डी नोव्हो फंगल जीनोम असेंब्ली
BMKGENE बुरशीजन्य जीनोमसाठी बहुमुखी उपाय ऑफर करते, विविध संशोधन गरजा आणि इच्छित जीनोम पूर्णतेची पूर्तता करते. केवळ शॉर्ट-रीड इलुमिना सिक्वेन्सिंगचा वापर केल्याने मसुदा जीनोम तयार होऊ शकतो. नॅनोपोर किंवा पॅकबिओ वापरून शॉर्ट-रीड्स आणि लाँग-रीड सिक्वेन्सिंग अधिक परिष्कृत बुरशीजन्य जीनोमसाठी एकत्रित केले जातात ज्यामध्ये लांब कॉन्टिग्स असतात. शिवाय, हाय-सी सिक्वेन्सिंग समाकलित केल्याने क्षमता आणखी वाढतात, ज्यामुळे संपूर्ण गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम प्राप्त करणे शक्य होते.
सेवा वैशिष्ट्ये
जीनोम पूर्णतेच्या इच्छित डिग्रीवर अवलंबून निवडण्यासाठी तीन संभाव्य पर्यायांसह:
● मसुदा जीनोम पर्याय: Illumina NovaSeq PE150 सह शॉर्ट-रीड सिक्वेन्सिंग.
● फंगल फाइन जीनोम पर्याय:
जीनोम सर्वेक्षण: Illumina NovaSeq PE150.
जीनोम असेंब्ली: PacBio Revio (HiFi रीड्स) किंवा Nanopore PromethION 48.
● गुणसूत्र-स्तरीय बुरशीजन्य जीनोम:
जीनोम सर्वेक्षण: Illumina NovaSeq PE150.
जीनोम असेंब्ली: PacBio Revio (HiFi रीड्स) किंवा Nanopore PromethION 48.
हाय-सी असेंब्लीसह कंटीग अँकरिंग.
सेवा फायदे
●एकाधिक अनुक्रम धोरण उपलब्ध: विविध संशोधन उद्दिष्टे आणि जीनोम पूर्णतेच्या आवश्यकतांसाठी
●बायोइन्फॉरमॅटिक्स वर्कफ्लो पूर्ण करा:यामध्ये जीनोम असेंब्ली आणि एकाधिक जीनोमिक घटकांचा अंदाज, कार्यात्मक जनुक भाष्य आणि कॉन्टिग अँकरिंग समाविष्ट आहे.
●विस्तृत कौशल्य: 12,000 हून अधिक मायक्रोबियल जीनोम एकत्र करून, आम्ही एका दशकाहून अधिक अनुभव, एक अत्यंत कुशल विश्लेषण टीम, सर्वसमावेशक सामग्री आणि विक्रीनंतरचा उत्कृष्ट सपोर्ट आणतो.
●पोस्ट-विक्री समर्थन:आमची वचनबद्धता 3 महिन्यांच्या विक्री-पश्चात सेवा कालावधीसह प्रकल्प पूर्ण होण्याच्या पलीकडे विस्तारते. या वेळी, आम्ही परिणामांशी संबंधित कोणत्याही शंकांचे निराकरण करण्यासाठी प्रोजेक्ट फॉलो-अप, समस्यानिवारण सहाय्य आणि प्रश्नोत्तर सत्रे ऑफर करतो.
सेवा तपशील
| सेवा | अनुक्रम धोरण | गुणवत्ता नियंत्रण |
| मसुदा जीनोम | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| ललित जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: Illumina PE150 50 x असेंबली: PacBio HiFi 30x किंवा Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（इतर） |
| गुणसूत्र-स्तरीय जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: Illumina PE150 50 x असेंबली: PacBio HiFi 30x किंवा Nanopore 100x हाय-सी असेंब्ली 100x | कंटिग अँकरिंग रेशो>90%
|
सेवा आवश्यकता
| एकाग्रता (ng/µL) | एकूण रक्कम (µg) | आवाज (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥२० | ≥2 | ≥२० | १.७-२.२ | ≥१.६ |
| नानोपोर | ≥40 | ≥2 | ≥२० | १.७-२.२ | १.०-३.० |
| इल्युमिना | ≥१ | ≥०.०६ | ≥२० | - | - |
युनिसेल्युलर फंगस: ≥3.5x1010 पेशी
मॅक्रो फंगस: ≥10 ग्रॅम
सेवा कार्य प्रवाह
नमुना वितरण
ग्रंथालय बांधकाम
अनुक्रम
डेटा विश्लेषण
विक्रीनंतर सेवा
खालील विश्लेषणाचा समावेश आहे:
जीनोम सर्वेक्षण:
- अनुक्रम डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
- जीनोम अंदाज: आकार, विषमता, पुनरावृत्ती घटक
फाइन जीनोम असेंब्ली:
- अनुक्रमांक डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
- नवीनविधानसभा
- जीनोम घटक विश्लेषण: सीडीएस आणि एकाधिक जीनोमिक घटकांचा अंदाज
- एकाधिक सामान्य डेटाबेससह कार्यात्मक भाष्य (GO, KEGG, इ.) आणि प्रगत डेटाबेस (CARD, VFDB, इ.)
हाय-सी असेंब्ली:
- हाय-सी लायब्ररी मूल्यांकन.
- कॉन्टिग्स अँकरिंग क्लस्टरिंग, ऑर्डरिंग आणि ओरिएंटिंग
- HI-C असेंब्लीचे मूल्यमापन: संदर्भ जीनोम आणि उष्णता नकाशावर आधारित
जीनोम सर्वेक्षण: के-मेर वितरण
जीनोम असेंब्ली: जीन होमोलॉगस एनोटेशन (एनआर डेटाबेस)
जीनोम असेंब्ली: फंक्शनल जीन एनोटेशन (GO)
BMKGene च्या बुरशीजन्य जीनोम असेंब्ली सेवांद्वारे प्रकाशने तयार केलेल्या संग्रहाद्वारे सुलभ केलेल्या प्रगतीचे अन्वेषण करा.
हाओ, जे. आणि इतर. (2023) 'बुडलेल्या परिस्थितीत औषधी मशरूम इनोनोटस ऑब्लिकसचे एकात्मिक ओमिक प्रोफाइलिंग',बीएमसी जीनोमिक्स, 24(1), pp. 1-12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
लू, एल. आणि इतर. (2023) 'जीनोम सिक्वेन्सिंग गव्हाच्या शार्प आयस्पॉट रोगकारक Rhizoctonia cerealis ची उत्क्रांती आणि रोगजनक यंत्रणा प्रकट करते',द क्रॉप जर्नल, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
झांग, एच. आणि इतर. (2023) 'जीनोम रिसोर्सेस फॉर फोर क्लेरीरेडिया स्पीसीज क्युझिंग डॉलर स्पॉट ऑन डायव्हर्स टर्फग्रासेस',वनस्पती रोग, 107(3), पृ. 929-934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
झांग, एसएस आणि इतर. (2023) 'खाद्य मशरूम ग्रिफोला फ्रोंडोसामध्ये टेट्रापोलर मेटिंग सिस्टमचे अनुवांशिक आणि आण्विक पुरावे',बुरशीचे जर्नल, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
