-
മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് -എൻജിഎസ്
പാരിസ്ഥിതികവും മാനുഷികവുമായ മെറ്റാജെനോമുകൾ പോലെയുള്ള ഒരു സമ്മിശ്ര സമൂഹത്തിൻ്റെ മൊത്തം ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ഒരു ശേഖരമാണ് മെറ്റാജെനോം. കൃഷി ചെയ്യാവുന്നതും അല്ലാത്തതുമായ സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ജീനോമുകൾ ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. എൻജിഎസുമൊത്തുള്ള ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്, ടാക്സോണമിക് പ്രൊഫൈലിങ്ങിനേക്കാൾ കൂടുതൽ നൽകിക്കൊണ്ട് പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ ഉൾച്ചേർത്ത ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ജീനോമിക് ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകളെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനം സാധ്യമാക്കുന്നു, കൂടാതെ സ്പീഷിസ് വൈവിധ്യം, സമൃദ്ധമായ ചലനാത്മകത, സങ്കീർണ്ണമായ ജനസംഖ്യ ഘടനകൾ എന്നിവയെക്കുറിച്ചുള്ള ഗ്രാനുലാർ ഉൾക്കാഴ്ചയും നൽകുന്നു. ടാക്സോണമിക് പഠനങ്ങൾക്കപ്പുറം, ഷോട്ട്ഗൺ മെറ്റാജെനോമിക്സ് ഒരു ഫങ്ഷണൽ ജീനോമിക്സ് വീക്ഷണവും പ്രദാനം ചെയ്യുന്നു, ഇത് എൻകോഡ് ചെയ്ത ജീനുകളുടെയും പാരിസ്ഥിതിക പ്രക്രിയകളിൽ അവയുടെ പ്രാധാന്യമുള്ള റോളുകളുടെയും പര്യവേക്ഷണം സാധ്യമാക്കുന്നു. അവസാനമായി, ജനിതക മൂലകങ്ങളും പാരിസ്ഥിതിക ഘടകങ്ങളും തമ്മിലുള്ള പരസ്പര ബന്ധ ശൃംഖലകൾ സ്ഥാപിക്കുന്നത് സൂക്ഷ്മജീവി സമൂഹങ്ങളും അവയുടെ പാരിസ്ഥിതിക പശ്ചാത്തലവും തമ്മിലുള്ള സങ്കീർണ്ണമായ പരസ്പരബന്ധത്തെക്കുറിച്ചുള്ള സമഗ്രമായ ധാരണയ്ക്ക് കാരണമാകുന്നു. ഉപസംഹാരമായി, വൈവിധ്യമാർന്ന സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹങ്ങളുടെ ജനിതക സങ്കീർണതകൾ അനാവരണം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു സുപ്രധാന ഉപകരണമായി മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് നിലകൊള്ളുന്നു, ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ആവാസവ്യവസ്ഥകൾക്കുള്ളിൽ ജനിതകവും പരിസ്ഥിതിശാസ്ത്രവും തമ്മിലുള്ള ബഹുമുഖ ബന്ധങ്ങൾ പ്രകാശിപ്പിക്കുന്നു.
പ്ലാറ്റ്‌ഫോമുകൾ: Illumina NovaSeq, DNBSEQ-T7
-
മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ്-ടിജിഎസ്
പാരിസ്ഥിതികവും മാനുഷികവുമായ മെറ്റാജെനോമുകൾ പോലെയുള്ള ജീവികളുടെ ഒരു മിശ്രിത സമൂഹത്തിൻ്റെ ജനിതക വസ്തുക്കളുടെ ഒരു ശേഖരമാണ് മെറ്റാജെനോം. കൃഷി ചെയ്യാവുന്നതും അല്ലാത്തതുമായ സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ജീനോമുകൾ ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. ടാക്സോണമിക് പ്രൊഫൈലിങ്ങിനേക്കാൾ കൂടുതൽ നൽകിക്കൊണ്ട് പാരിസ്ഥിതിക സാമ്പിളുകളിൽ ഉൾച്ചേർത്ത ഈ സങ്കീർണ്ണമായ ജീനോമിക് ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകളുടെ പഠനം മെറ്റാജെനോമിക് സീക്വൻസിംഗ് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു. എൻകോഡ് ചെയ്ത ജീനുകളും പാരിസ്ഥിതിക പ്രക്രിയകളിൽ അവയുടെ പ്രധാന റോളുകളും പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ ഇത് ഒരു പ്രവർത്തനപരമായ ജീനോമിക്സ് വീക്ഷണവും വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു. മെറ്റാജെനോമിക് പഠനങ്ങളിൽ ഇല്യൂമിന സീക്വൻസിംഗിനൊപ്പം പരമ്പരാഗത ഷോട്ട്ഗൺ സമീപനങ്ങൾ വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കപ്പെടുന്നുണ്ടെങ്കിലും നാനോപോറിൻ്റെയും പാക്ബയോ ലോംഗ്-റീഡ് സീക്വൻസിംഗിൻ്റെയും വരവ് ഈ മേഖലയെ മാറ്റിമറിച്ചു. നാനോപോറും പാക്ബയോ സാങ്കേതികവിദ്യയും ഡൗൺസ്ട്രീം ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനങ്ങൾ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു, പ്രത്യേകിച്ച് മെറ്റാജെനോം അസംബ്ലി, കൂടുതൽ തുടർച്ചയായ അസംബ്ലികൾ ഉറപ്പാക്കുന്നു. നാനോപോർ അധിഷ്ഠിതവും പാക്ബയോ അധിഷ്ഠിതവുമായ മെറ്റാജെനോമിക്സ് സങ്കീർണ്ണമായ മൈക്രോബയോമുകളിൽ നിന്ന് പൂർണ്ണവും അടഞ്ഞതുമായ ബാക്ടീരിയൽ ജീനോമുകൾ വിജയകരമായി സൃഷ്ടിച്ചതായി റിപ്പോർട്ടുകൾ സൂചിപ്പിക്കുന്നു (മോസ്, EL, et al., Nature Biotech, 2020). നാനോപോർ വായനകളെ ഇല്ലുമിന റീഡുകളുമായി സംയോജിപ്പിക്കുന്നത് നാനോപോറിൻ്റെ അന്തർലീനമായ കുറഞ്ഞ കൃത്യതയെ ലഘൂകരിക്കുന്നതിന് പിശക് തിരുത്തലിനുള്ള ഒരു തന്ത്രപരമായ സമീപനം നൽകുന്നു. ഈ സിനർജസ്റ്റിക് കോമ്പിനേഷൻ ഓരോ സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമിൻ്റെയും ശക്തികളെ സ്വാധീനിക്കുന്നു, സാധ്യതയുള്ള പരിമിതികളെ മറികടക്കാൻ ശക്തമായ ഒരു പരിഹാരം വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ മെറ്റാജെനോമിക് വിശകലനങ്ങളുടെ കൃത്യതയും വിശ്വാസ്യതയും മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: നാനോപോർ പ്രോമിതിയോൺ 48, ഇല്ലുമിയ, പാക്ബയോ റിവിയോ
-
മുഴുവൻ ജീനോം ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിങ് (WGBS)
ഹോൾ ജീനോം ബൈസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (WGBS) എന്നത് ഡിഎൻഎ മെത്തൈലേഷൻ്റെ ആഴത്തിലുള്ള പര്യവേക്ഷണത്തിനുള്ള സ്വർണ്ണ-നിലവാര രീതിയാണ്, പ്രത്യേകിച്ചും ജീൻ എക്‌സ്‌പ്രഷനിൻ്റെയും സെല്ലുലാർ പ്രവർത്തനത്തിൻ്റെയും സുപ്രധാന റെഗുലേറ്ററായ സൈറ്റോസിനിലെ (5-mC) അഞ്ചാം സ്ഥാനം. WGBS-ൻ്റെ അടിസ്ഥാന തത്വത്തിൽ ബൈസൾഫൈറ്റ് ചികിത്സ ഉൾപ്പെടുന്നു, ഇത് അൺമെഥൈലേറ്റഡ് സൈറ്റോസിനുകളെ യുറാസിലായി (C മുതൽ U) പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു, അതേസമയം മീഥൈലേറ്റഡ് സൈറ്റോസിനുകൾ മാറ്റമില്ലാതെ തുടരുന്നു. ഈ സാങ്കേതികത സിംഗിൾ-ബേസ് റെസല്യൂഷൻ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു, ഗവേഷകർക്ക് മെഥിലോമിനെക്കുറിച്ച് സമഗ്രമായി അന്വേഷിക്കാനും വിവിധ അവസ്ഥകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട അസാധാരണമായ മിഥിലേഷൻ പാറ്റേണുകൾ കണ്ടെത്താനും അനുവദിക്കുന്നു, പ്രത്യേകിച്ച് ക്യാൻസർ. WGBS ഉപയോഗിക്കുന്നതിലൂടെ, ശാസ്ത്രജ്ഞർക്ക് ജീനോം-വൈഡ് മീഥൈലേഷൻ ലാൻഡ്‌സ്‌കേപ്പുകളിലേക്ക് സമാനതകളില്ലാത്ത ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നേടാനാകും, ഇത് വൈവിധ്യമാർന്ന ജൈവ പ്രക്രിയകൾക്കും രോഗങ്ങൾക്കും അടിവരയിടുന്ന എപിജെനെറ്റിക് മെക്കാനിസങ്ങളെക്കുറിച്ച് സൂക്ഷ്മമായ ധാരണ നൽകുന്നു.
-
ഹൈ ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് (ATAC-seq) ഉള്ള ട്രാൻസ്‌പോസേസ്-ആക്സസ് ചെയ്യാവുന്ന ക്രോമാറ്റിനിനായുള്ള പരിശോധന
ജീനോം-വൈഡ് ക്രോമാറ്റിൻ പ്രവേശനക്ഷമത വിശകലനത്തിനായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് ടെക്നിക്കാണ് ATAC-seq. ജീൻ എക്‌സ്‌പ്രഷനുമേലുള്ള ആഗോള എപിജെനെറ്റിക് നിയന്ത്രണത്തിൻ്റെ സങ്കീർണ്ണമായ സംവിധാനങ്ങളെക്കുറിച്ച് ആഴത്തിലുള്ള ധാരണ ഇത് നൽകുന്നു. സീക്വൻസിങ് അഡാപ്റ്ററുകൾ ഇട്ട് ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ റീജിയണുകൾ ഒരേസമയം വിഘടിപ്പിക്കാനും ടാഗ് ചെയ്യാനും ഹൈപ്പർ ആക്റ്റീവ് Tn5 ട്രാൻസ്‌പോസേസ് ഈ രീതി ഉപയോഗിക്കുന്നു. തുടർന്നുള്ള പിസിആർ ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ ഒരു സീക്വൻസിംഗ് ലൈബ്രറിയുടെ സൃഷ്ടിയിൽ കലാശിക്കുന്നു, ഇത് പ്രത്യേക സ്ഥല-സമയ സാഹചര്യങ്ങളിൽ തുറന്ന ക്രോമാറ്റിൻ പ്രദേശങ്ങളെ സമഗ്രമായി തിരിച്ചറിയാൻ അനുവദിക്കുന്നു. ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഫാക്ടർ ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകളിലോ നിർദ്ദിഷ്ട ഹിസ്റ്റോൺ പരിഷ്കരിച്ച പ്രദേശങ്ങളിലോ മാത്രം ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കുന്ന രീതികളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി, ആക്സസ് ചെയ്യാവുന്ന ക്രോമാറ്റിൻ ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകളുടെ സമഗ്രമായ കാഴ്ച ATAC-seq നൽകുന്നു. ഈ ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ മേഖലകൾ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിലൂടെ, ATAC-seq സജീവമായ റെഗുലേറ്ററി സീക്വൻസുകൾക്കും സാധ്യതയുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഫാക്ടർ ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകൾക്കും കൂടുതൽ സാധ്യതയുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു, ജീനോമിലുടനീളം ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ്റെ ഡൈനാമിക് മോഡുലേഷനെക്കുറിച്ചുള്ള വിലയേറിയ ഉൾക്കാഴ്ചകൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
-
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിങ്-പാക്ബയോ
16S, 18S rRNA ജീനുകൾ, ഇൻ്റേണൽ ട്രാൻസ്‌ക്രൈബ്ഡ് സ്‌പേസർ (ITS) മേഖലയ്‌ക്കൊപ്പം, വളരെ സംരക്ഷിതവും ഹൈപ്പർ-വേരിയബിൾ പ്രദേശങ്ങളുടെ സംയോജനം കാരണം സുപ്രധാന തന്മാത്രാ വിരലടയാള മാർക്കറുകളായി വർത്തിക്കുന്നു, ഇത് പ്രോകാരിയോട്ടിക്, യൂക്കറിയോട്ടിക് ജീവികളെ ചിത്രീകരിക്കുന്നതിനുള്ള അമൂല്യമായ ഉപകരണങ്ങളാക്കി മാറ്റുന്നു. ഈ പ്രദേശങ്ങളുടെ ആംപ്ലിഫിക്കേഷനും സീക്വൻസിംഗും വിവിധ ആവാസവ്യവസ്ഥകളിലുടനീളം സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ ഘടനയെയും വൈവിധ്യത്തെയും കുറിച്ച് അന്വേഷിക്കുന്നതിന് ഒറ്റപ്പെടൽ രഹിത സമീപനം വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു. 16S, ITS1 എന്നിവയുടെ V3-V4 പോലെയുള്ള ഹ്രസ്വ ഹൈപ്പർവേരിയബിൾ പ്രദേശങ്ങളെ ഇല്യൂമിന സീക്വൻസിംഗ് സാധാരണയായി ടാർഗെറ്റുചെയ്യുമ്പോൾ, 16S, 18S, ITS എന്നിവയുടെ പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യം ക്രമീകരിച്ചുകൊണ്ട് മികച്ച ടാക്സോണമിക് വ്യാഖ്യാനം നേടാനാകുമെന്ന് തെളിയിക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. ഈ സമഗ്രമായ സമീപനം, കൃത്യമായി തരംതിരിച്ച ക്രമങ്ങളുടെ ഉയർന്ന ശതമാനം, സ്പീഷീസ് ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ വരെ നീളുന്ന റെസലൂഷൻ ലെവൽ കൈവരിക്കുന്നു. PacBio-യുടെ സിംഗിൾ-മോളിക്യൂൾ റിയൽ-ടൈം (SMRT) സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോം, ഇലുമിന സീക്വൻസിംഗിൻ്റെ കൃത്യതയെ എതിർക്കുന്ന, മുഴുനീള ആംപ്ലിക്കോണുകളെ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന വളരെ കൃത്യമായ ലോംഗ് റീഡുകൾ (HiFi) നൽകിക്കൊണ്ട് വേറിട്ടുനിൽക്കുന്നു. ഈ കഴിവ് ഗവേഷകരെ സമാനതകളില്ലാത്ത നേട്ടം കൈവരിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു - ജനിതക ഭൂപ്രകൃതിയുടെ പനോരമിക് കാഴ്ച. വിപുലീകൃത കവറേജ് സ്പീഷിസ് വ്യാഖ്യാനത്തിലെ മിഴിവ് ഗണ്യമായി ഉയർത്തുന്നു, പ്രത്യേകിച്ച് ബാക്ടീരിയ അല്ലെങ്കിൽ ഫംഗൽ കമ്മ്യൂണിറ്റികൾക്കുള്ളിൽ, സൂക്ഷ്മജീവ ജനസംഖ്യയുടെ സങ്കീർണതകളെക്കുറിച്ച് ആഴത്തിൽ മനസ്സിലാക്കാൻ ഇത് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
-
16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ്-NGS
16S, 18S, ITS ജനിതക മാർക്കറുകൾ പ്രത്യേകമായി ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത് ഇല്യൂമിന ടെക്‌നോളജി ഉപയോഗിച്ചുള്ള ആംപ്ലിക്കോൺ സീക്വൻസിംഗ്, സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹങ്ങൾക്കുള്ളിലെ ഫൈലോജെനി, ടാക്‌സോണമി, സ്പീഷീസ് സമൃദ്ധി എന്നിവ അനാവരണം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ശക്തമായ ഒരു രീതിയാണ്. ഈ സമീപനത്തിൽ ഹൗസ് കീപ്പിംഗ് ജനിതക മാർക്കറുകളുടെ ഹൈപ്പർവേരിയബിൾ മേഖലകൾ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നത് ഉൾപ്പെടുന്നു. യഥാർത്ഥത്തിൽ മോളിക്യുലാർ ഫിംഗർപ്രിൻ്റ് ആയി അവതരിപ്പിച്ചത്Woeses et al1977-ൽ, ഐസൊലേഷൻ-ഫ്രീ അനാലിസിസ് പ്രാപ്തമാക്കിക്കൊണ്ട് ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ മൈക്രോബയോം പ്രൊഫൈലിങ്ങിൽ വിപ്ലവം സൃഷ്ടിച്ചു. 16 എസ് (ബാക്ടീരിയ), 18 എസ് (ഫംഗസ്), ഇൻ്റേണൽ ട്രാൻസ്‌ക്രൈബ്ഡ് സ്‌പേസർ (ഐടിഎസ്, ഫംഗസ്) എന്നിവയുടെ സീക്വൻസിംഗിലൂടെ ഗവേഷകർക്ക് സമൃദ്ധമായ ഇനങ്ങളെ മാത്രമല്ല, അപൂർവവും തിരിച്ചറിയപ്പെടാത്തതുമായ ജീവികളെ തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും. ഒരു സുപ്രധാന ഉപകരണമായി വ്യാപകമായി അംഗീകരിക്കപ്പെട്ട, ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിങ്, മനുഷ്യൻ്റെ വായ, കുടൽ, മലം, അതിനുമപ്പുറം എന്നിവയുൾപ്പെടെ വിവിധ പരിതസ്ഥിതികളിലുടനീളം വ്യത്യസ്തമായ സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ ഘടനകളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിന് സഹായകമായി.
-
ബാക്ടീരിയ, ഫംഗൽ ഹോൾ ജീനോം റീ-സീക്വൻസിങ്
സൂക്ഷ്മജീവികളുടെ ജീനോമുകളുടെ പൂർത്തീകരണവും താരതമ്യവും പ്രാപ്തമാക്കിക്കൊണ്ട് സൂക്ഷ്മജീവ ജീനോമിക്സ് മുന്നോട്ട് കൊണ്ടുപോകുന്നതിന് ബാക്ടീരിയ, ഫംഗൽ പൂർണ്ണ-ജീനോം പുനഃക്രമീകരണ പദ്ധതികൾ സുപ്രധാനമാണ്. ഇത് അഴുകൽ എഞ്ചിനീയറിംഗ്, വ്യാവസായിക പ്രക്രിയകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ, ദ്വിതീയ ഉപാപചയ പാതകളുടെ പര്യവേക്ഷണം എന്നിവ സുഗമമാക്കുന്നു. കൂടാതെ, വൈദ്യശാസ്ത്രം, കൃഷി, പരിസ്ഥിതി ശാസ്ത്രം എന്നിവയിൽ വിശാലമായ പ്രത്യാഘാതങ്ങളുള്ള പാരിസ്ഥിതിക പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ മനസ്സിലാക്കുന്നതിനും സമ്മർദ്ദങ്ങൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നതിനും ജനിതക പരിണാമ ചലനാത്മകത വെളിപ്പെടുത്തുന്നതിനും ഫംഗസ്, ബാക്ടീരിയൽ പുനഃക്രമം നിർണായകമാണ്.
-
PacBio-ഫുൾ-ലെങ്ത് 16S/18S/ITS ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസിംഗ്
ആംപ്ലിക്കോൺ (16S/18S/ITS) പ്ലാറ്റ്ഫോം മൈക്രോബയൽ ഡൈവേഴ്‌സിറ്റി പ്രോജക്റ്റ് വിശകലനത്തിൽ വർഷങ്ങളോളം പരിചയമുള്ളതാണ്, അതിൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് അടിസ്ഥാന വിശകലനവും വ്യക്തിഗത വിശകലനവും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു: അടിസ്ഥാന വിശകലനം നിലവിലെ മൈക്രോബയൽ ഗവേഷണത്തിൻ്റെ മുഖ്യധാരാ വിശകലന ഉള്ളടക്കം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, വിശകലന ഉള്ളടക്കം സമ്പന്നവും സമഗ്രവുമാണ്, കൂടാതെ വിശകലന ഫലങ്ങൾ പ്രോജക്ട് റിപ്പോർട്ടുകളുടെ രൂപത്തിൽ അവതരിപ്പിക്കുന്നു; വ്യക്തിഗത വിശകലനത്തിൻ്റെ ഉള്ളടക്കം വൈവിധ്യപൂർണ്ണമാണ്. വ്യക്തിഗത ആവശ്യകതകൾ സാക്ഷാത്കരിക്കുന്നതിന്, അടിസ്ഥാന വിശകലന റിപ്പോർട്ടിനും ഗവേഷണ ഉദ്ദേശ്യത്തിനും അനുസരിച്ച് സാമ്പിളുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കാനും പരാമീറ്ററുകൾ അയവുള്ള രീതിയിൽ സജ്ജീകരിക്കാനും കഴിയും. വിൻഡോസ് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം, ലളിതവും വേഗതയും.
-
PacBio-പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് (നോൺ-റഫറൻസ്)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing ഡാറ്റ ഇൻപുട്ടായി എടുക്കുമ്പോൾ, ഈ ആപ്പിന് പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസുകൾ (അസംബ്ലി ഇല്ലാതെ) തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും. റഫറൻസ് ജീനോമിനെതിരെ മുഴുനീള സീക്വൻസുകൾ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, അറിയപ്പെടുന്ന ജീനുകൾ, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ, കോഡിംഗ് മേഖലകൾ മുതലായവ ഉപയോഗിച്ച് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ കഴിയും. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, mRNA ഘടനകളെ കൂടുതൽ കൃത്യമായി തിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും, അതായത് ഇതര വിഭജനം മുതലായവ. എൻജിഎസ് ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോം സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റയുമായുള്ള സംയുക്ത വിശകലനം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് തലത്തിൽ എക്സ്പ്രഷനിൽ കൂടുതൽ സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനവും കൂടുതൽ കൃത്യമായ അളവെടുപ്പും പ്രാപ്തമാക്കുന്നു, ഇത് ഡൗൺസ്ട്രീം ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്‌സ്‌പ്രഷനും ഫങ്ഷണൽ വിശകലനത്തിനും ഏറെ പ്രയോജനം ചെയ്യുന്നു.
-
റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസൻ്റേഷൻ ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (RRBS)
ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണത്തിൽ ഹോൾ ജിനോം ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗിന് (ഡബ്ല്യുജിബിഎസ്) ചെലവ് കുറഞ്ഞതും കാര്യക്ഷമവുമായ ബദലായി റിഡ്യൂസ്ഡ് റെപ്രസൻ്റേഷൻ ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗ് (ആർആർബിഎസ്) ഉയർന്നുവന്നിട്ടുണ്ട്. ഒരൊറ്റ അടിസ്ഥാന റെസല്യൂഷനിൽ മുഴുവൻ ജീനോമും പരിശോധിച്ചുകൊണ്ട് WGBS സമഗ്രമായ ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുമ്പോൾ, അതിൻ്റെ ഉയർന്ന വില പരിമിതപ്പെടുത്തുന്ന ഘടകമാണ്. ജീനോമിൻ്റെ ഒരു പ്രതിനിധി ഭാഗം തിരഞ്ഞെടുത്ത് വിശകലനം ചെയ്തുകൊണ്ട് RRBS ഈ വെല്ലുവിളിയെ തന്ത്രപരമായി ലഘൂകരിക്കുന്നു. 200-500/600 ബിപിഎസ് ശകലങ്ങളുടെ വലിപ്പം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനെ തുടർന്ന് എംഎസ്പിഐ പിളർപ്പിലൂടെ സിപിജി ദ്വീപ് സമ്പന്നമായ പ്രദേശങ്ങളെ സമ്പുഷ്ടമാക്കുന്നതിനെയാണ് ഈ രീതി ആശ്രയിക്കുന്നത്. തൽഫലമായി, സിപിജി ദ്വീപുകൾക്ക് സമീപമുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ മാത്രമേ ക്രമീകരിച്ചിട്ടുള്ളൂ, അതേസമയം വിദൂര സിപിജി ദ്വീപുകളുള്ളവ വിശകലനത്തിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയിരിക്കുന്നു. ഈ പ്രക്രിയ, ബിസൾഫൈറ്റ് സീക്വൻസിംഗുമായി സംയോജിപ്പിച്ച്, ഡിഎൻഎ മെത്തിലൈലേഷൻ ഉയർന്ന റെസല്യൂഷനിൽ കണ്ടെത്തുന്നതിന് അനുവദിക്കുന്നു, കൂടാതെ സീക്വൻസിംഗ് സമീപനം, PE150, മധ്യഭാഗത്തേക്കാൾ ഇൻസെർട്ടുകളുടെ അറ്റത്ത് പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കുന്നു, ഇത് മെഥിലേഷൻ പ്രൊഫൈലിങ്ങിൻ്റെ കാര്യക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു. ചെലവ് കുറഞ്ഞ ഡിഎൻഎ മിഥിലേഷൻ ഗവേഷണം പ്രാപ്തമാക്കുകയും എപിജെനെറ്റിക് മെക്കാനിസങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള അറിവ് വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്ന വിലമതിക്കാനാവാത്ത ഉപകരണമാണ് ആർആർബിഎസ്.
-
പ്രോകാരിയോട്ടിക് ആർഎൻഎ സീക്വൻസിങ്
ആർഎൻഎ സീക്വൻസിങ് പ്രത്യേക വ്യവസ്ഥകൾക്കനുസരിച്ച് സെല്ലുകൾക്കുള്ളിലെ എല്ലാ ആർഎൻഎ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളുടെയും സമഗ്രമായ പ്രൊഫൈലിംഗ് ശക്തമാക്കുന്നു. ഈ അത്യാധുനിക സാങ്കേതികവിദ്യ, സങ്കീർണ്ണമായ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ പ്രൊഫൈലുകൾ, ജീൻ ഘടനകൾ, വൈവിധ്യമാർന്ന ജൈവ പ്രക്രിയകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട തന്മാത്രാ സംവിധാനങ്ങൾ എന്നിവ അനാവരണം ചെയ്യുന്ന ഒരു ശക്തമായ ഉപകരണമായി വർത്തിക്കുന്നു. അടിസ്ഥാന ഗവേഷണം, ക്ലിനിക്കൽ ഡയഗ്‌നോസ്റ്റിക്‌സ്, ഡ്രഗ് ഡെവലപ്‌മെൻ്റ് എന്നിവയിൽ വ്യാപകമായി സ്വീകരിച്ച ആർഎൻഎ സീക്വൻസിംഗ് സെല്ലുലാർ ഡൈനാമിക്‌സിൻ്റെയും ജനിതക നിയന്ത്രണത്തിൻ്റെയും സങ്കീർണതകളെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു. ഞങ്ങളുടെ പ്രോകാരിയോട്ടിക് ആർഎൻഎ സാമ്പിൾ പ്രോസസ്സിംഗ് പ്രോകാരിയോട്ടിക് ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോമുകൾക്ക് അനുയോജ്യമായതാണ്, അതിൽ ആർആർഎൻഎ ശോഷണവും ദിശാസൂചന ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കലും ഉൾപ്പെടുന്നു.
പ്ലാറ്റ്ഫോം: Illumina NovaSeq
-
മെറ്റാട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം സീക്വൻസിങ്
ഇല്ലുമിന സീക്വൻസിങ് സാങ്കേതികവിദ്യ പ്രയോജനപ്പെടുത്തി, BMKGENE-ൻ്റെ മെറ്റാട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം സീക്വൻസിംഗ് സേവനം, മണ്ണ്, വെള്ളം, കടൽ, മലം, കുടൽ തുടങ്ങിയ പ്രകൃതിദത്ത പരിതസ്ഥിതികൾക്കുള്ളിൽ, യൂക്കാരിയോട്ടുകളിൽ നിന്ന് പ്രോകാരിയോട്ടുകളിലേക്കും വൈറസുകളിലേക്കും വ്യാപിച്ചുകിടക്കുന്ന വൈവിധ്യമാർന്ന സൂക്ഷ്മാണുക്കളുടെ ചലനാത്മക ജീൻ ആവിഷ്‌കാരം അനാവരണം ചെയ്യുന്നു. സങ്കീർണ്ണമായ സൂക്ഷ്മജീവ സമൂഹങ്ങളുടെ സമ്പൂർണ്ണ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ പ്രൊഫൈലുകളിലേക്ക് ആഴ്ന്നിറങ്ങാൻ ഞങ്ങളുടെ സമഗ്രമായ സേവനം ഗവേഷകരെ പ്രാപ്തരാക്കുന്നു. ടാക്സോണമിക് വിശകലനത്തിനപ്പുറം, ഞങ്ങളുടെ മെറ്റാട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം സീക്വൻസിംഗ് സേവനം പ്രവർത്തനപരമായ സമ്പുഷ്ടീകരണത്തിലേക്കുള്ള പര്യവേക്ഷണം സുഗമമാക്കുന്നു, വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ജീനുകളിലേക്കും അവയുടെ റോളുകളിലേക്കും വെളിച്ചം വീശുന്നു. ഈ വൈവിധ്യമാർന്ന പാരിസ്ഥിതിക കേന്ദ്രങ്ങളിൽ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ, ടാക്സോണമിക് വൈവിധ്യം, പ്രവർത്തനപരമായ ചലനാത്മകത എന്നിവയുടെ സങ്കീർണ്ണമായ ലാൻഡ്സ്കേപ്പുകൾ നാവിഗേറ്റ് ചെയ്യുമ്പോൾ ജൈവിക ഉൾക്കാഴ്ചകളുടെ ഒരു സമ്പത്ത് കണ്ടെത്തുക.
-
ഡി നോവോ ഫംഗൽ ജീനോം അസംബ്ലി
BMKGENE ഫംഗസ് ജീനോമുകൾക്കുള്ള ബഹുമുഖ പരിഹാരങ്ങൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു, വൈവിധ്യമാർന്ന ഗവേഷണ ആവശ്യങ്ങളും ആവശ്യമുള്ള ജീനോം പൂർണ്ണതയും നൽകുന്നു. ഷോർട്ട്-റീഡ് ഇല്ലുമിന സീക്വൻസിങ് മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നത് ഒരു ഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോം സൃഷ്ടിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു. നാനോപോറോ പാക്ബിയോയോ ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഹ്രസ്വ-വായനകളും ദീർഘനേരം വായിക്കുന്ന സീക്വൻസിംഗും ദൈർഘ്യമേറിയ കോണ്ടിഗുകളുള്ള കൂടുതൽ ശുദ്ധീകരിച്ച ഫംഗൽ ജീനോമിനായി സംയോജിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. മാത്രമല്ല, ഹൈ-സി സീക്വൻസിംഗിനെ സംയോജിപ്പിക്കുന്നത് കഴിവുകൾ കൂടുതൽ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു, ഇത് ഒരു സമ്പൂർണ്ണ ക്രോമസോം-ലെവൽ ജീനോം നേടുന്നതിന് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
