-
Метагеномик дараалал -NGS
Метагеном гэдэг нь хүрээлэн буй орчин, хүний метагеном зэрэг организмын холимог бүлгэмийн генетикийн нийт материалын цуглуулга юм. Энэ нь тариалж болох ба тариалах боломжгүй бичил биетний геномыг агуулдаг. NGS-тэй бууны метагеномын дараалал нь ангиллын профайлаас илүүтэйгээр хүрээлэн буй орчны дээжинд шингэсэн эдгээр нарийн төвөгтэй геномын ландшафтуудыг судлах боломжийг олгодог бөгөөд төрөл зүйлийн олон янз байдал, элбэг дэлбэг динамик, популяцийн нарийн бүтэцтэй холбоотой нарийн ойлголтыг өгдөг. Ангилал судлалын судалгаанаас гадна бууны метагеномик нь функциональ геномикийн хэтийн төлөвийг санал болгож, кодлогдсон генүүд болон тэдгээрийн экологийн үйл явцад үзүүлэх үүрэг ролийг судлах боломжийг олгодог. Эцэст нь генетикийн элементүүд болон хүрээлэн буй орчны хүчин зүйлсийн хоорондын уялдаа холбоог бий болгох нь бичил биетний бүлгүүдийн хоорондын нарийн харилцан үйлчлэл, тэдгээрийн экологийн үндэс суурийг цогцоор нь ойлгоход хувь нэмэр оруулдаг. Дүгнэж хэлэхэд, метагеномын дараалал нь янз бүрийн бичил биетний бүлгүүдийн геномын нарийн төвөгтэй байдлыг тайлах гол хэрэгсэл болж, эдгээр цогц экосистемийн генетик ба экологийн олон талт харилцааг гэрэлтүүлдэг.
Платформууд: Illumina NovaSeq болон DNBSEQ-T7
-
Метагеномик дараалал-TGS
Метагеном гэдэг нь хүрээлэн буй орчин, хүний метагеном зэрэг организмын холимог нийгэмлэгийн генетик материалын цуглуулга юм. Энэ нь тариалж болох ба тариалах боломжгүй бичил биетний геномыг агуулдаг. Метагеномик дараалал нь таксономикийн профайлаас илүүтэйгээр экологийн дээжинд шингэсэн эдгээр нарийн төвөгтэй геномын ландшафтуудыг судлах боломжийг олгодог. Энэ нь мөн кодлогдсон генүүд болон хүрээлэн буй орчны үйл явц дахь таамаглалын үүргийг судлах замаар функциональ геномикийн хэтийн төлөвийг санал болгодог. Illumina дараалал бүхий бууны бууны уламжлалт аргуудыг метагеномикийн судалгаанд өргөнөөр ашиглаж байсан бол Nanopore болон PacBio урт хугацааны дараалал бий болсноор талбар өөрчлөгдсөн. Nanopore болон PacBio технологи нь доод урсгалын биоинформатик шинжилгээ, ялангуяа метагеномын угсралтыг сайжруулж, илүү тасралтгүй угсралтыг баталгаажуулдаг. Nanopore болон PacBio-д суурилсан метагеномикууд нь нарийн төвөгтэй микробиомуудаас бүрэн, хаалттай бактерийн геномыг амжилттай үүсгэсэн болохыг илтгэж байна (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore уншлагыг Illumina уншлагатай нэгтгэх нь алдаа засах стратегийн арга барилыг бий болгож, Nanopore-ийн төрөлхийн бага нарийвчлалыг бууруулдаг. Энэхүү синергетик хослол нь дарааллын платформ бүрийн давуу талыг бий болгож, боломжит хязгаарлалтыг даван туулах бат бөх шийдлийг санал болгож, метагеномын шинжилгээний нарийвчлал, найдвартай байдлыг дээшлүүлдэг.
Платформ: Nanopore PromethION 48, Illumia болон PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S ба 18S рРНХ генүүд нь Internal Transcribed Spacer (ITS) бүсийн хамт өндөр хадгалалттай болон хэт хувьсах бүс нутгуудын хослолын улмаас молекулын хурууны хээний гол тэмдэглэгээний үүрэг гүйцэтгэдэг бөгөөд энэ нь прокариот болон эукариот организмуудыг тодорхойлоход үнэлж баршгүй хэрэгсэл болгодог. Эдгээр бүс нутгийг олшруулж, дараалалд оруулах нь янз бүрийн экосистемийн бичил биетний найрлага, олон янз байдлыг судлахад тусгаарлалтгүй хандлагыг санал болгодог. Illumina дараалал нь ихэвчлэн 16S, ITS1-ийн V3-V4 болон ITS1 зэрэг богино хэт хувьсах бүс нутгуудад чиглэгддэг боловч 16S, 18S, ITS-ийн бүтэн уртыг дараалалд оруулснаар илүү сайн ангилал зүйн тэмдэглэгээнд хүрч болохыг харуулсан. Энэхүү иж бүрэн арга нь үнэн зөв ангилагдсан дарааллын өндөр хувийг бүрдүүлж, төрөл зүйлийг таних хүртэл нарийвчлалын түвшинд хүрдэг. PacBio-ийн нэг молекулын бодит цагийн (SMRT) дарааллын платформ нь бүрэн хэмжээний ампликонуудыг хамарсан өндөр нарийвчлалтай урт унших (HiFi)-аар ялгарч, Illumina дарааллын нарийвчлалтай өрсөлддөг. Энэхүү чадвар нь судлаачдад генетикийн ландшафтын панорамик үзэмж болох хосгүй давуу талыг олж авах боломжийг олгодог. Өргөтгөсөн хамрах хүрээ нь төрөл зүйлийн тэмдэглэгээний нарийвчлалыг, ялангуяа бактери эсвэл мөөгөнцрийн бүлгэмдэлд ихээхэн нэмэгдүүлж, бичил биетний популяцийн нарийн төвөгтэй байдлыг илүү гүнзгий ойлгох боломжийг олгодог.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Illumina технологиор 16S, 18S, ITS генийн маркеруудад чиглэсэн ампликоны дараалал нь бичил биетний бүлгүүдийн филогени, ангилал зүй, зүйлийн элбэг дэлбэг байдлыг задлах хүчирхэг арга юм. Энэ арга нь гэрийн үйл ажиллагааны генетикийн маркеруудын хэт хувьсах бүс нутгийг дараалалд оруулах явдал юм. Анх молекул хурууны хээ гэж танилцуулсанWoeses нар1977 онд энэхүү техник нь микробиомын профайлыг ялгах замаар тусгаарлалтгүй дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгосон. 16S (бактери), 18S (мөөгөнцөр), Internal Transcribed Spacer (ITS, мөөгөнцөр)-ийн дарааллаар судлаачид элбэг дэлбэг төрлийг төдийгүй ховор, үл танигдах зүйлийг ч тодорхойлж чадна. Ампликоны дараалал тогтоох нь гол хэрэгсэл болгон өргөнөөр хэрэглэгдэж, хүний ам, гэдэс, өтгөн болон бусад орчин зэрэг янз бүрийн орчинд микробын ялгавартай найрлагыг ялган танихад чухал ач холбогдолтой болсон.
-
Бактери ба мөөгөнцрийн бүхэл геномын дараалал
Бактерийн болон мөөгөнцрийн бүхэл геномын дарааллыг өөрчлөх төслүүд нь бичил биетний геномыг гүйцээж, харьцуулах боломжийг олгох замаар бичил биетний геномикийг ахиулахад чухал ач холбогдолтой юм. Энэ нь исгэх инженерчлэл, үйлдвэрлэлийн процессыг оновчтой болгох, хоёрдогч бодисын солилцооны замыг судлахад тусалдаг. Цаашилбал, мөөгөнцөр, бактерийн дахин дараалал нь хүрээлэн буй орчны дасан зохицох чадварыг ойлгох, омгийг оновчтой болгох, генетикийн хувьслын динамикийг илрүүлэхэд маш чухал бөгөөд анагаах ухаан, хөдөө аж ахуй, байгаль орчны шинжлэх ухаанд өргөн нөлөө үзүүлдэг.
-
Прокариот РНХ-ийн дараалал
РНХ-ийн дараалал нь тодорхой нөхцөлд эсийн доторх бүх РНХ транскриптийг цогцоор нь тодорхойлох боломжийг олгодог. Энэхүү дэвшилтэт технологи нь биологийн янз бүрийн үйл явцтай холбоотой генийн экспрессийн нарийн төвөгтэй профайл, генийн бүтэц, молекулын механизмыг илчлэх хүчирхэг хэрэгсэл болж үйлчилдэг. Суурь судалгаа, эмнэлзүйн оношлогоо, эм боловсруулахад өргөн хэрэглэгддэг РНХ-ийн дараалал нь эсийн динамик, генетикийн зохицуулалтын нарийн ширийнийг ойлгох боломжийг олгодог. Манай прокариот РНХ дээжийн боловсруулалт нь прокариот транскриптомуудад зориулагдсан бөгөөд рРНХ-ийн хомсдол, чиглэлтэй номын сангийн бэлтгэлийг хамардаг.
Платформ: Illumina NovaSeq
-
Метатранскриптомын дараалал
Illumina секвенцийн технологийг ашиглан BMKGENE-ийн метатранскриптомын дараалал тогтоох үйлчилгээ нь хөрс, ус, далай, өтгөн, гэдэс зэрэг байгалийн орчинд эукариот ба прокариот ба вирусыг хамарсан олон төрлийн микробын динамик генийн илэрхийлэлийг нээж өгдөг. Манай цогц үйлчилгээ нь судлаачдад бичил биетний цогц бүлгүүдийн генийн экспрессийн профайлыг бүрэн судлах боломжийг олгодог. Ангилал судлалын шинжилгээнээс гадна манай метатранскриптомын дараалал тогтоох үйлчилгээ нь функциональ баяжилтын судалгааг хөнгөвчилж, ялгавартай илэрхийлэгдсэн генүүд болон тэдгээрийн үүргийг гэрэлтүүлдэг. Эдгээр олон янзын хүрээлэн буй орчны үүрүүдийн доторх генийн илэрхийлэл, ангилал зүйн олон янз байдал, функциональ динамикийн цогц ландшафтуудаар аялахдаа биологийн баялаг ойлголтыг олж аваарай.
-
De novo мөөгөнцрийн геномын чуулган
BMKGENE нь мөөгөнцрийн геномын олон талт шийдлүүдийг санал болгож, судалгааны төрөл бүрийн хэрэгцээ, хүссэн геномын бүрэн бүтэн байдлыг хангадаг. Богино уншигдах Illumina дарааллыг ашиглах нь геномын ноорог үүсгэх боломжийг олгодог. Nanopore эсвэл Pacbio ашиглан богино болон удаан уншсан дарааллыг нэгтгэж, илүү нарийн ширхэгтэй мөөгөнцрийн геномыг урт контигтэй болгодог. Түүнчлэн, Hi-C дарааллыг нэгтгэх нь хромосомын түвшний бүрэн геномыг олж авах боломжийг бүрдүүлдэг.
-
De novo Бактерийн геномын чуулган
Бид бактерийн геномын иж бүрэн үйлчилгээг үзүүлж, 0 цоорхойг баталгаажуулдаг. Энэ нь угсралтад зориулсан Nanopore, PacBio зэрэг удаан уншдаг дарааллын технологиудыг нэгтгэж, угсралтын баталгаажуулалт болон ONT уншилтын алдааг залруулах зорилгоор Illumina-тай богино унших дарааллыг нэгтгэснээр боломжтой юм. Манай үйлчилгээ нь судалгааны тодорхой зорилгыг биелүүлэхийн тулд угсралт, функциональ тайлбар, дэвшилтэт биоинформатик анализаас эхлээд биоинформатик ажлын урсгалыг бүрэн хангадаг. Энэхүү үйлчилгээ нь төрөл бүрийн генетик болон геномын судалгаанд зориулсан нарийн лавлагаа геномыг боловсруулах боломжийг олгодог. Нэмж дурдахад энэ нь омог оновчтой болгох, генетикийн инженерчлэл, бичил биетний технологийн хөгжил зэрэг хэрэглээний үндэс суурь болж, шинжлэх ухааны ойлголт, биотехнологийн инновацийг хөгжүүлэхэд чухал ач холбогдолтой найдвартай, цоорхойгүй геномын өгөгдлийг баталгаажуулдаг.
