BMKMANU S3000_Орон зайн транскриптом
BMKMANU S3000 Орон зайн транскриптомын техникийн схем
Онцлогууд
- Нарийвчлал: 3.5 μM
- Толбоны диаметр: 2.5 μM
- Толбоны тоо: ойролцоогоор 4 сая
- Зурах талбайн 3 боломжит формат: 6.8 мм * 6.8 мм, 11 мм * 11 мм эсвэл 15 мм * 20 мм
- Бар кодтой ирмэг бүр нь 4 хэсгээс бүрдсэн праймераар дүүрэн байдаг.
• поли(dT) сүүл нь мРНХ-ийн праймер болон cDNA синтез,
• Олшруулалтын хазайлтыг засах өвөрмөц молекул танигч (UMI).
• Орон зайн бар код
• Хэсэгчилсэн уншигдах 1 дарааллын праймерыг холбох дараалал
- Хэсгийн H&E болон флюресцент будалт
- Эсийн сегментчиллийн технологийг ашиглах боломж: H&E будалт, флюресцент будалт, РНХ-ийн дарааллыг нэгтгэн эс тус бүрийн хил хязгаарыг тодорхойлж, эс бүрт генийн илэрхийлэлийг зөв хуваарилах. Эсийн саван дээр суурилсан орон зайн профайлын шинжилгээг боловсруулах.
- Олон түвшний нарийвчлалын шинжилгээ хийх боломжтой: Эд эсийн янз бүрийн шинж чанарыг оновчтой нарийвчлалтайгаар шийдвэрлэхийн тулд 100-аас 3.5 um-ийн уян хатан олон түвшний шинжилгээ.
BMKMANU S3000-ийн давуу тал
-Барилгын талбайн тоог хоёр дахин нэмэгдүүлж 4 сая: 3.5 umM-ийн сайжруулсан нарийвчлалтай, эс бүрт ген болон UMI-ийн илрүүлэлтийг нэмэгдүүлэхэд хүргэдэг. Үүний үр дүнд транскрипцийн профайл дээр суурилсан эсийн бөөгнөрөл сайжирч, эд эсийн бүтцэд тохирсон нарийн нарийвчлалтай болно.
- Дэд эсийн нягтрал:Баривчлах хэсэг бүр нь 2.5 μм диаметртэй, спот төвүүдийн хоорондох 5 μм зайтай 2 сая гаруй орон зайн бар кодтой толбуудыг агуулж байсан нь эсийн доторх нягтралтай (5 микрон) орон зайн транскриптомын шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.
-Олон түвшний нарийвчлалын шинжилгээ:100 μм-ээс 5 μм хүртэлх уян хатан олон түвшний шинжилгээ нь эдийн янз бүрийн шинж чанарыг оновчтой нарийвчлалтайгаар шийдвэрлэх.
-"Нэг слайдад гурав" эсийн сегментчиллийн технологийг ашиглах боломж:Нэг слайд дээр флюресцентээр будах, H&E будалт, РНХ-ийн дарааллыг хослуулсан бидний "гурвыг нэг" шинжилгээний алгоритм нь дараагийн эсэд суурилсан транскриптомикийн эсийн хил хязгаарыг тодорхойлох боломжийг олгодог.
-Олон тооны дарааллын платформтой нийцдэг: NGS болон удаан унших дараалал аль аль нь боломжтой.
-1-8 идэвхтэй барих талбайн уян хатан загвар: зураг авалтын талбайн хэмжээ нь уян хатан бөгөөд 3 форматыг ашиглах боломжтой (6.8 мм * 6.8 мм., 11 мм * 11 мм ба 15 мм * 20 мм)
-Нэг цэгийн үйлчилгээ: крио зүсэлт, будалт, эдийг оновчтой болгох, орон зайн бар кодлох, номын сан бэлтгэх, дараалал тогтоох, биоинформатик зэрэг бүх туршлага, ур чадварт суурилсан алхмуудыг нэгтгэдэг.
-Иж бүрэн биоинформатик ба үр дүнгийн хэрэглэгчдэд ээлтэй дүрслэл:Уг багцад 29 шинжилгээ, 100 гаруй өндөр чанартай дүрсүүд багтсан ба эсийн хуваагдал, цэгийн кластерлалыг дүрслэн харуулах, өөрчлөхийн тулд дотооддоо боловсруулсан програм хангамжийг ашиглахтай хослуулсан.
-Өөрчлөн тохируулсан өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийх, дүрслэх: янз бүрийн судалгааны хүсэлтэд ашиглах боломжтой
-Өндөр ур чадвартай техникийн баг: Хүн, хулгана, хөхтөн амьтан, загас, ургамал зэрэг 250 гаруй төрлийн эд, 100 гаруй зүйлд туршлагатай.
-Бүх төслийн бодит цагийн шинэчлэлтүүд: туршилтын явцыг бүрэн хянах.
-Нэг эсийн мРНХ дараалал бүхий нэмэлт хамтарсан шинжилгээ
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Загвар шаардлага | Номын сан | Дараалал тогтоох стратеги | Өгөгдөл санал болгож байна | Чанарын хяналт |
| OCT суулгагдсан крио дээж (Хамгийн оновчтой диаметр: ойролцоогоор. 6×6×6 мм³) Дээж бүрт 2 блок 1 туршилт, 1 нөөцлөх | S3000 cDNA номын сан | Illumina PE150 | 100υM (250 Гб) тутамд 160K PE унших | RIN > 7 |
Дээж бэлтгэх заавар болон үйлчилгээний ажлын явцын талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл авахыг хүсвэл a-тай чөлөөтэй ярилцана ууBMKGENE мэргэжилтэн
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж бэлтгэх үе шатанд өндөр чанарын РНХ авах боломжтой болгохын тулд РНХ-ийн задралын анхны туршилтыг хийдэг. Эдийг оновчтой болгох үе шатанд хэсгүүдийг будаж, дүрсэлж, эдээс мРНХ ялгарах нэвчүүлэх нөхцлийг оновчтой болгодог. Оновчтой протоколыг дараа нь номын сангийн барилгын ажлын явцад ашигладаг бөгөөд дараа нь дараалал, өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийдэг.
Үйлчилгээний иж бүрэн ажлын урсгал нь бодит цагийн шинэчлэлтүүд болон үйлчлүүлэгчийн баталгаажуулалтыг багтаасан бөгөөд төслийн үр дүнтэй гүйцэтгэлийг баталгаажуулдаг.
BMKMANU S3000-ийн үүсгэсэн өгөгдлийг BMKGENE-ээс бие даан бүтээсэн "BSTMatrix" программ хангамжийг ашиглан шинжилж, эсийн түвшин, олон түвшний нягтралтай генийн илэрхийллийн матриц үүсгэдэг. Тэндээс өгөгдлийн чанарын хяналт, түүврийн дотоод шинжилгээ, бүлэг хоорондын шинжилгээ зэргийг багтаасан стандарт тайланг гаргадаг.
- Өгөгдлийн чанарын хяналт:
- Мэдээллийн гаралт, чанарын онооны хуваарилалт
- Нэг цэг бүрт ген илрүүлэх
- Эд эсийн бүрхэвч
- Дотоод дээжийн шинжилгээ:
- Генийн баялаг
- Хэмжээний хэмжээг багасгасан шинжилгээ зэрэг цэгийн кластер
- Кластер хоорондын дифференциал илэрхийллийн шинжилгээ: маркер генийг тодорхойлох
- Маркер генийн функциональ тайлбар, баяжуулалт
- Бүлэг хоорондын шинжилгээ
- Хоёр дээжийн толбыг дахин нэгтгэх (жишээ нь: өвчтэй ба хяналт) ба дахин бөөгнөрөл
- Кластер бүрийн маркер генийг тодорхойлох
- Маркер генийн функциональ тайлбар, баяжуулалт
- Бүлгүүдийн хоорондох ижил кластерын дифференциал илэрхийлэл
Нэмж дурдахад, BMKGene-ийн боловсруулсан "BSTViewer" нь хэрэглэгчдэд генийн илэрхийлэл болон цэгийн кластерийг янз бүрийн нарийвчлалтайгаар дүрслэн харуулах боломжийг олгодог хэрэглэгчдэд ээлтэй хэрэгсэл юм.
BMKGene нь орон зайн профайлын үйлчилгээг нэг үүрний нарийвчлалтайгаар санал болгодог (100-аас 3.5um хүртэлх үүрний сав эсвэл олон түвшний дөрвөлжин хайрцагт суурилсан).
S3000 слайд дээрх эдийн хэсгүүдийн орон зайн профайлыг дараах байдлаар сайн гүйцэтгэсэн.
Кейс судалгаа 1: Хулганы тархи
S3000-тай хулганы тархины хэсэгт хийсэн шинжилгээгээр ~94 000 эсийг тодорхойлсон бөгөөд нэг эсэд дунджаар ~2000 генийн дараалалтай байна. 3.5 umM-ийн сайжруулсан нягтрал нь транскрипцийн хэв маягт тулгуурлан эсийн бөөгнөрөл нь тархины ялгаатай бүтцийг дуурайлган маш нарийвчилсан бөөгнөрлийг бий болгосон. Саарал, цагаан бодист оршдог олигодендроцит ба микроглиа эс хэлбэрээр бөөгнөрсөн эсийн тархалтыг төсөөлөхөд үүнийг хялбархан ажиглаж болно.
Тохиолдол 2: Хулганы үр хөврөл
S3000-тай хулганы үр хөврөлийн хэсгийн шинжилгээнд нэг эсэд дунджаар ~1600 генийн дараалал бүхий ~2200 000 эсийг тодорхойлсон. 3.5 uM-ийн сайжруулсан нягтрал нь нүдний хэсэгт 12, тархины хэсэгт 28 бөөгнөрөл бүхий транскрипцийн хэв маягт тулгуурлан эсүүдийг маш нарийвчилсан бөөгнөрүүлэхэд хүргэсэн.
Дотоод дээжийн шинжилгээний эсийн бөөгнөрөл:
Маркерын генийг тодорхойлох ба орон зайн тархалт:
- илүү өндөр эсийн дэд нягтрал: S1000 слайдтай харьцуулахад S3000-ийн авах хэсэг бүр нь 2.5 μм диаметртэй, спот төвүүдийн хоорондох 3.5 μм зайтай > 4 сая орон зайн бар кодтой толбуудыг агуулж байгаа нь илүү өндөр эсийн дэд нягтралтай орон зайн транскриптомын шинжилгээ хийх боломжийг олгодог. (дөрвөлжин сав: 3.5 мкм).
- Зураг авалтын үр ашиг өндөр: S1000 слайдтай харьцуулахад Median_UMI 30%-аас 70% хүртэл, Median_Gene 30%-аас 60% хүртэл нэмэгдсэн
S1000 чипийн схем:
S3000 чипийн схем:
