BMKMANU S1000 Spatial Transscriptome
BMKMANU S1000 अवकाशीय ट्रान्सक्रिप्टम तांत्रिक योजना
वैशिष्ट्ये
● ठराव: 5 µM
● स्पॉट व्यास: 2.5 µM
● स्पॉट्सची संख्या: अंदाजे 2 दशलक्ष
● 3 संभाव्य कॅप्चर क्षेत्र स्वरूप: 6.8 मिमी * 6.8 मिमी, 11 मिमी * 11 मिमी किंवा 15 मिमी * 20 मिमी
● प्रत्येक बारकोड केलेला मणी 4 विभागांनी बनलेल्या प्राइमर्सने भरलेला असतो:
एमआरएनए प्राइमिंग आणि सीडीएनए संश्लेषणासाठी पॉली(डीटी) शेपटी
प्रवर्धन पूर्वाग्रह दुरुस्त करण्यासाठी युनिक मॉलिक्युलर आयडेंटिफायर (UMI).
अवकाशीय बारकोड
आंशिक रीड 1 सिक्वेन्सिंग प्राइमरचा बंधनकारक क्रम
● H&E आणि विभागांचे फ्लोरोसेंट डाग
● वापरण्याची शक्यतासेल विभाजन तंत्रज्ञान: प्रत्येक पेशीच्या सीमा निश्चित करण्यासाठी आणि प्रत्येक पेशीला जनुक अभिव्यक्ती योग्यरित्या नियुक्त करण्यासाठी H&E स्टेनिंग, फ्लोरोसेंट स्टेनिंग आणि RNA अनुक्रमांचे एकत्रीकरण.
BMKMANU S1000 चे फायदे
●उप-सेल्युलर रिझोल्यूशन: प्रत्येक कॅप्चर क्षेत्रामध्ये 2.5 µm व्यासासह 2 दशलक्ष अवकाशीय बारकोड केलेले स्पॉट्स आणि स्पॉट केंद्रांमधील अंतर 5 µm आहे, ज्यामुळे सब-सेल्युलर रिझोल्यूशन (5 µm) सह अवकाशीय ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण सक्षम होते.
●बहु-स्तरीय रिझोल्यूशन विश्लेषण:इष्टतम रिझोल्यूशनमध्ये विविध ऊतक वैशिष्ट्यांचे निराकरण करण्यासाठी 100 μm ते 5 μm पर्यंतचे लवचिक बहु-स्तरीय विश्लेषण.
● "एका स्लाइडमध्ये तीन" सेल सेगमेंटेशन तंत्रज्ञान वापरण्याची शक्यता:एकाच स्लाइडवर फ्लोरोसेन्स स्टेनिंग, H&E स्टेनिंग आणि RNA अनुक्रम एकत्र करून, आमचे "थ्री-इन-वन" विश्लेषण अल्गोरिदम त्यानंतरच्या सेल-आधारित ट्रान्सक्रिप्टॉमिक्ससाठी सेल सीमा ओळखण्यास सक्षम करते.
●मल्टिपल सिक्वेन्सिंग प्लॅटफॉर्मसह सुसंगत: NGS आणि लाँग-रीड सिक्वेन्सिंग दोन्ही उपलब्ध.
●1-8 सक्रिय कॅप्चर क्षेत्राची लवचिक रचना: कॅप्चर क्षेत्राचा आकार लवचिक आहे, 3 फॉरमॅट वापरणे शक्य आहे (6.8 मिमी * 6.8 मिमी., 11 मिमी * 11 मिमी आणि 15 मिमी * 20 मिमी)
●वन-स्टॉप सेवा: हे क्रायो-सेक्शनिंग, स्टेनिंग, टिश्यू ऑप्टिमायझेशन, अवकाशीय बारकोडिंग, लायब्ररीची तयारी, अनुक्रम आणि बायोइन्फॉरमॅटिक्स यासह सर्व अनुभव आणि कौशल्य-आधारित पायऱ्या एकत्रित करते.
●सर्वसमावेशक बायोइन्फॉरमॅटिक्स आणि परिणामांचे वापरकर्ता-अनुकूल व्हिज्युअलायझेशन:पॅकेजमध्ये सेल स्प्लिटिंग आणि स्पॉट क्लस्टरिंगची कल्पना आणि सानुकूलित करण्यासाठी इनहाऊस विकसित सॉफ्टवेअरच्या वापरासह 29 विश्लेषणे आणि 100+ उच्च-गुणवत्तेच्या आकृत्यांचा समावेश आहे.
●सानुकूलित डेटा विश्लेषण आणि व्हिज्युअलायझेशन: विविध संशोधन विनंत्यांसाठी उपलब्ध
●उच्च-कुशल तांत्रिक संघ: मानव, उंदीर, सस्तन प्राणी, मासे आणि वनस्पतींसह 250 हून अधिक ऊतींचे प्रकार आणि 100+ प्रजातींचा अनुभव.
●संपूर्ण प्रकल्पावरील रिअल-टाइम अपडेट्स: प्रायोगिक प्रगतीच्या पूर्ण नियंत्रणासह.
●सिंगल-सेल एमआरएनए सिक्वेन्सिंगसह वैकल्पिक संयुक्त विश्लेषण
सेवा तपशील
|
नमुना आवश्यकता
| लायब्ररी |
अनुक्रम धोरण
| डेटाची शिफारस केली आहे | गुणवत्ता नियंत्रण |
| OCT-एम्बेडेड क्रायो नमुने, प्रति नमुने 3 ब्लॉक | S1000 cDNA लायब्ररी | Illumina PE150 (इतर प्लॅटफॉर्म उपलब्ध) | प्रति 100 uM 100K PE रीड (60-150 Gb) | RIN>7 |
नमुना तयारी मार्गदर्शन आणि सेवा कार्यप्रवाह बद्दल अधिक तपशीलांसाठी, कृपया मोकळ्या मनाने अ शी बोलाBMKGENE तज्ञ
सेवा कार्य प्रवाह
नमुना तयार करण्याच्या टप्प्यात, उच्च-गुणवत्तेचा आरएनए मिळू शकतो याची खात्री करण्यासाठी प्रारंभिक मोठ्या प्रमाणात आरएनए निष्कर्षण चाचणी केली जाते. टिश्यू ऑप्टिमायझेशन स्टेजमध्ये विभाग डाग आणि दृश्यमान केले जातात आणि ऊतकांमधून mRNA सोडण्यासाठी पारगम्यीकरण परिस्थिती अनुकूल केली जाते. त्यानंतर लायब्ररीच्या बांधकामादरम्यान ऑप्टिमाइझ केलेला प्रोटोकॉल लागू केला जातो, त्यानंतर अनुक्रम आणि डेटा विश्लेषण केले जाते.
पूर्ण सेवा वर्कफ्लोमध्ये रिअल-टाइम अपडेट्स आणि क्लायंट पुष्टीकरणांचा समावेश असतो, ज्यामुळे प्रकल्पाची सुरळीत अंमलबजावणी सुनिश्चित होते.
BMKMANU S1000 द्वारे व्युत्पन्न केलेल्या डेटाचे विश्लेषण “BSTMatrix” सॉफ्टवेअर वापरून केले जाते, जे BMKGENE द्वारे स्वतंत्रपणे डिझाइन केलेले आहे, जीन एक्सप्रेशन मॅट्रिक्स तयार करते. तेथून, एक मानक अहवाल तयार केला जातो ज्यामध्ये डेटा गुणवत्ता नियंत्रण, अंतर्गत-नमुना विश्लेषण आणि आंतर-समूह विश्लेषण समाविष्ट असते.
● डेटा गुणवत्ता नियंत्रण:
डेटा आउटपुट आणि गुणवत्ता स्कोअर वितरण
प्रति स्पॉट जनुक शोध
ऊतक कव्हरेज
● अंतर्गत-नमुना विश्लेषण:
जीन समृद्धता
स्पॉट क्लस्टरिंग, कमी परिमाण विश्लेषणासह
क्लस्टर्समधील विभेदक अभिव्यक्ती विश्लेषण: मार्कर जीन्सची ओळख
मार्कर जनुकांचे कार्यात्मक भाष्य आणि संवर्धन
● आंतर-समूह विश्लेषण:
दोन्ही नमुन्यांमधून स्पॉट्सचे पुन्हा संयोजन (उदा. रोगग्रस्त आणि नियंत्रण) आणि पुन्हा क्लस्टर
प्रत्येक क्लस्टरसाठी मार्कर जनुकांची ओळख
मार्कर जनुकांचे कार्यात्मक भाष्य आणि संवर्धन
गटांमधील समान क्लस्टरची विभेदक अभिव्यक्ती
याव्यतिरिक्त, BMKGENE ने विकसित केलेले “BSTViewer” हे एक वापरकर्ता-अनुकूल साधन आहे जे वापरकर्त्याला जीन अभिव्यक्ती आणि स्पॉट क्लस्टरिंगचे विविध रिझोल्यूशनवर दृश्यमान करण्यास सक्षम करते.
BMKGene ने यूजर फ्रेंडली व्हिज्युअलायझेशनसाठी सॉफ्टवेअर विकसित केले आहे
बहु-स्तरीय रिझोल्यूशनवर BSTViewer स्पॉट क्लस्टरिंग
BSTCellViewer: स्वयंचलित आणि मॅन्युअल सेल स्प्लिटिंग
आतील नमुना विश्लेषण
स्पॉट क्लस्टरिंग:
मार्कर जनुकांची ओळख आणि अवकाशीय वितरण:
आंतर-समूह विश्लेषण
दोन्ही गट आणि री-क्लस्टरमधील डेटा संयोजन:
नवीन क्लस्टर्सचे मार्कर जीन्स:
या वैशिष्ट्यीकृत प्रकाशनात BMKManu S1000 तंत्रज्ञानासह BMKGene च्या अवकाशीय ट्रान्सक्रिप्टॉमिक्स सेवांद्वारे सुलभ केलेल्या प्रगतीचे अन्वेषण करा:
गाणे, X. et al. (2023) 'स्पेशियल ट्रान्सक्रिप्टॉमिक्स टोमॅटो कॉलसमध्ये शूट रीजनरेशनला प्रोत्साहन देण्यासाठी प्रकाश-प्रेरित क्लोरेन्कायमा पेशी प्रकट करते',युनायटेड स्टेट्स ऑफ अमेरिकाच्या नॅशनल ॲकॅडमी ऑफ सायन्सेसची कार्यवाही, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
तुम्ही, वाय. वगैरे. (2023) 'सिक्वेन्सिंग-आधारित अवकाशीय ट्रान्सक्रिप्टोमिक पद्धतींची पद्धतशीर तुलना',bioRxiv, पी. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
