PacBio 2+3 бүрэн хэмжээний мРНХ шийдэл
Онцлогууд
● Сургалтын загвар:
Транскриптийн изоформыг тодорхойлохын тулд цуглуулсан дээжийг PacBio ашиглан дараалуулсан
Тус тусад нь дээжийг (хуулбар болон туршилт хийх нөхцөл) дарааллаар ньТранскрипт илэрхийлэлийг тоон үзүүлэлтээр тодорхойлох NGS
● CCS горим дахь PacBio дараалал, HiFi уншилтыг үүсгэнэ
● Бүрэн хэмжээний хуулбарын дараалал
● Шинжилгээнд лавлагаа геномыг оруулах шаардлагагүй; Гэсэн хэдий ч үүнийг ажиллуулж болно
● Био-информатик шинжилгээнд зөвхөн ген, изоформын түвшний илэрхийлэл төдийгүй lncRNA, генийн нэгдэл, поли-адениляци, генийн бүтцийн шинжилгээ орно.
Давуу тал
● Өндөр нарийвчлал: HiFi нь NGS-тэй харьцуулах боломжтой >99.9% (Q30) нарийвчлалтай уншдаг
● Альтернатив залгах шинжилгээ: бүх транскриптийн дараалал нь изоформыг тодорхойлох, шинж чанарыг тодорхойлох боломжийг олгодог.
● PacBio болон NGS-ийн хүч чадлын хослол: изоформын түвшинд илэрхийллийн тоон үзүүлэлтийг гаргах, генийн илэрхийлэлд дүн шинжилгээ хийх үед далдлагдсан өөрчлөлтийг илрүүлэх
● Өргөн мэдлэгтэй: PacBio-ийн 1100 гаруй бүрэн хэмжээний транскриптомын төслийг хэрэгжүүлж, 2300 гаруй дээж боловсруулсан туршлагатай манай баг төсөл бүрт баялаг туршлага авчирдаг.
● Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаатай. Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Дараалсан стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын хяналт |
| PolyA баяжуулсан мРНХ CCS номын сан | PacBio үргэлжлэл II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Поли А баяжуулсан | Illumina PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотидууд
|
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| Иллумина номын сан | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамлын хувьд: RIN≥4.0; Амьтны хувьд: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
| PacBio номын сан | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамал: RIN≥7.5 Амьтад: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Хүргэлт:
1. Хуурай мөс:Дээжийг уутанд хийж, хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2. RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Дараах шинжилгээг багтаасан болно.
Түүхий мэдээллийн чанарын хяналт
Альтернатив полиадениляцийн шинжилгээ (APA)
Fusion транскриптийн шинжилгээ
Альтернатив залгах шинжилгээ
Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) шинжилгээг харьцуулах
Шинэ транскриптийн шинжилгээ: кодчиллын дарааллыг урьдчилан таамаглах (CDS) ба функциональ тайлбар
lncRNA шинжилгээ: lncRNA ба зорилтуудыг урьдчилан таамаглах
Бичил хиймэл дагуулын таних тэмдэг (SSR)
Дифференциал илэрхийлэгдсэн транскрипт (DETs) шинжилгээ
Дифференциал илэрхийлэгдсэн генийн (DEGs) шинжилгээ
DEG болон DET-ийн функциональ тайлбар
BUSCO шинжилгээ
Альтернатив залгах шинжилгээ
Альтернатив полиадениляцийн шинжилгээ (APA)
Дифференциал илэрхийлэгдсэн генүүд (DEGs) ба хуулбар (DETs9 анализ
DET ба DEG-ийн уураг-уургийн харилцан үйлчлэлийн сүлжээ
BMKGene-ийн PacBio 2+3 бүрэн хэмжээний мРНХ-ийн дарааллын дагуу хийгдсэн дэвшлүүдийг сонгон шалгаруулсан нийтлэлийн цуглуулгаар судлаарай.
Чао, Q. нар. (2019) 'Популусын ишний транскриптомын хөгжлийн динамик', Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл, 17(1), хуудас 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Дэн, H. нар. (2022) 'Актинидиа латифолиа (аскорбатаар баялаг жимсний ургац) болон холбогдох молекулын механизмын жимсний хөгжил ба боловсорч гүйцэх явцад аскорбины хүчлийн агууламжийн динамик өөрчлөлтүүд', Олон улсын молекулын шинжлэх ухааны сэтгүүл, 23(10), х. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. нар. (2022) 'Парисын полифилла дахь био идэвхит полифиллинд оролцдог биосинтетик замын генүүдийн үр дүнтэй таамаглал', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1-10 хуудас. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) Транскриптом ба Цитохром Р450 генийн хосолсон PacBio Iso-Seq ба Illumina RNA-Seq Analysis', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Лижүн нар. (2019) 'Ricinus communis дахь рицинолын хүчлийн биосинтезийг илүү сайн ойлгохын тулд Illumina РНХ-ийн дараалалтай хослуулан PacBio нэг молекулын бодит цагийн шинжилгээг ашиглан транскриптомын нарийн төвөгтэй байдлын судалгаа', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ЗУРАГ/7.
