ഹീറ്റ്മാപ്പ്
Heatmap ടൂൾ ഒരു മാട്രിക്സ് ഡാറ്റ ഫയൽ ഇൻപുട്ടായി സ്വീകരിക്കുകയും ഡാറ്റ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാനും നോർമലൈസ് ചെയ്യാനും ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്യാനും ഉപയോക്താക്കളെ അനുവദിക്കുന്നു. വ്യത്യസ്ത സാമ്പിളുകൾക്കിടയിലുള്ള ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ലെവലിൻ്റെ ക്ലസ്റ്റർ വിശകലനമാണ് ഹീറ്റ്മാപ്പുകളുടെ പ്രാഥമിക ഉപയോഗ കേസ്.
ജീൻ വ്യാഖ്യാനം
വിവിധ ഡാറ്റാബേസുകൾക്കെതിരായ ഇൻപുട്ട് ഫാസ്റ്റ ഫയലുകളുടെ ക്രമ വിന്യാസത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ജീൻ വ്യാഖ്യാന ഉപകരണം ജീൻ വ്യാഖ്യാനം നടത്തുന്നു.
അടിസ്ഥാന പ്രാദേശിക വിന്യാസ തിരയൽ ഉപകരണം (BLAST)
NCBI BLAST-ൻ്റെ BMKCloud സംയോജിത പതിപ്പാണ് BLAST ടൂൾ, BMKCloud അക്കൗണ്ടിലേക്ക് അപ്‌ലോഡ് ചെയ്‌ത ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് സമാന പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്താൻ ഇത് ഉപയോഗിക്കാം.
CDS_UTR പ്രവചനം
അറിയപ്പെടുന്ന പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാബേസുകൾക്കും ORF പ്രവചന ഫലങ്ങൾക്കും എതിരായ BLAST ഫലങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി നൽകിയിരിക്കുന്ന ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സീക്വൻസുകളിൽ കോഡിംഗ് മേഖലകളും (CDS) നോൺ-കോഡിംഗ് മേഖലകളും (UTR) പ്രവചിക്കുന്നതിനാണ് CDS_UTR പ്രവചന ഉപകരണം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത്.
മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട്
മാൻഹട്ടൻ പ്ലോട്ട് ടൂൾ ഉയർന്ന സാമ്പിൾ പരീക്ഷണങ്ങളുടെ പ്രദർശനം സാധ്യമാക്കുന്നു, ഇത് സാധാരണയായി ജീനോം വൈഡ് അസോസിയേഷൻ പഠനങ്ങളിൽ (GWAS) ഉപയോഗിക്കുന്നു.
സർക്കോസ് ഡയഗ്രം
CIRCOS ഡയഗ്രം ടൂൾ ജീനോമിലുടനീളം ജീനോമിക് ഫീച്ചർ എങ്ങനെ വിതരണം ചെയ്യപ്പെടുന്നു എന്നതിൻ്റെ കാര്യക്ഷമമായ ദൃശ്യവൽക്കരണം നൽകുന്നു. സാധാരണ സവിശേഷതകളിൽ ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ലോക്കി, എസ്എൻപികൾ, ഇൻഡെലുകൾ, ഘടനാപരമായ, കോപ്പി നമ്പർ വേരിയൻ്റുകൾ എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.
ജീൻ ഒൻ്റോളജി (GO) സമ്പുഷ്ടീകരണം
GO Enrichment ടൂൾ പ്രവർത്തനപരമായ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം നൽകുന്നു. ഈ ടൂളിലെ പ്രാഥമിക സോഫ്റ്റ്‌വെയർ TopGO-Bioconductor പാക്കേജാണ്, അതിൽ ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്സ്പ്രഷൻ വിശകലനം, GO സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം, ഫലങ്ങളുടെ ദൃശ്യവൽക്കരണം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.
വെയ്റ്റഡ് ജീൻ കോ-എക്സ്പ്രഷൻ നെറ്റ്‌വർക്ക് അനാലിസിസ് (WGCNA)
ജീൻ കോ-എക്സ്പ്രഷൻ മൊഡ്യൂളുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഡാറ്റാ മൈനിംഗ് രീതിയാണ് WGCNA. മൈക്രോഅറേ, NGS ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ ഡാറ്റ ഉൾപ്പെടെയുള്ള വിവിധ എക്സ്പ്രഷൻ ഡാറ്റാസെറ്റിന് ഇത് ബാധകമാണ്.
ഇൻ്റർപ്രോസ്‌കാൻ
InterProScan ടൂൾ ഇൻ്റർപ്രോ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് വിശകലനവും വർഗ്ഗീകരണവും നൽകുന്നു.
KEGG സമ്പുഷ്ടീകരണത്തിലേക്ക് പോകുക
GO KEGG എൻറിച്ച്‌മെൻ്റ് ടൂൾ ഒരു GO എൻറിച്ച്‌മെൻ്റ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, കെഇജിജി എൻറിച്ച്‌മെൻ്റ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, കെഇജിജി എൻറിച്ച്‌മെൻ്റ് പാത്ത്‌വേ എന്നിവ ലഭ്യമാക്കിയ ജീൻ സെറ്റിൻ്റെയും അനുബന്ധ വ്യാഖ്യാനത്തിൻ്റെയും അടിസ്ഥാനത്തിൽ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള രൂപകൽപ്പനയാണ്.