हाय-सी आधारित क्रोमॅटिन परस्परसंवाद
सेवा वैशिष्ट्ये
● PE150 सह Illumina NovaSeq वर सिक्वेन्सिंग.
● सेवेसाठी ऊतींचे नमुने आवश्यक आहेत, काढलेल्या न्यूक्लिक ॲसिडऐवजी, फॉर्मल्डिहाइडशी क्रॉस-लिंक आणि DNA-प्रोटीन परस्परसंवाद संरक्षित करण्यासाठी.
● हाय-सी प्रयोगामध्ये बायोटिनसह चिकट टोकांची निर्बंध आणि शेवटची दुरुस्ती समाविष्ट आहे, त्यानंतर परस्परसंवाद जतन करताना परिणामी ब्लंट टोकांचे वर्तुळाकार केले जाते. डीएनए नंतर स्ट्रेप्टाव्हिडिन मण्यांनी खाली खेचले जाते आणि त्यानंतरच्या लायब्ररीच्या तयारीसाठी शुद्ध केले जाते.
सेवा फायदे
●इष्टतम प्रतिबंध एंझाइम डिझाइन: 93% पर्यंत वैध परस्पर जोड्यांसह विविध प्रजातींवर उच्च हाय-सी कार्यक्षमता सुनिश्चित करण्यासाठी.
●विस्तृत कौशल्य आणि प्रकाशन रेकॉर्ड:BMKGene ला 800 विविध प्रजाती आणि विविध पेटंट्समधील >2000 हाय-सी सिक्वेन्सिंग प्रकल्पांचा मोठा अनुभव आहे. 900 हून अधिक संचयी प्रभाव घटकांसह 100 हून अधिक प्रकाशित प्रकरणे.
●उच्च-कुशल बायोइन्फॉरमॅटिक्स टीम:हाय-सी प्रयोग आणि डेटा विश्लेषणासाठी इन-हाउस पेटंट आणि सॉफ्टवेअर कॉपीराइट आणि स्वयं-विकसित व्हिज्युअलायझेशन डेटा सॉफ्टवेअरसह.
●पोस्ट-विक्री समर्थन:आमची वचनबद्धता 3 महिन्यांच्या विक्री-पश्चात सेवा कालावधीसह प्रकल्प पूर्ण होण्याच्या पलीकडे विस्तारते. या वेळी, आम्ही परिणामांशी संबंधित कोणत्याही शंकांचे निराकरण करण्यासाठी प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्यानिवारण सहाय्य आणि प्रश्नोत्तर सत्रे ऑफर करतो.
●सर्वसमावेशक भाष्य: आम्ही ओळखलेल्या भिन्नतेसह जनुकांवर कार्यात्मक भाष्य करण्यासाठी अनेक डेटाबेस वापरतो आणि संबंधित संवर्धन विश्लेषण करतो, एकाधिक संशोधन प्रकल्पांवर अंतर्दृष्टी प्रदान करतो.
सेवा तपशील
| लायब्ररी | अनुक्रम धोरण | शिफारस केलेले डेटा आउटपुट | हाय-सी सिग्नल रिझोल्यूशन |
| हाय-सी लायब्ररी | Illumina PE150 | क्रोमॅटिन लूप: 150x TAD: 50x | क्रोमॅटिन लूप: 10Kb TAD: 40Kb |
सेवा आवश्यकता
| नमुना प्रकार | आवश्यक रक्कम |
| प्राणी मेदयुक्त | ≥2 ग्रॅम |
| संपूर्ण रक्त | ≥2mL |
| बुरशी | ≥1 ग्रॅम |
| वनस्पती - तरुण ऊतक | 1g/aliquot, 2-4 aliquotes शिफारस |
| सुसंस्कृत पेशी | ≥1x107 |
खालील विश्लेषणाचा समावेश आहे:
● कच्चा डेटा QC;
● मॅपिंग आणि हाय-सी लायब्ररी QC: वैध परस्पर जोड्या आणि परस्पर क्षय घातांक (IDEs);
● जीनोम-व्यापी परस्परसंवाद प्रोफाइलिंग: cis/trans विश्लेषण आणि Hi-C परस्परसंवाद नकाशा;
● A/B कंपार्टमेंट वितरणाचे विश्लेषण;
● TADs आणि क्रोमॅटिन लूपची ओळख;
● नमुन्यांमधील 3D क्रोमॅटिन संरचना घटकांवर विभेदक विश्लेषण आणि संबंधित जनुकांचे संबंधित कार्यात्मक भाष्य.
सीआयएस आणि ट्रान्स प्रपोर्शन वितरण
नमुन्यांमधील क्रोमोसोमल परस्परसंवादाचा हीटमॅप
A/B कंपार्टमेंटचे जीनोम-व्यापी वितरण
क्रोमॅटिन लूपचे जीनोम-विस्तृत वितरण
TADs चे व्हिज्युअलायझेशन
प्रकाशनांच्या क्युरेट केलेल्या संग्रहाद्वारे BMKGene च्या हाय-सी सिक्वेन्सिंग सेवांद्वारे सुलभ संशोधन प्रगती एक्सप्लोर करा.
मेंग, टी. वगैरे. (2021) 'तुलनात्मक एकात्मिक मल्टी-ओमिक्स विश्लेषण CA2 ला कॉर्डोमासाठी नवीन लक्ष्य म्हणून ओळखते',न्यूरो-ऑन्कोलॉजी, 23(10), पृ. 1709-1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) '3D अव्यवस्थित आणि जीनोमची पुनर्रचना एकात्मिक हाय-सी, नॅनोपोर आणि आरएनए अनुक्रमाद्वारे NAFLD च्या पॅथोजेनेसिसमध्ये अंतर्दृष्टी प्रदान करते',ॲक्टा फार्मास्युटिका सिनिका बी, 11(10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
