Багасгасан төлөөллийн бисульфит дараалал (RRBS)
Багасгасан төлөөллийн бисульфитын дараалал (RRBS) нь ДНХ-ийн метилжилтийн судалгаанд бүхэл геномын бисульфитын дараалал (WGBS)-ийн өртөг багатай, үр ашигтай хувилбар болж гарч ирсэн. WGBS нь нэг суурь нарийвчлалтайгаар геномыг бүхэлд нь судлах замаар иж бүрэн ойлголт өгдөг ч өндөр өртөг нь хязгаарлах хүчин зүйл болдог. RRBS нь геномын төлөөллийн хэсгийг сонгон шинжлэх замаар энэ сорилтыг стратегийн хувьд багасгадаг. Энэхүү аргачлал нь CpG арлын баялаг бүс нутгийг MspI-ийн хуваагдлаар баяжуулж, дараа нь 200-500/600 бит/с фрагментийн хэмжээг сонгоход тулгуурладаг. Иймд зөвхөн CpG арлуудтай ойролцоох бүс нутгуудыг дараалалд оруулдаг бол алслагдсан CpG арлуудыг шинжилгээнд хамруулаагүй болно. Энэхүү процесс нь бисульфитын дараалалтай хослуулан ДНХ-ийн метилжилтийг өндөр нарийвчлалтай илрүүлэх боломжийг олгодог ба дараалал тогтоох арга буюу PE150 нь дунд хэсэгт биш харин оруулгын төгсгөлд онцгой анхаарал хандуулж, метилжилтийн профайлын үр ашгийг нэмэгдүүлдэг. RRBS нь ДНХ-ийн метилизацийн судалгааг хэмнэлттэй хийж, эпигенетик механизмын талаарх мэдлэгийг дээшлүүлдэг үнэлж баршгүй хэрэгсэл юм.
Үйлчилгээний онцлог
● Лавлагаа геномыг шаарддаг.
● Ламбда ДНХ нь бисульфит хувиргах үр ашгийг хянахад ашиглагддаг.
● MspI хоол боловсруулах үр ашгийг мөн хянадаг.
● Ургамлын дээжийг давхар ферментийн задрал.
● Illumina NovaSeq дээр дараалал тогтоох.
Үйлчилгээний давуу тал
●WGBS-ийн зардал багатай, үр ашигтай хувилбар: шинжилгээг бага зардлаар, түүврийн шаардлага багатай хийх боломжийг олгоно.
●Бүрэн платформ:дээж боловсруулах, номын сан байгуулах, дараалал тогтоохоос эхлээд биоинформатикийн шинжилгээнд нэг цэгийн үйлчилгээ үзүүлнэ.
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: RRBS-ийн дараалсан төслүүдийг олон төрлийн төрөл зүйлд амжилттай хэрэгжүүлснээр BMKGENE нь арав гаруй жилийн туршлага, өндөр ур чадвартай шинжилгээний баг, иж бүрэн агуулга, борлуулалтын дараах маш сайн дэмжлэгийг авчирдаг.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Номын сан | Дараалал тогтоох стратеги | Санал болгож буй өгөгдлийн гаралт | Чанарын хяналт |
| MspI шингэцтэй, бисульфиттэй эмчилсэн номын сан | Illumina PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Бисульфитын хувиргалт > 99% MspI огтлох үр ашиг > 95% |
Загвар шаардлага
| Концентраци (нг/мкл) | Нийт хэмжээ (мкг) |
| |
| Геномын ДНХ | ≥ 30 | ≥ 1 | Хязгаарлагдмал доройтол буюу бохирдол |
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Дараах шинжилгээг багтаасан болно.
● Түүхий эд ангилах чанарын хяналт;
● Лавлагаа геномын зураглал;
● 5 мС метилжүүлсэн суурь илрүүлэх, мотивийг тодорхойлох;
● Метилжилтийн тархалтын шинжилгээ, дээжийн харьцуулалт;
● Дифференциал метилжсэн бүсүүдийн шинжилгээ (DMR);
● DMR-тэй холбоотой генүүдийн функциональ тайлбар.
Чанарын хяналт: хоол боловсруулах үр ашиг (геномын зураглалд)
Чанарын хяналт: бисульфитын хувиргалт (метиляцийн мэдээлэл олборлолтод)
Метилжилтийн зураг: 5мC метилжилтийн геномын өргөн тархалт
Жишээ харьцуулалт: Үндсэн бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн шинжилгээ
Дифференциал метилжүүлсэн бүсүүдийн (DMRs) шинжилгээ: дулааны зураг
BMKGene-ийн бүхэл бүтэн геном бисульфитийн дараалал тогтоох үйлчилгээнд тусгагдсан судалгааны ахиц дэвшлийг сонгон нийтлэлийн цуглуулгаар судлаарай.
Li, Z. et al. (2022) 'CRISPR идэвхжүүлэлт ба паракрин хүчин зүйлсээр Лейдиг төст эсүүдэд өндөр нарийвчлалтайгаар дахин програмчлах',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Хятадын монозигот ихрүүдийн биеийн бүтцийн геномын өргөн ДНХ метиляцийн шинжилгээ',Европын клиник судалгааны сэтгүүл, 53(11), х. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'ДНХ-ийн метилизаци ба бэлхүүс ба ташааны харьцаа: Хятадын монозигот ихрүүдийн эпигеномын өргөн хүрээний холбоо судалгаа',Эндокринологийн судалгааны сэтгүүл, 45(12), хуудас 2365–2376. doi: 10.1007 / S40618-022-01878-4.
