युकेरियोटिक एमआरएनए विश्लेषण (संदर्भ आधारित आणि डी नोवो पर्याय उपलब्ध)
ही पाइपलाइन NGS RNA-Seq डेटाचा इनपुट म्हणून वापर करते आणि एकाधिक डाउनस्ट्रीम विश्लेषणांमधून परिणाम तयार करते ज्यात समाविष्ट आहे परंतु इतकेच मर्यादित नाही: डेटा गुणवत्तेचे अनुक्रमण करणे,de novoट्रान्सक्रिप्शन साइट एनोटेशन, व्हेरिएबल स्प्लिसिंग विश्लेषण, विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषण, कार्य भाष्य आणि संवर्धन विश्लेषण.
लांब नॉन-कोडिंग आरएनए विश्लेषण
लाँग नॉन-कोडिंग RNAs (lncRNA) हे 200 nt पेक्षा जास्त लांबीचे नॉन-कोडिंग ट्रान्सक्रिप्ट आहेत आणि क्रोमॅटिन संस्था आणि नियमनात भूमिका बजावण्यासाठी ओळखले जातात. उच्च-थ्रूपुट सिक्वेन्सिंग तंत्रज्ञान आणि बायोइन्फॉरमॅटिक यांनी आम्हाला lncRNA अनुक्रमे आणि स्थान माहिती समजून घेण्यास सक्षम केले आहे जे महत्त्वाचे नियामक कार्यांसह lncRNAs ओळखण्यासाठी. ही पाइपलाइन युकेरियोटिक mRNA विश्लेषण पाइपलाइनमध्ये नमूद केलेल्या विश्लेषणांव्यतिरिक्त lncRNA विश्लेषण प्रदान करते.
16S/18S/ITS ॲम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंग
ऍम्प्लिकॉन सिक्वेन्सिंग मायक्रोबियल डायव्हर्सिटी ॲनालिसिस पाइपलाइन मायक्रोबियल डायव्हर्सिटी प्रोजेक्ट ॲनालिसिसमधील वर्षांच्या अनुभवावर आधारित विकसित करण्यात आली आहे. पाइपलाइनमध्ये मानकीकृत मूलभूत विश्लेषण समाविष्ट आहे, जे सध्याच्या सूक्ष्मजीव संशोधन आणि वैयक्तिक विश्लेषणाच्या मुख्य प्रवाहातील विश्लेषण सामग्रीचा समावेश करते. वैविध्यपूर्ण वैयक्तिक विश्लेषण करण्याच्या पर्यायासह विश्लेषण अहवाल समृद्ध आणि सर्वसमावेशक आहे. याव्यतिरिक्त, अतिरिक्त सानुकूलन आणि नियंत्रणासाठी नमुने आणि गट फ्लायवर सुधारित केले जाऊ शकतात.
शॉटगन मेटाजेनॉमिक्स विश्लेषण
शॉटगन मेटाजेनोमिक विश्लेषण पाइपलाइन पर्यावरणीय नमुन्यांमधून काढलेल्या मिश्रित जीनोमिक सामग्रीमधील NGS डेटा वापरते. समाविष्ट केलेले विश्लेषण प्रजाती विविधता आणि विपुलता, लोकसंख्येची रचना, फायलोजेनेटिक संबंध, कार्यात्मक जीन्स आणि पर्यावरणीय घटकांसह सहसंबंध नेटवर्क याविषयी तपशीलवार माहिती प्रदान करतात.
NGS-WGS वेरिएंट विश्लेषण
NGS-WGS व्हेरिएंट ॲनालिसिस ही एकात्मिक प्रकार शोध पाइपलाइन आहे जी डेटा गुणवत्ता नियंत्रण, अनुक्रम संरेखन, भाष्य आणि जनुक उत्परिवर्तन विश्लेषण करते. पाइपलाइन SNP आणि InDel शोधण्यासाठी GATK सर्वोत्तम पद्धतींचे अनुसरण करते आणि स्ट्रक्चरल व्हेरिएंट कॉलिंगसाठी Manta वापरते.
जीनोम वाइड असोसिएशन स्टडी (GWAS)
GWAS पाइपलाइन हे एक डाउनस्ट्रीम विश्लेषण आहे जे आधी व्युत्पन्न केलेल्या VCF फाइल्स आणि संबंधित फेनोटाइप डेटा इनपुट म्हणून व्यक्तींच्या समूहासाठी घेते. विशिष्ट सांख्यिकीय पद्धतींचा वापर करून, GWAS चे उद्दिष्ट फिनोटाइपिक फरकांशी संबंधित जीनोम-व्यापी न्यूक्लियोटाइड भिन्नता उघड करणे आहे. जटिल मानवी रोग आणि वनस्पती आणि प्राण्यांमधील गुंतागुंतीच्या वैशिष्ट्यांशी संबंधित कार्यात्मक जनुकांचा शोध घेण्यात ती महत्त्वपूर्ण भूमिका बजावते.
मोठ्या प्रमाणात पृथक्करण विश्लेषण (BSA)
BSA विश्लेषणामध्ये विभक्त लोकसंख्येतील अत्यंत फिनोटाइपिक वैशिष्ट्यांसह व्यक्ती एकत्र करणे समाविष्ट आहे. संचित नमुन्यांमधील विभेदक स्थानाची तुलना करून, हा दृष्टीकोन लक्ष्य जनुकांशी संबंधित जवळून जोडलेले आण्विक मार्कर वेगाने ओळखतो. वनस्पती आणि प्राण्यांच्या अनुवांशिक मॅपिंगमध्ये मोठ्या प्रमाणावर वापरले जाते, हे मार्कर-सहाय्यित प्रजननासाठी एक मौल्यवान साधन आहे.
उत्क्रांती अनुवांशिक विश्लेषण
उत्क्रांती आनुवंशिक विश्लेषण कार्यप्रवाह अनुवांशिक उत्क्रांती प्रकल्पांमध्ये BMKGENE च्या व्यापक अनुभवाचा लाभ घेते आणि त्यात फायलोजेनेटिक वृक्ष बांधकाम, लिंकेज असमतोल विश्लेषण, अनुवांशिक विविधता मूल्यांकन, निवडक स्वीप ओळख, नातेसंबंध विश्लेषण, मुख्य घटक आणि लोकसंख्या रचना यांचा समावेश आहे.
