Лавлагаа бус mRNA Sequencing-NGS
Онцлогууд
● Номын санд бэлтгэхээс өмнө поли мРНХ-г авах
● Ямар нэгэн лавлагаа геномоос хамааралгүй: транскриптийн шинэ угсралт дээр үндэслэн олон мэдээллийн сантай (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) тайлбартай унигений жагсаалтыг гаргах.
● Генийн илэрхийлэл, транскриптийн бүтцэд биоинформатикийн цогц шинжилгээ
Үйлчилгээний давуу тал
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: BMKGENE-д эсийн өсгөвөр, эд, биеийн шингэн зэрэг төрөл бүрийн дээжийг хамарсан 600,000 гаруй дээжийг боловсруулсан туршлагатай манай баг төсөл болгонд арвин туршлага хуримтлуулдаг. Бид судалгааны янз бүрийн чиглэлээр 100,000 гаруй mRNA-Seq төслийг амжилттай хаасан.
●Чанарын хатуу хяналт: Бид дээж, номын сан бэлтгэхээс эхлээд дараалал, биоинформатик хүртэлх бүх үе шатанд үндсэн хяналтын цэгүүдийг хэрэгжүүлдэг. Энэхүү нягт нямбай хяналт нь өндөр чанартай үр дүнг тогтмол хүргэх боломжийг олгодог.
● Бүрэн тайлбар: бид Дифференциал илэрхийлэгдсэн генүүдийг (DEGs) функциональ байдлаар тэмдэглэж, транскриптомын хариу урвалын үндэс болсон эсийн болон молекулын үйл явцын талаар ойлголт өгөхийн тулд харгалзах баяжуулалтын шинжилгээг хийхийн тулд олон мэдээллийн санг ашигладаг.
●Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаатай. Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Дараалсан стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын хяналт |
| Поли А баяжуулсан | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамлын хувьд: RIN≥4.0; Амьтны хувьд: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
● Ургамал:
Үндэс, иш эсвэл дэлбээ: 450 мг
Навч эсвэл үр: 300 мг
Жимс: 1.2 гр
● Амьтан:
Зүрх ба гэдэс: 300 мг
Дотоод эрхтнүүд эсвэл тархи: 240 мг
Булчин: 450 мг
Яс, үс эсвэл арьс: 1 гр
● Артропод:
Шавж: 6 гр
Хавч: 300 мг
● Бүхэл цус: 1 хоолой
● Нүднүүд: 106 эсүүд
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Хүргэлт:
1. Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2. RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Биоинформатик
Транскриптомын угсралт ба унигений сонголт
Unigene тайлбар
Биологийн хуулбаруудын дээжийн хамаарал ба үнэлгээ
Дифференциал илэрхийлэгдсэн генүүд (DEGs)
DEG-ийн функциональ тайлбар
DEG-ийн функциональ баяжуулалт
BMKGene-ийн эукариот NGS мРНХ-ийн дараалал тогтоох үйлчилгээнд тусгагдсан дэвшлүүдтэй танилцаарай.
Shen, F. et al. (2020) 'Амур муурны (Silurus asotus) бэлгийн булчирхай дахь де ново транскриптомын угсралт ба хүйсээс хамаарсан генийн илэрхийлэл', Genomics, 112(3), хуудас 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Согино (Allium cepa L.) дахь булцууны хаван болон хөгжлийн явцад сахарозын метаболизмын транскриптомын шинжилгээ', Ургамлын шинжлэх ухааны Frontiers, 7(9-р сар), х. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Жу, C. нар. (2017) 'De novo assembly, characterization and annotation for the transscriptome of Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transscriptome шинжилгээ нь давсжилтын стрессийн дор Podocarpus macrophyllus-ийн давсны хүлцлийн талаарх ойлголтыг өгдөг', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/ЗУРАГ/9.
