BMKMANU S1000 Орон зайн транскриптом
BMKMANU S1000 Орон зайн транскриптомын техникийн схем
Онцлогууд
● Нарийвчлал: 5 μM
● Толбоны диаметр: 2.5 μM
● Толбоны тоо: ойролцоогоор 2 сая
● Зурах талбайн 3 боломжит формат: 6.8 мм * 6.8 мм, 11 мм * 11 мм эсвэл 15 мм * 20 мм
● Бар кодтой ирмэг бүр нь 4 хэсгээс бүрдсэн праймераар дүүрсэн:
поли(dT) сүүл нь мРНХ-ийн праймер болон cDNA синтезийн
Олшруулалтын хазайлтыг засах өвөрмөц молекул танигч (UMI).
Орон зайн бар код
Хэсэгчилсэн уншигдах 1 дарааллын праймерыг холбох дараалал
● Хэсгийн H&E болон флюресцент будалт
● Ашиглах боломжэсийн сегментчиллийн технологи: H&E будалт, флюресцент будалт, РНХ-ийн дарааллыг нэгтгэх замаар эс бүрийн хил хязгаарыг тодорхойлж, эс бүрт генийн илэрхийлэлийг зөв хуваарилна.
BMKMANU S1000-ийн давуу тал
●Дэд эсийн нарийвчлал: Баривчлах хэсэг бүр нь 2.5 μм диаметртэй, спот төвүүдийн хоорондох 5 μм зайтай 2 сая гаруй орон зайн бар кодтой толбуудыг агуулж байсан нь эсийн дэд нягтралтай (5 микрон) орон зайн транскриптомын шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.
●Олон түвшний нарийвчлалын шинжилгээ:100 μм-ээс 5 μм хүртэлх уян хатан олон түвшний шинжилгээ нь эдийн янз бүрийн шинж чанарыг оновчтой нарийвчлалтайгаар шийдвэрлэх.
●“Нэг слайдад гурвыг” эс сегментчлэх технологийг ашиглах боломж:Флюресцентээр будах, H&E будалт, РНХ-ийн дарааллыг нэг слайд дээр хослуулсан манай "гурвыг нэг" шинжилгээний алгоритм нь дараагийн эсэд суурилсан транскриптомикийн эсийн хил хязгаарыг тодорхойлох боломжийг олгодог.
●Олон дарааллын платформтой нийцдэг: NGS болон удаан унших дараалал аль аль нь боломжтой.
●1-8 идэвхтэй барих талбайн уян хатан дизайн: Зураг авах талбайн хэмжээ нь уян хатан бөгөөд 3 форматыг (6.8 мм * 6.8 мм., 11 мм * 11 мм ба 15 мм * 20 мм) ашиглах боломжтой.
●Нэг цэгийн үйлчилгээ: Энэ нь крио зүсэлт, будалт, эдийг оновчтой болгох, орон зайн бар кодлох, номын сан бэлтгэх, дараалал тогтоох, биоинформатик зэрэг бүх туршлага, ур чадварт суурилсан алхмуудыг нэгтгэдэг.
●Иж бүрэн биоинформатик ба үр дүнгийн хэрэглэгчдэд ээлтэй дүрслэл:Уг багцад 29 шинжилгээ, 100 гаруй өндөр чанартай дүрсүүд багтсан ба эсийн хуваагдал, цэгийн кластерлалыг дүрслэн харуулах, өөрчлөхийн тулд дотооддоо боловсруулсан програм хангамжийг ашиглахтай хослуулсан.
●Тохируулсан мэдээллийн дүн шинжилгээ ба дүрслэл: янз бүрийн судалгааны хүсэлтэд ашиглах боломжтой
●Өндөр ур чадвартай Техникийн баг: Хүн, хулгана, хөхтөн амьтан, загас, ургамал зэрэг 250 гаруй төрлийн эд, 100 гаруй зүйлд туршлагатай.
●Бүх төслийн бодит цагийн шинэчлэлтүүд: туршилтын явцыг бүрэн хянах.
●Нэг эсийн мРНХ дараалал бүхий нэмэлт шинжилгээ
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
|
Дээж Шаардлага
| Номын сан |
Дараалсан стратеги
| Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын хяналт |
| OCT-д суулгагдсан крио дээж, дээж бүрт 3 блок | S1000 cDNA номын сан | Illumina PE150 (бусад платформ боломжтой) | 100 uM тутамд 100K PE уншилт (60-150 Гб) | RIN>7 |
Дээж бэлтгэх заавар болон үйлчилгээний ажлын явцын талаар дэлгэрэнгүй мэдээлэл авахыг хүсвэл a-тай чөлөөтэй ярилцана ууBMKGENE мэргэжилтэн
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж бэлтгэх үе шатанд өндөр чанарын РНХ авах боломжтой болгохын тулд РНХ-ийн задралын анхны туршилтыг хийдэг. Эдийг оновчтой болгох үе шатанд хэсгүүдийг будаж, дүрсэлж, эдээс мРНХ ялгарах нэвчүүлэх нөхцлийг оновчтой болгодог. Оновчтой протоколыг дараа нь номын сангийн барилгын ажлын явцад, дараа нь дараалал, өгөгдөлд дүн шинжилгээ хийдэг.
Үйлчилгээний иж бүрэн ажлын урсгал нь бодит цагийн шинэчлэлтүүд болон үйлчлүүлэгчийн баталгаажуулалтыг багтаасан бөгөөд төслийн үр дүнтэй гүйцэтгэлийг баталгаажуулдаг.
BMKMANU S1000-ийн үүсгэсэн өгөгдлийг BMKGENE-ийн бие даан зохион бүтээсэн "BSTMatrix" программ хангамжийг ашиглан дүн шинжилгээ хийж, генийн илэрхийллийн матриц үүсгэдэг. Тэндээс өгөгдлийн чанарын хяналт, түүврийн дотоод шинжилгээ, бүлэг хоорондын шинжилгээ зэргийг багтаасан стандарт тайланг гаргадаг.
● Өгөгдлийн чанарын хяналт:
Өгөгдлийн гаралт ба чанарын онооны хуваарилалт
Нэг цэг бүрт ген илрүүлэх
Эд эсийн бүрхэвч
● Дотоод дээжийн шинжилгээ:
Генийн баялаг
Хэмжээний шинжилгээг багасгасан цэгийн кластер
Кластер хоорондын дифференциал илэрхийллийн шинжилгээ: маркер генийг тодорхойлох
Маркер генийн функциональ тайлбар, баяжуулалт
● Бүлэг хоорондын шинжилгээ:
Хоёр дээжийн толбыг дахин нэгтгэх (жишээ нь: өвчтэй ба хяналт) ба дахин бөөгнөрөл
Кластер бүрийн маркер генийг тодорхойлох
Маркер генийн функциональ тайлбар, баяжуулалт
Бүлгүүдийн хоорондох ижил кластерын дифференциал илэрхийлэл
Нэмж дурдахад, BMKGENE нь "BSTViewer"-ийг бүтээсэн бөгөөд хэрэглэгчдэд генийн илэрхийлэл болон цэгийн кластерийг өөр өөр нарийвчлалтайгаар дүрслэх боломжийг олгодог хэрэглэгчдэд ээлтэй хэрэгсэл юм.
BMKGene нь хэрэглэгчдэд ээлтэй дүрслэл үзүүлэх программ хангамжийг боловсруулсан
BSTViewer олон түвшний нарийвчлалтайгаар спот кластер хийх
BSTCellViewer: автомат болон гар аргаар эс хуваах
Дотоод дээжийн шинжилгээ
Спот кластер:
Маркерын генийг тодорхойлох ба орон зайн тархалт:
Бүлэг хоорондын дүн шинжилгээ
Хоёр бүлэг болон дахин кластерын өгөгдлийн хослол:
Шинэ кластеруудын маркер генүүд:
Энэхүү онцлох нийтлэлээс BMKManu S1000 технологи бүхий BMKGene-ийн орон зайн транскриптомикийн үйлчилгээний дэвшилтүүдийг судлаарай:
Сонг, X. болон бусад. (2023) "Орон зайн транскриптомик нь улаан лоолийн каллусын найлзуурыг нөхөн сэргээхэд оролцдог гэрлийн өдөөгдсөн хлоренхимийн эсүүдийг илрүүлсэн",Америкийн Нэгдсэн Улсын Үндэсний Шинжлэх Ухааны Академийн эмхэтгэл, 120(38), х. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Та, Y. нар. (2023) 'Дараалалд суурилсан орон зайн транскриптомийн аргуудын системчилсэн харьцуулалт',bioRxiv, х. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
