16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Үйлчилгээний онцлог
● Дараалсан платформ: PacBio Revio
● Дарааллын горим: CCS (HiFi унших)
● HiFi SMRT хонхны санг бэлтгэхийн өмнө зорилтот бүсийг олшруулж, дараа нь ампликонуудыг тандем холбох
Үйлчилгээний давуу тал
●Дээд ангилал зүйн нарийвчлал: Тбогино ампликоны дараалал,Зүйлийн түвшинд OTU ангиллын өндөр түвшинг бий болгох боломжтой.
●Өндөр нарийвчлалтай үндсэн дуудлага: PacBio CCS горимын дараалал (HiFi уншина).
●Тусгаарлахгүй: Байгаль орчны дээжинд бичил биетний найрлагыг хурдан тодорхойлох.
●Өргөн хэрэглэгддэг: Төрөл бүрийн бичил биетний нийгэмлэгийн судалгаа.
●Био-информатикийн цогц шинжилгээ: Өгөгдлийн сан, тайлбар, OTU/ASV зэрэг олон төрлийн шинжилгээ бүхий хамгийн сүүлийн үеийн QIIME2 багц (микробын экологийн талаарх тоон ойлголт).
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: Жил бүр олон мянган ампликон дарааллын төслүүдийг хэрэгжүүлдэг BMKGENE нь арав гаруй жилийн туршлага, өндөр ур чадвартай шинжилгээний баг, иж бүрэн агуулга, борлуулалтын дараах маш сайн дэмжлэгийг авчирдаг.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Номын сан | Дараалал тогтоох стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна |
| Ампликон | PacBio Revio | 10/30/50 К шошго (CCS) |
Загвар шаардлага
| Концентраци (нг/мкл) | Нийт хэмжээ (мкг) | Эзлэхүүн (μL) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Шингэн азотын дээжийг 3-4 цагийн турш хөлдөөж, шингэн азот буюу -80 хэмээс удаан хугацаагаар хадгална. Хуурай мөстэй дээж тээвэрлэх шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Дараах шинжилгээг багтаасан болно.
●Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
●OTU clustering/De-noise(ASV)
●OTU тайлбар
●Альфа олон янз байдлын шинжилгээ: Shannon, Simpson, ACE зэрэг олон индекс.
●Бета олон янз байдлын шинжилгээ
●Бүлэг хоорондын шинжилгээ
● Корреляцийн шинжилгээ: хүрээлэн буй орчны хүчин зүйлс ба OUT найрлага, олон янз байдлын хоорондын хамаарал
●16S функциональ генийн таамаглал
Ангилал зүйн тархалтын гистограм
Олон нийтийн тархалт филогенетик мод
Альфа олон янз байдлын шинжилгээ: ACE
индекс
Бета олон янз байдлын шинжилгээ: PCoA
Бүлэг хоорондын шинжилгээ: ANOVA
BMKGene-ийн PacBio-г ашиглан өсгөгчний дараалал тогтоох үйлчилгээнд тусгагдсан дэвшлүүдтэй танилцаарай.
Gao, X. and Wang, H. (2023) 'Уулын нугад хоёр ургах үе шаттай Альпийн меринос хонины янз бүрийн фенологид дасан зохицох үеийн гүзээний нянгийн профиль ба функцүүдийн харьцуулсан шинжилгээ (Regreen vs. Grassy)', Исгэх, 9( 1), х. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Culturomics-д суурилсан метагеномик ба өндөр нарийвчлалтай шинжилгээ ашиглан цөлийн хөрсөнд бичил биетний харанхуй бодисыг барих нь', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), 1-14 хуудас. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Царгас, будааны сүрэл, улаан буудайн хивэгээр бэлтгэсэн холимог даршны исгэх шинж чанар, бактерийн олон янз байдал, аэробикийн тогтвортой байдалд өөх тосны хүчлийн давсны үзүүлэх нөлөө', Хүнс, хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны сэтгүүл, 102(4), 1475-р хуудас. 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) "Sonchus brachyotus DC-ийн хандны антиоксидант нөлөөнд исэлдэлтийн стресс биомаркер ба гэдэсний бичил биетний харилцан үйлчлэл. in Adult Zebrafish-ийн Оксазолоноор өдөөгдсөн гэдэсний исэлдэлтийн стресс', Антиоксидант 2023, Боть. 12, Хуудас 192, 12(1), х. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
