CircRNA Sequencing-Illumina
Онцлогууд
● rRNA-ийн хомсдол, дараа нь чиглэлийн номын сангийн бэлтгэл, хэлхээний тусгай дарааллын өгөгдлийг идэвхжүүлэх.
● Био-информатик ажлын урсгал нь circRNA-г урьдчилан таамаглах, илэрхийлэлийг тодорхойлох боломжийг олгодог
Үйлчилгээний давуу тал
●Илүү дэлгэрэнгүй РНХ номын сангууд:Бид номын сангийн өмнөх бэлтгэлдээ шугаман РНХ-ийн хомсдолын оронд рРНХ-ийн хомсдолыг ашигладаг бөгөөд дарааллын өгөгдөлд зөвхөн circRNA төдийгүй mRNA болон lncRNA орсон байх ба эдгээр өгөгдлийн багцад хамтарсан дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.
●Өрсөлдөх чадвартай эндоген РНХ (ceRNA) сүлжээнүүдийн нэмэлт шинжилгээ: Эсийн зохицуулалтын механизмын талаар илүү гүнзгий ойлголт өгөх
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: BMKGENE-д 20,000 гаруй дээж боловсруулж, төрөл бүрийн дээжийн төрлүүд болон lncRNA төслүүдийг хамарсан туршлагатай манай баг төсөл болгонд арвин туршлага авчирдаг.
●Чанарын хатуу хяналт: Бид дээж, номын сан бэлтгэхээс эхлээд дараалал, биоинформатик хүртэлх бүх үе шатанд үндсэн хяналтын цэгүүдийг хэрэгжүүлдэг. Энэхүү нягт нямбай хяналт нь өндөр чанартай үр дүнг тогтмол хүргэх боломжийг олгодог.
● Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаа юм. Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Платформ | Санал болгож буй өгөгдөл | Өгөгдлийн QC |
| rRNA шавхагдсан чиглэлийн номын сан | Illumina PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
● Ургамал:
Үндэс, иш эсвэл дэлбээ: 450 мг
Навч эсвэл үр: 300 мг
Жимс: 1.2 гр
● Амьтан:
Зүрх ба гэдэс: 450 мг
Дотоод эрхтнүүд эсвэл тархи: 240 мг
Булчин: 600 мг
Яс, үс эсвэл арьс: 1.5 гр
● Артропод:
Шавж: 9 гр
Хавч: 450 мг
● Бүхэл цус:2 хоолой
● Нүднүүд: 106 эсүүд
● Сийвэн ба плазм: 6 мл
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Хүргэлт:
1. Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2. RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь, RNAstable®) хатааж, тасалгааны температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Биоинформатик
circRNA-ийн таамаглал: хромосомын тархалт
Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн circRNAs - Галт уулын зураг
Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн circRNAs - шаталсан бөөгнөрөл
circRNA-ийн эзэн генийн функциональ баяжуулалт
BMKGene-ийн circRNA-ийн дараалал тогтоох үйлчилгээгээр хийгдсэн судалгааны дэвшлийг сонгон шалгаруулсан нийтлэлийн цуглуулгаар судлаарай.
Ван, X. нар. (2021) 'CPSF4 нь элэгний эсийн хорт хавдарт circRNA үүсэх болон микроРНХ зуучлагдсан генийн чимээгүй байдлыг зохицуулдаг', Oncogene 2021 40:25, 40(25), хуудас 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X oo-responsive transscriptome нь будаа дахь OsARAB-ийн илэрхийлэлийг зохицуулах замаар өвчин эсэргүүцэх дугуй хэлбэртэй RNA133-ын үүргийг харуулж байна', Фитопатологийн судалгаа, 5(1), 1-14 хуудас. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ЗУРАГ/6.
Y, H. et al. (2023) "CPSF3 нь элэгний эсийн хорт хавдрын дугуй ба шугаман транскриптийн тэнцвэрийг зохицуулдаг". doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Жан, Y. нар. (2023) 'Элэг шилжүүлэн суулгахаас өмнө ба дараа элэгний хатууралт кардиомиопати дахь circRNA-ийн цогц үнэлгээ', Олон улсын иммунофамакологи, 114, х. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
