● Зорилтот мэдрэгч бүхий баяжуулалт дээр суурилсан хоёр экзомын хавтанг ашиглах боломжтой: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) болон xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Illumina NovaSeq дээр дараалал тогтоох.
● Өвчний шинжилгээ эсвэл хавдрын шинжилгээнд чиглэсэн биоинформатик дамжуулах хоолой.
●Уургийн кодчилолын бүсийг чиглүүлдэг: Уургийн кодлох бүс нутгийг барьж, дараалалд оруулснаар hWES нь уургийн бүтэцтэй холбоотой хувилбаруудыг илрүүлэхэд ашиглагддаг.
●Үр ашигтай:hWES нь хүний геномын 1% -аас хүний өвчинтэй холбоотой мутацийн 85 орчим хувийг үүсгэдэг.
●Өндөр нарийвчлал: Өндөр дарааллын гүнтэй, hWES нь нийтлэг хувилбарууд болон 1% -иас бага давтамжтай ховор хувилбаруудыг илрүүлэхэд тусалдаг.
●Чанарын хатуу хяналт: Бид дээж, номын сан бэлтгэхээс эхлээд дараалал, биоинформатик хүртэлх бүх үе шатанд таван үндсэн хяналтын цэгийг хэрэгжүүлдэг. Энэхүү нягт нямбай хяналт нь өндөр чанартай үр дүнг тогтмол хүргэх боломжийг олгодог.
●Биоинформатикийн цогц шинжилгээ: Манай дамжуулах хоолой нь өвчний удамшлын асуудал эсвэл хавдрын шинжилгээтэй холбоотой судалгааны асуултуудыг тусгайлан шийдвэрлэхэд зориулагдсан дэвшилтэт шинжилгээг багтаасан тул лавлагаа геномын өөрчлөлтийг тодорхойлохоос илүү юм.
●Борлуулалтын дараах дэмжлэг:Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаа юм. Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Эксон барих стратеги | Дараалал тогтоох стратеги | Санал болгож буй өгөгдөл гаралт |
Хүн бүх Exon v6 (Agilent) сонгох хэрэгтэй. эсвэл xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Гб Менделийн эмгэг/ховор өвчний хувьд: > 50x Хавдрын дээжийн хувьд: ≥ 100x |
Дээжийн төрөл
| Дүн(Qubit®)
| Төвлөрөл | Эзлэхүүн
| Цэвэр байдал (NanoDrop™) |
Геномын ДНХ
| ≥ 50 нг | ≥ 6 нг/мкл | ≥ 15 мкл | OD260/280=1.8-2.0 доройтол, бохирдол байхгүй
|
hWES-өвчний дээжийн биоинформатик шинжилгээнд дараахь зүйлс орно.
● Өгөгдлийн QC дараалал
● Лавлагааны геномын тохируулга
● SNP болон InDels-ийг тодорхойлох
● SNP болон InDels-ийн функциональ тайлбар
Хавдрын дээжийн биоинформатик шинжилгээнд дараахь зүйлс орно.
● Өгөгдлийн QC дараалал
● Лавлагааны геномын тохируулга
● SNP, InDels болон соматик өөрчлөлтүүдийг тодорхойлох
● Үр хөврөлийн хувилбаруудыг тодорхойлох
● Мутацийн гарын үсгийн шинжилгээ
● Функцийн өсөлтийн мутацид үндэслэн хөтчийн генийг тодорхойлох
● Эмэнд мэдрэмтгий байдлын түвшинд мутацийн аннотаци
● Нэг төрлийн бус байдлын шинжилгээ – цэвэршилт ба плоидийн тооцоо
Өгөгдлийн QC - Exome-ийн бичлэгийн статистик
Хувилбарын таних тэмдэг - InDels
Нарийвчилсан шинжилгээ: хортой SNP/InDels-ийг тодорхойлох, хуваарилах - Circos plot
Хавдрын шинжилгээ: соматик мутацийг тодорхойлох, хуваарилах - Circos plot
Хавдрын шинжилгээ: клоны удам угсаа