സിംഗിൾ ന്യൂക്ലിയസ് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിങ്
സാങ്കേതിക പദ്ധതി
ഇരട്ട ക്രോസിംഗുകളുള്ള എട്ട്-ചാനൽ മൈക്രോഫ്ലൂയിഡിക്‌സ് സിസ്റ്റം അടങ്ങുന്ന 10× ജീനോമിക്സ് ക്രോമിയം™ ആണ് ന്യൂക്ലിയസുകളുടെ ഒറ്റപ്പെടൽ നേടിയത്. ഈ സംവിധാനത്തിൽ, ബാർകോഡുകളും പ്രൈമറും ഉള്ള ഒരു ജെൽ ബീഡുകൾ, എൻസൈമുകൾ, ഒരു ന്യൂക്ലിയസ് എന്നിവ നാനോലിറ്റർ വലിപ്പമുള്ള എണ്ണ തുള്ളിയിൽ പൊതിഞ്ഞ് ജെൽ ബീഡ്-ഇൻ-എമൽഷൻ (ജിഇഎം) സൃഷ്ടിക്കുന്നു. GEM രൂപീകരിച്ചുകഴിഞ്ഞാൽ, ഓരോ GEM-ലും സെൽ ലിസിസും ബാർകോഡുകളുടെ പ്രകാശനവും നടത്തപ്പെടുന്നു. mRNA 10× ബാർകോഡുകളും UMI ഉം ഉള്ള cDNA തന്മാത്രകളിലേക്ക് റിവേഴ്സ് ട്രാൻസ്ക്രൈബ് ചെയ്യപ്പെടുന്നു, അവ സ്റ്റാൻഡേർഡ് സീക്വൻസിങ് ലൈബ്രറി നിർമ്മാണത്തിന് വിധേയമാണ്.
ഫീച്ചറുകൾ
● ശീതീകരിച്ച ടിഷ്യൂകളിൽ നിന്ന് സിംഗിൾ ന്യൂക്ലിയസ് സസ്പെൻഷൻ തയ്യാറാക്കൽ
● ജെൽ ബീഡ്-ഇൻ-എമൽഷൻ (GEM) രൂപീകരണം, തുടർന്ന് cDNA സിന്തസിസ്
● ഒരു GEM-ലെ ഓരോ ബീഡിലും 4 വിഭാഗങ്ങൾ അടങ്ങിയ പ്രൈമറുകൾ ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു:
എംആർഎൻഎ പ്രൈമിംഗിനും സിഡിഎൻഎ സിന്തസിസിനുമുള്ള പോളി(ഡിടി) ടെയിൽ,
ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ ബയസ് ശരിയാക്കാൻ യുണീക്ക് മോളിക്യുലാർ ഐഡൻ്റിഫയർ (UMI).
10x ബാർകോഡ്
ഭാഗിക വായന 1 സീക്വൻസിംഗ് പ്രൈമറിൻ്റെ ബൈൻഡിംഗ് സീക്വൻസ്
പ്രയോജനങ്ങൾ
സിംഗിൾ-ന്യൂക്ലിയസ് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് സിംഗിൾ-സെൽ ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗിൻ്റെ പരിമിതികളെ മറികടക്കുന്നു, ഇത് സാധ്യമാക്കുന്നു:
● ശീതീകരിച്ച സാമ്പിളുകളുടെ ഉപയോഗം പുതിയ സാമ്പിളുകളിൽ മാത്രം പരിമിതപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല
● ഫ്രഷ് സെല്ലുകളുടെ എൻസൈമാറ്റിക് ചികിത്സയുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ഫ്രോസൺ സെല്ലുകളുടെ കുറഞ്ഞ സമ്മർദ്ദം, സമ്മർദ്ദം കുറഞ്ഞ ജീനുകളുടെ രൂപത്തിൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം ഡാറ്റയിൽ പ്രതിഫലിക്കുന്നു
● ചുവന്ന രക്താണുക്കൾ മുൻകൂട്ടി നീക്കം ചെയ്യേണ്ട ആവശ്യമില്ല
● പരിധിയില്ലാത്ത സെൽ വ്യാസം
● ടിഷ്യു ഡിസോസിയേഷൻ സമയത്ത് കോശങ്ങൾ കട്ടപിടിക്കുന്നതിനോ നശിക്കുന്നതിനോ സാധ്യതയുള്ള സങ്കീർണ്ണവും ദുർബലവുമായ ടിഷ്യൂ തരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടെ, വിശകലനത്തിന് യോഗ്യമായ സാമ്പിളുകളുടെ വലിയ നിര
സിംഗിൾ-സെൽ ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗിലൂടെ വിശകലനം ചെയ്യാൻ കഴിയാത്തതും സിംഗിൾ ന്യൂക്ലിയസ് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗിന് യോഗ്യതയുള്ളതുമായ സാമ്പിളുകൾ:
| സെൽ / ടിഷ്യു | കാരണം |
| അൺഫ്രഷ് ഫ്രോസൺ ടിഷ്യു | പുതിയതോ ദീർഘകാലം സംരക്ഷിച്ചതോ ആയ ഓർഗനൈസേഷനുകൾ നേടാനായില്ല |
| മസിൽ സെൽ, മെഗാകാരിയോസൈറ്റ്, കൊഴുപ്പ്... | സെൽ വ്യാസം ഉപകരണത്തിൽ പ്രവേശിക്കാൻ വളരെ വലുതാണ് |
| കരൾ… | ഒറ്റ കോശങ്ങളെ വേർതിരിച്ചറിയാൻ കഴിയുന്നില്ല, തകർക്കാൻ കഴിയാത്തത്ര ദുർബലമാണ് |
| ന്യൂറോൺ സെൽ, മസ്തിഷ്കം... | കൂടുതൽ സെൻസിറ്റീവ്, സമ്മർദ്ദത്തിന് എളുപ്പം, സീക്വൻസിംഗ് ഫലങ്ങൾ മാറ്റും |
| പാൻക്രിയാസ്, തൈറോയ്ഡ്… | എൻഡോജെനസ് എൻസൈമുകളാൽ സമ്പുഷ്ടമാണ്, സിംഗിൾ സെൽ സസ്പെൻഷൻ്റെ ഉത്പാദനത്തെ ബാധിക്കുന്നു |
സിംഗിൾ ന്യൂക്ലിയസ് vs സിംഗിൾ സെൽ
| ഏക-ന്യൂക്ലിയസ് | ഏകകോശം |
| പരിധിയില്ലാത്ത സെൽ വ്യാസം | സെൽ വ്യാസം: 10-40 μm |
| മെറ്റീരിയൽ ഫ്രോസൺ ടിഷ്യു ആകാം | മെറ്റീരിയൽ പുതിയ ടിഷ്യു ആയിരിക്കണം |
| തണുത്തുറഞ്ഞ കോശങ്ങളുടെ കുറഞ്ഞ സമ്മർദ്ദം | എൻസൈം ചികിത്സ സെൽ സ്ട്രെസ് പ്രതികരണത്തിന് കാരണമായേക്കാം |
| ചുവന്ന രക്താണുക്കൾ നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതില്ല | ചുവന്ന രക്താണുക്കൾ നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട് |
| ന്യൂക്ലിയർ ബയോ ഇൻഫർമേഷൻ പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു | മുഴുവൻ സെല്ലും ബയോ ഇൻഫർമേഷൻ പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു |
സ്പെസിഫിക്കേഷനുകൾ
| സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ | ലൈബ്രറി | ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | ഡാറ്റ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| മൃഗകല ≥ 200 മില്ലിഗ്രാം പ്ലാൻ്റ് ടിഷ്യു ≥ 400 മില്ലിഗ്രാം | 10x ജീനോമിക്സ് എസ്എൻ സിഡിഎൻഎ ലൈബ്രറി | ഇല്ലുമിന PE150 | ഓരോ സെല്ലിനും 100K PE റീഡുകൾ (100-200 ജിബി) | 700-1200 ന്യൂക്ലിയസ്/μl, ന്യൂക്ലിയസ് ഇൻ്റഗ്രിറ്റി എന്നിവ സൂക്ഷ്മദർശിനിയിൽ നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു |
സാമ്പിൾ തയ്യാറാക്കൽ മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശത്തെയും സേവന വർക്ക്ഫ്ലോയെയും കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്, എയുമായി സംസാരിക്കാൻ മടിക്കേണ്ടതില്ലBMKGENE വിദഗ്ധൻ
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
● ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം: സെല്ലുകളുടെ എണ്ണം, ജീൻ കണ്ടെത്തൽ, കോശങ്ങളുടെ കൃത്യമായ തിരിച്ചറിയൽ, RNA തന്മാത്രകൾ, എക്സ്പ്രഷൻ അളവ്
● ആന്തരിക സാമ്പിൾ വിശകലനം:
സെൽ ക്ലസ്റ്ററിംഗും ക്ലസ്റ്റർ വ്യാഖ്യാനവും
ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ അനാലിസിസ്: ക്ലസ്റ്ററുകളിലെ DEG-കളുടെ തിരിച്ചറിയൽ
ക്ലസ്റ്റർ DEG-കളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും
● ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം:
ഡാറ്റയുടെ സംയോജനം
ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ അനാലിസിസ്: ഗ്രൂപ്പുകളിലെ DEG-കളെ തിരിച്ചറിയൽ
ഗ്രൂപ്പ് DEG-കളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും സമ്പുഷ്ടീകരണവും
● വിപുലമായ വിശകലനം:
സെൽ സൈക്കിൾ വിശകലനം
സ്യൂഡോടൈം വിശകലനം
സെൽ ആശയവിനിമയ വിശകലനം (സെൽഫോൺ ഡിബി)
ജീൻ സെറ്റ് എൻറിച്ച്‌മെൻ്റ് അനാലിസിസ് (GSEA)
ആന്തരിക-സാമ്പിൾ വിശകലനം
സെൽ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്:
ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ അനാലിസിസ്: ക്ലസ്റ്റർ ഡിഇജികൾ
ഇൻ്റർ ഗ്രൂപ്പ് വിശകലനം
ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ അനാലിസിസ്: ഗ്രൂപ്പ് DEG-കൾ
വിപുലമായ വിശകലനം:
സ്യൂഡോടൈം വിശകലനം:
സെൽ സൈക്കിൾ വിശകലനം:
ഈ ഫീച്ചർ ചെയ്ത പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളിൽ BMKGene-ൻ്റെ സിംഗിൾ-ന്യൂക്ലിയസ് RNA സീക്വൻസിങ് സേവനങ്ങൾ 10X Chromium വഴി സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക:
വാങ്, എൽ. et al. (2021) 'സിംഗിൾ-സെൽ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോമിക് അനാലിസിസ് സ്റ്റിറോയിഡ്-റെസിസ്റ്റൻ്റ് ആസ്ത്മ എക്‌സസർബേഷനിൽ ശ്വാസകോശത്തിൻ്റെ രോഗപ്രതിരോധ ലാൻഡ്‌സ്‌കേപ്പ് വെളിപ്പെടുത്തുന്നു',അമേരിക്കൻ ഐക്യനാടുകളിലെ നാഷണൽ അക്കാദമി ഓഫ് സയൻസസിൻ്റെ നടപടിക്രമങ്ങൾ, 118(2), പേ. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'ഗ്രേവ്‌സ് ഡിസീസ്, ഹാഷിമോട്ടോസ് തൈറോയ്‌ഡൈറ്റിസ് എന്നിവയുടെ മൈക്രോ എൻവയോൺമെൻ്റിലെ രോഗപ്രതിരോധ കോശങ്ങളിലെ ക്രമരഹിതമായ ജീൻ എക്‌സ്‌പ്രഷനും അസാധാരണമായ മെറ്റബോളിക് സിഗ്നലിംഗിനും വേണ്ടിയുള്ള ഒരു ഗ്ലോബൽ റെഗുലേറ്ററി നെറ്റ്‌വർക്ക്',രോഗപ്രതിരോധശാസ്ത്രത്തിലെ അതിരുകൾ, 13, പേ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
ടിയാൻ, എച്ച്. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'സിംഗിൾ-സെൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം ഫ്‌ളൗണ്ടറിലെ (പാരാലിച്തിസ് ഒലിവേഷ്യസ്) നിഷ്‌ക്രിയമായ എഡ്വേർസിയെല്ല ടാർഡയുമായുള്ള വാക്സിനേഷനുശേഷം ല്യൂക്കോസൈറ്റുകളുടെ വൈവിധ്യവും രോഗപ്രതിരോധ പ്രതികരണങ്ങളും കണ്ടെത്തുന്നു',അക്വാകൾച്ചർ, 566, പേ. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
യു, വൈ തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'ഗ്യാസ്ട്രിക് ക്യാൻസർ ബാധിച്ച രോഗികളിൽ ട്യൂമർ വിരുദ്ധ പ്രതിരോധശേഷി പുനർനിർമ്മിക്കുന്നതിലൂടെ ഫോട്ടോഡൈനാമിക് തെറാപ്പി രോഗപ്രതിരോധ പരിശോധന ഇൻഹിബിറ്ററുകളുടെ ഫലം മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു',ഗ്യാസ്ട്രിക് ക്യാൻസർ, 26(5), പേജ്. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
