-
BMKMANU S3000_Орон зайн транскриптом
Орон зайн транскриптомик нь шинжлэх ухааны инновацийн тэргүүн эгнээнд зогсож, судлаачдад орон зайн нөхцөл байдлыг хадгалахын зэрэгцээ эд эс доторх генийн илэрхийллийн нарийн төвөгтэй хэлбэрийг судлах боломжийг олгодог. Төрөл бүрийн платформуудын дунд BMKGene нь BMKManu S3000 орон зайн транскриптомын чипийг бүтээж, 3.5 μм-ийн сайжруулсан нягтаршилтай, эсийн эсийн хязгаарт хүрч, олон түвшний нарийвчлалын тохиргоог идэвхжүүлдэг. Ойролцоогоор 4 сая цэг бүхий S3000 чип нь орон зайн зураасан кодтой камер бүхий бөмбөлгүүдийгээр давхарласан бичил цооногийг ашигладаг. Орон зайн бар кодоор баяжуулсан cDNA номын санг S3000 чипээс бэлтгэж, дараа нь Illumina NovaSeq платформ дээр дараалуулдаг. Орон зайн бар кодтой дээж болон UMI-ийн хослол нь үүсгэсэн өгөгдлийн нарийвчлал, өвөрмөц байдлыг баталгаажуулдаг. BMKManu S3000 чип нь маш уян хатан бөгөөд олон түвшний нарийвчлалын тохиргоог санал болгодог бөгөөд янз бүрийн эд эс, хүссэн нарийвчлалын түвшинд нарийн тааруулж болно. Энэхүү дасан зохицох чадвар нь чипийг орон зайн транскриптомикийн олон төрлийн судалгаанд хамгийн сайн сонголт болгож, хамгийн бага дуу чимээтэй орон зайн нарийн бөөгнөрөлийг баталгаажуулдаг. BMKManu S3000-тай эсийн сегментчиллийн технологийг ашиглах нь транскрипцийн өгөгдлийг эсийн хил хязгаарт хүргэх боломжийг олгодог бөгөөд ингэснээр биологийн шууд утгыг агуулсан дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог. Цаашилбал, S3000-ийн сайжруулсан нарийвчлал нь эс бүрээс илүү олон тооны ген, UMI илрүүлж, орон зайн транскрипцийн загвар болон эсийн бөөгнөрөлд илүү нарийвчлалтай дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.
-
Нэг цөмт РНХ-ийн дараалал
Нэг эсийг барьж авах, номын сан байгуулах арга техникийг өндөр үр ашигтай дараалалтай хослуулсан нь эсийн түвшинд генийн экспрессийн судалгаанд хувьсгал хийсэн. Энэхүү нээлт нь эсийн нийлмэл популяциудад илүү гүн гүнзгий, иж бүрэн дүн шинжилгээ хийх, бүх эсүүд дээрх генийн илэрхийлэлийг дундажлахтай холбоотой хязгаарлалтыг даван туулах, эдгээр популяцийн жинхэнэ гетероген байдлыг хадгалах боломжийг олгодог. Нэг эсийн РНХ-ийн дараалал (scRNA-seq) нь маргаангүй давуу талтай ч нэг эсийн суспензийг бий болгоход хэцүү, шинэ дээж авах шаардлагатай байдаг зарим эдэд бэрхшээлтэй тулгардаг. BMKGene дээр бид хамгийн сүүлийн үеийн 10X Genomics Chromium технологийг ашиглан нэг цөмт РНХ-ийн дараалал (snRNA-seq) санал болгосноор энэ бэрхшээлийг даван туулж байна. Энэ арга нь нэг эсийн түвшинд транскриптомын шинжилгээ хийх боломжтой дээжийн хүрээг өргөжүүлдэг.
Цөмийг тусгаарлах нь шинэлэг 10X Genomics Chromium чипээр хийгдсэн бөгөөд давхар огтлолцол бүхий найман сувгийн микрофлюидик системтэй. Энэ системд бар код, праймер, фермент, нэг цөм агуулсан гель сувгийг нанолитрийн хэмжээтэй тосны дусалд оруулан гель ирмэгийг эмульс болгон (GEM) бүрдүүлдэг. GEM үүссэний дараа GEM бүрийн дотор эсийн задрал, бар код ялгардаг. Дараа нь мРНХ молекулууд урвуу транскрипцийг cDNA-д хийж, 10X зураасан код болон Өвөрмөц молекулын танигч (UMI)-ыг агуулсан байдаг. Дараа нь эдгээр cDNA-уудыг стандарт дарааллын номын сангийн бүтээцэд хамруулж, нэг эсийн түвшинд генийн экспрессийн профайлыг бат бөх, иж бүрэн судлахад тусалдаг.
Платформ: 10 × Genomics Chromium ба Illumina NovaSeq платформ
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Орон зайн транскриптомик нь судлаачдад орон зайн нөхцөл байдлыг хадгалахын зэрэгцээ эд эсийн доторх генийн илэрхийллийн хэв маягийг судлах боломжийг олгодог хамгийн сүүлийн үеийн технологи юм. Энэ домэйны нэг хүчирхэг платформ бол 10x Genomics Visium бөгөөд Illumina дараалалтай хослуулсан. 10X Visium-ийн зарчим нь эд эсийн хэсгүүдийг байрлуулсан тусгай зориулалтын барих хэсэг бүхий тусгай чип дээр байрладаг. Энэхүү зураг авалтын хэсэгт зураасан кодтой цэгүүд байдаг бөгөөд тус бүр нь эд доторх орон зайн өвөрмөц байршилд тохирсон байдаг. Дараа нь урвуу транскрипцийн явцад эд эсээс авсан РНХ молекулуудыг өвөрмөц молекул танигч (UMIs) -аар тэмдэглэнэ. Эдгээр зураасан кодтой цэгүүд болон UMI-ууд нь орон зайн нарийн зураглал, генийн илэрхийлэлийг нэг эсийн нарийвчлалтайгаар тодорхойлох боломжийг олгодог. Орон зайн бар кодтой дээж болон UMI-ийн хослол нь үүсгэсэн өгөгдлийн нарийвчлал, өвөрмөц байдлыг баталгаажуулдаг. Энэхүү орон зайн транскриптомикийн технологийг ашигласнаар судлаачид эсийн орон зайн зохион байгуулалт, эдэд тохиолддог нарийн төвөгтэй молекулын харилцан үйлчлэлийн талаар илүү гүнзгий ойлголттой болж, онкологи, мэдрэл судлал, хөгжлийн биологи, дархлаа судлал зэрэг олон салбарын биологийн үйл явцын үндсэн механизмын талаар үнэлж баршгүй ойлголтыг санал болгодог. , болон ботаникийн судалгаа.
Платформ: 10X Genomics Visium болон Illumina NovaSeq
