Бүрэн хэмжээний мРНХ-ийн дараалал - PacBio
Онцлогууд
● Поли-А мРНХ-ээс cDNA-ийн нийлэгжилт, дараа нь номын сангийн бэлтгэл
● CCS горимд дараалал тогтоох, HiFi уншилт үүсгэх
● Бүрэн хэмжээний хуулбарын дараалал
● Шинжилгээнд лавлагаа геномыг оруулах шаардлагагүй; Гэсэн хэдий ч үүнийг ажиллуулж болно
● Био-информатик шинжилгээ нь изоформ lncRNA, генийн нэгдэл, поли-аденилаци, генийн бүтцэд дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.
Үйлчилгээний давуу тал
●Өндөр нарийвчлал: HiFi нь NGS-тэй харьцуулах боломжтой >99.9% (Q30) нарийвчлалтай уншдаг
● Альтернатив залгах шинжилгээ: бүх хуулбарын дараалал нь изоформыг тодорхойлох, шинж чанарыг тодорхойлох боломжийг олгодог
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: PacBio-ийн 1100 гаруй бүрэн хэмжээний транскриптомын төслийг хэрэгжүүлж, 2300 гаруй дээж боловсруулсан туршлагатай манай баг төсөл бүрт баялаг туршлага авчирдаг.
●Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаатай. Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Дараалсан стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын хяналт |
| PolyA баяжуулсан мРНХ CCS номын сан | PacBio үргэлжлэл II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
● Ургамал:
Үндэс, иш эсвэл дэлбээ: 450 мг
Навч эсвэл үр: 300 мг
Жимс: 1.2 гр
● Амьтан:
Зүрх ба гэдэс: 300 мг
Дотоод эрхтнүүд эсвэл тархи: 240 мг
Булчин: 450 мг
Яс, үс эсвэл арьс: 1 гр
● Артропод:
Шавж: 6 гр
Хавч: 300 мг
● Бүхэл цус: 1 хоолой
● Нүднүүд: 106 эсүүд
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамлын хувьд: RIN≥7.5; Амьтны хувьд: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Контейнер: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Хүргэлт:
1. Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2. RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Дараах шинжилгээг багтаасан болно.
● Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
● Альтернатив полиадениляцийн шинжилгээ (APA)
● Fusion транскриптийн шинжилгээ
● Альтернатив залгах шинжилгээ
● Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) шинжилгээг харьцуулах
● Шинэ транскриптийн шинжилгээ: кодчиллын дарааллыг урьдчилан таамаглах (CDS) болон функциональ тайлбар
● lncRNA шинжилгээ: lncRNA болон зорилтуудыг урьдчилан таамаглах
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO шинжилгээ
Альтернатив залгах шинжилгээ
Альтернатив полиадениляцийн шинжилгээ (APA)
Шинэ бичлэгийн функциональ тайлбар
Энэхүү онцлох нийтлэлээс BMKGene-ийн Nanopore бүрэн хэмжээний мРНХ-ийн дараалал тогтоох үйлчилгээний дэвшилтүүдийг судлаарай.
Ma, Y. et al. (2023) 'Nemopilema Nomurai хорыг тодорхойлох PacBio болон ONT РНХ дарааллын аргуудын харьцуулсан шинжилгээ', Genomics, 115(6), х. 110709. дой: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Чао, Q. нар. (2019) 'Популусын ишний транскриптомын хөгжлийн динамик', Ургамлын биотехнологийн сэтгүүл, 17(1), хуудас 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Дэн, H. нар. (2022) 'Актинидиа латифолиа (аскорбатаар баялаг жимсний ургац) болон холбогдох молекулын механизмын жимсний хөгжил ба боловсорч гүйцэх явцад аскорбины хүчлийн агууламжийн динамик өөрчлөлтүүд', Олон улсын молекулын шинжлэх ухааны сэтгүүл, 23(10), х. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, X. нар. (2022) 'Парисын полифилла дахь био идэвхит полифиллинд оролцдог биосинтетик замын генүүдийн үр дүнтэй таамаглал', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), 1-10 хуудас. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Tuta absoluta (Meyrick) Транскриптом ба Цитохром Р450 генийн хосолсон PacBio Iso-Seq ба Illumina RNA-Seq Analysis', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Ван, Лижүн нар. (2019) 'Ricinus communis дахь рицинолын хүчлийн биосинтезийг илүү сайн ойлгохын тулд Illumina РНХ-ийн дараалалтай хослуулан PacBio нэг молекулын бодит цагийн шинжилгээг ашиглан транскриптомын нарийн төвөгтэй байдлын судалгаа', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9.
