुक्रमांवर तांत्रिक सहाय्य प्रदान केले.
हायलाइट्स
1. एसएआरएस-सीओव्ही -2 जीनोम सिक्वेंसींग आणि फायलॉनेटिक विश्लेषण 31 एसएनपी आणि 4 इंडल्ससह 35 वारंवार उत्परिवर्तन ओळखतात.
2. 117 क्लिनिकल फेनोटाइपसह असोसिएशन संभाव्यपणे प्रकट करते
महत्त्वपूर्ण उत्परिवर्तन.
एनएसपी 1 कोडिंग प्रदेशातील -500-532 कमी व्हायरलशी संबंधित आहे
3. लोड आणि सीरम ifn-β.
4. व्हिरल ∆500-532 उत्परिवर्तन सह अलगाव लोअर आयएफएन-आय
संक्रमित पेशींमध्ये प्रतिसाद.
प्रायोगिक डिझाइन
यश
1. कोव्हिड -19 महामारीविज्ञान आणि जीनोमिक पाळत ठेवणे
22 जानेवारी, 2020 ते 20 फेब्रुवारी, 2020 या कालावधीत उद्रेक कालावधीत सिचुआन प्रांतातील क्लिनिकल डेटा गोळा केला गेला. सिचुआनमधील क्यूपीसीआर चाचण्यांद्वारे एकूण 8 538 कोटीआयडी -१ cases प्रकरणांची पुष्टी झाली, त्यातील २.8..8% प्रांतातील २.8..8% प्रांताचे होते. भांडवल. 30 जानेवारी रोजी पीक घेत सिचुआनमधील पुष्टी झालेल्या प्रकरणांमध्ये झपाट्याने वाढ झाली. तसेच, डेटा समर्थित आहे की सामाजिक अंतर विषाणूचा प्रसार रोखण्यासाठी एक महत्त्वाचा घटक असू शकतो.
आकृती 1. चीनच्या सिचुआन प्रांतातील कोविड -१ of चा महामारीविज्ञान अभ्यास
2. एसएआरएस-सीओव्ही -2 जीनोम बांधकाम आणि रूपे ओळख
मल्टिप्लेक्स पीसीआर प्रवर्धनानंतर नॅनोपोर सिक्वेंसींगनंतर, 248 रूग्णांकडून एकूण 310 जवळपास- किंवा आंशिक-पूर्ण जीनोम अंदाजे तयार केले गेले. 10 वाचनांनी व्यापलेल्या 80% जीनोम (म्हणजे खोली: 0.39 मीटर प्रति नमुना वाचतो).
आकृती 2. सिचुआन कोहोर्टमधील प्रत्येक रूपांची वारंवारता
एसएआरएस-सीओव्ही -2 जीनोममधून एकूण 104 एसएनपी आणि 18 इंडेल्स ओळखले गेले, ज्यामध्ये 31 एसएनपी आणि 4 इंडल्स वारंवार अनुवांशिक रूपे म्हणून ओळखले गेले. त्यांची तुलना वुहानच्या 169 नमुन्यांशी आणि जीआयएसएआयडी मधील 81,391 उच्च-गुणवत्तेच्या पब्लिक जीनोम सीक्वेन्ससह, इतर खंडांमध्ये सादर केलेल्या 35 रूपांपैकी 29. उल्लेखनीय म्हणजे, ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 आणि T13243C यासह चार रूपे केवळ सिचुआन आणि वुहानमध्ये उपस्थित असल्याचे आढळले आणि हे दर्शविते की हे रूपे वुहानपासून संकोच होण्याची शक्यता आहे, जे वुहानपासून संकोच होते, जे पूर्ण झाले आहे. रूग्णांच्या प्रवासाची नोंद.
जास्तीत जास्त संभाव्यता (एमएल) पद्धत आणि बायसीयन आण्विक घड्याळाच्या दृष्टिकोनासह उत्क्रांती विश्लेषणाची प्रक्रिया 88 नवीन व्हायरस एसफ्रॅम सिचुआन आणि इतर प्रदेशांमधील 250 क्युरेटेड जीनोमवर केली गेली. फिलोजेनेटिक झाडामध्ये ∆500-532 (एनएसपी 1 कोडिंग प्रदेशात हटविणे) असलेले जीनोम विरळ वितरित आढळले. एनएसपी 1 व्हेरिएंटवरील हॅप्लोटाइप विश्लेषणाने त्यापैकी 5 एकाधिक शहरांमधून ओळखले. या निकालांनी असे सूचित केले की ∆500-532 एकाधिक शहरांमध्ये उद्भवले आणि वुहानमधून अनेक वेळा आयात केले जाऊ शकते.
आकृती 2
3. क्लिनिकल प्रभावांसह वारंवार अनुवांशिक रूपांची असोसिएशन
117 क्लिनिकल फेनोटाइप्स कोटीआयडी -१ real च्या तीव्रतेशी संबंधित होते, जेथे १ reat तीव्रतेशी संबंधित फिनोटाइप्सला गंभीर आणि नॉन-गुळगुळीत वैशिष्ट्यांमध्ये वर्गीकृत केले गेले. या वैशिष्ट्यांमधील आणि 35 आवर्ती अनुवांशिक रूपांमधील संबंध द्वि-क्लस्टर हीटमॅपमध्ये व्ह्युअललाइझ केले गेले. जीएसईए-सारख्या क्रमांकाच्या संवर्धन विश्लेषणावरून असे दिसून आले आहे की ∆500-532 रक्तातील ईएसआर, सीरम आयएफएन- β आणि सीडी 3+ सीडी 8+ टी सेलची संख्या नकारात्मकपणे संबंधित आहे. शिवाय, क्यूपीसीआर चाचण्यांमधून असे दिसून आले आहे की विषाणूची लागण झालेल्या रूग्णांना ∆500-532 मध्ये सर्वाधिक सीटी मूल्य आहे, म्हणजेच सर्वात कमी व्हायरल लोड.
आकृती 3. क्लिनिकल फेनोटाइपसह 35 वारंवार अनुवांशिक रूपांची असोसिएशन
4. व्हायरल उत्परिवर्तन संबंधित क्लिनिकल फेनोटाइपवर प्रमाणीकरण
एनएसपी 1 फंक्शन्सवरील ∆500-532 चे प्रभाव समजून घेण्यासाठी, एचके 239 टी पेशी पूर्ण-लांबी, डब्ल्यूटी एनएसपी 1 आणि हटविण्यासह उत्परिवर्ती फॉर्म व्यक्त करणार्‍या प्लाझ्मिड्ससह संक्रमण केले गेले. पीसीए विश्लेषणासाठी प्रत्येक उपचारित एचके 239 टी पेशींच्या ट्रान्सक्रिप्टोम प्रोफाइलवर प्रक्रिया केली गेली, हे दर्शविते की डिलीटेशन म्युटंट्स तुलनेने क्लस्टर केलेले आणि डब्ल्यूटी एनएसपी 1 पेक्षा लक्षणीय भिन्न होते. उत्परिवर्तनात लक्षणीय अपग्रेटेड जीन्स प्रामुख्याने “पेप्टाइड बायोसिंथेटिक/चयापचय प्रक्रिया”, “रिबोन्यूक्लियोप्रोटीन कॉम्प्लेक्स बायोजेनेसिस”, “प्रथिने/पडदा/ईआर” इत्यादींमध्ये समृद्ध केली गेली.
आकृती.
आयएफएन -1 प्रतिसादावरील हटविण्याच्या परिणामाची देखील ओव्हरप्रेसप्रेस अभ्यासामध्ये चाचणी घेण्यात आली. ट्रान्सक्रिप्टोम लेव्हल आणि प्रोटीन दोन्ही स्तरावर ट्रान्सफेक्टेड एचईके 239 टी आणि ए 549 पेशींमध्ये आयएफएन -1 रिपसन कमी करण्यासाठी सर्व चाचणी केलेल्या हटविण्या दर्शविल्या गेल्या. विशेष म्हणजे, हटविण्यातील लक्षणीय डाउन-रेग्युलेटेड जीन्स "व्हायरसला संरक्षण प्रतिसाद", "व्हायरल जीनोम प्रतिकृती", "आरएनए पॉलिमरेज II द्वारे ट्रान्सक्रिप्शनचे नियमन" आणि "टाइप I इंटरफेरॉनला प्रतिसाद" मध्ये समृद्ध केले गेले.
आकृती 5. Pre 500-532 उत्परिवर्तनात इंटरफेरॉन सिग्नलिंग मार्गांचे खाली नियमन
या अभ्यासामध्ये, विषाणूवरील या हटविण्याच्या परिणामाची पुष्टी व्हायरल इन्फेक्शन अभ्यासाद्वारे केली गेली. विशिष्ट उत्परिवर्तनांसह व्हायरस क्लिनिकल नमुन्यांपासून वेगळे केले गेले आणि सीएएलयू -3 पेशींमध्ये संक्रमित केले गेले. व्हायरल इन्फेक्शन अभ्यासावरील तपशीलवार परिणाम पेपरमध्ये वाचले जाऊ शकतात.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
संदर्भ
लिन जे, तांग सी, वेई एच, इत्यादी. एसएआरएस-सीओव्ही -2 चे जीनोमिक मॉनिटरींग एनएसपी 1 डिलीटेशन व्हेरिएंटचा शोध घेते जे टाइप I इंटरफेरॉन प्रतिसाद [जे] सुधारित करते. सेल होस्ट आणि मायक्रोब, 2021.
बातम्या आणि हायलाइट्स बायोमार्कर टेक्नॉलॉजीजसह नवीनतम यशस्वी प्रकरणे सामायिक करण्याचे उद्दीष्ट आहे, कादंबरी वैज्ञानिक कामगिरी तसेच अभ्यासादरम्यान लागू केलेली प्रमुख तंत्र.
पोस्ट वेळ: जाने -06-2022