● ഒറ്റത്തവണ പരിഹാരത്തിൽ ഒന്നിലധികം സീക്വൻസിംഗിൻ്റെയും ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് സേവനങ്ങളുടെയും സംയോജനം:
ജീനോം വലുപ്പം കണക്കാക്കാനും തുടർന്നുള്ള ഘട്ടങ്ങൾ നയിക്കാനും ഇല്ലുമിനയുമായുള്ള ജീനോം സർവേ;
ദീർഘമായ വായന ക്രമംഡി നോവോകോണ്ടിഗുകളുടെ സമ്മേളനം;
ക്രോമസോം ആങ്കറിങ്ങിനുള്ള ഹൈ-സി സീക്വൻസിങ്;
ജീനുകളുടെ വ്യാഖ്യാനത്തിനായുള്ള mRNA സീക്വൻസിങ്;
അസംബ്ലിയുടെ സാധൂകരണം.
● നോവൽ ജീനോമുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനോ താൽപ്പര്യമുള്ള സ്പീഷീസുകൾക്കായി നിലവിലുള്ള റഫറൻസ് ജീനോമുകൾ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിനോ അനുയോജ്യമായ സേവനം.
സീക്വൻസിങ് പ്ലാറ്റ്ഫോമുകളുടെയും ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സിൻ്റെയും വികസനംഡി നോവോജീനോം അസംബ്ലി
(അമരസിംഗ് എസ്.എൽ. et al.,ജീനോം ബയോളജി, 2020)
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യവും പ്രസിദ്ധീകരണ റെക്കോർഡും: ഡിപ്ലോയിഡ് ജീനോമുകളും പോളിപ്ലോയിഡ്, അലോപോളിപ്ലോയിഡ് സ്പീഷീസുകളുടെ വളരെ സങ്കീർണ്ണമായ ജീനോമുകളും ഉൾപ്പെടെ വൈവിധ്യമാർന്ന ജീവിവർഗങ്ങളുടെ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള ജീനോം അസംബ്ലിയിൽ BMKGene വൻ അനുഭവം ശേഖരിച്ചു. 2018 മുതൽ, ഞങ്ങൾ കൂടുതൽ സംഭാവന നൽകി300 ഉയർന്ന സ്വാധീനമുള്ള പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങൾ, അവയിൽ 20+ പ്രകൃതി ജനിതകശാസ്ത്രത്തിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ചവയാണ്.
● ഒറ്റയടിക്ക് പരിഹാരം: ഞങ്ങളുടെ സംയോജിത സമീപനം ഒന്നിലധികം സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യകളും ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനങ്ങളും സംയോജിപ്പിച്ച് ഒരു യോജിച്ച വർക്ക്ഫ്ലോയിലേക്ക് ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള അസംബിൾഡ് ജീനോം നൽകുന്നു.
●നിങ്ങളുടെ ആവശ്യങ്ങൾക്ക് അനുസൃതമായി: ഞങ്ങളുടെ സേവന വർക്ക്ഫ്ലോ ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാവുന്നതാണ്, വൈവിധ്യമാർന്ന സവിശേഷതകളും നിർദ്ദിഷ്ട ഗവേഷണ ആവശ്യങ്ങളുമുള്ള ജീനോമുകൾക്കായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ അനുവദിക്കുന്നു. ഭീമൻ ജീനോമുകൾ, പോളിപ്ലോയിഡ് ജീനോമുകൾ, ഹൈലി ഹെറ്ററോസൈഗസ് ജീനോമുകൾ എന്നിവയും മറ്റും ഉൾക്കൊള്ളുന്നവ ഇതിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു.
●ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സും ലബോറട്ടറിയൽ ടീമും: സങ്കീർണ്ണമായ ജീനോം അസംബ്ലികളുടെയും പേറ്റൻ്റുകളുടെയും സോഫ്റ്റ്വെയർ പകർപ്പവകാശങ്ങളുടെയും ഒരു പരമ്പരയുടെ പരീക്ഷണാത്മകവും ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ഫ്രണ്ടിലെയും മികച്ച അനുഭവം.
●വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
ജീനോം സർവേ | ജീനോം അസംബ്ലി | ക്രോമസോം-നില | ജീനോം വ്യാഖ്യാനം |
50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi വായിക്കുന്നു | 100X ഹൈ-സി | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (ഓപ്ഷണൽ) മുഴുവൻ നീളം RNA-seq PacBio 40 Gb അല്ലെങ്കിൽ നാനോപോർ 12 ജിബി |
ജീനോം സർവേ, ജീനോം അസംബ്ലി, ഹൈ-സി അസംബ്ലി എന്നിവയ്ക്കായി:
ടിഷ്യു അല്ലെങ്കിൽ വേർതിരിച്ചെടുത്ത ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ | ജീനോം സർവേ | PacBio ഉള്ള ജീനോം അസംബ്ലി | ഹൈ-സി അസംബ്ലി |
ആനിമൽ വിസെറ | 0.5-1 ഗ്രാം
| ≥ 3.5 ഗ്രാം | ≥2 ഗ്രാം |
മൃഗങ്ങളുടെ പേശി | ≥ 5 ഗ്രാം | ||
സസ്തനി രക്തം | 1.5 മി.ലി
| ≥ 5 മില്ലി | ≥2 മില്ലി |
കോഴി/മത്സ്യ രക്തം | ≥ 0.5 മില്ലി | ||
ചെടി - പുതിയ ഇല | 1-2 ഗ്രാം | ≥ 5 ഗ്രാം | ≥ 4 ഗ്രാം |
സംസ്കരിച്ച കോശങ്ങൾ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
പ്രാണി | 0.5-1 ഗ്രാം | ≥ 3 ഗ്രാം | ≥ 2 ഗ്രാം |
വേർതിരിച്ചെടുത്ത ഡിഎൻഎ | ഏകാഗ്രത: ≥1 ng/ µL തുക ≥ 30 ng പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അപചയമോ മലിനീകരണമോ ഇല്ല | ഏകാഗ്രത: ≥ 50 ng/ µL തുക: 10 µg/ഫ്ലോ സെൽ/സാമ്പിൾ OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അപചയമോ മലിനീകരണമോ ഇല്ല |
-
|
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ് ഉപയോഗിച്ചുള്ള ജീനോം വ്യാഖ്യാനത്തിനായി:
ടിഷ്യു അല്ലെങ്കിൽ വേർതിരിച്ചെടുത്ത ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ | ഇല്ലുമിന ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം | PacBio ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം | നാനോപോർ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം |
ചെടി- വേര് / തണ്ട് / ഇതളുകൾ | 450 മില്ലിഗ്രാം | 600 മില്ലിഗ്രാം | |
ചെടി - ഇല/വിത്ത് | 300 മില്ലിഗ്രാം | 300 മില്ലിഗ്രാം | |
ചെടി - ഫലം | 1.2 ഗ്രാം | 1.2 ഗ്രാം | |
മൃഗങ്ങളുടെ ഹൃദയം/കുടൽ | 300 മില്ലിഗ്രാം | 300 മില്ലിഗ്രാം | |
ആനിമൽ വിസെറ/മസ്തിഷ്കം | 240 മില്ലിഗ്രാം | 240 മില്ലിഗ്രാം | |
മൃഗങ്ങളുടെ പേശി | 450 മില്ലിഗ്രാം | 450 മില്ലിഗ്രാം | |
മൃഗങ്ങളുടെ അസ്ഥികൾ / മുടി / ചർമ്മം | 1 ഗ്രാം | 1 ഗ്രാം | |
ആർത്രോപോഡ് - പ്രാണി | 6 | 6 | |
ആർത്രോപോഡ് - ക്രസ്റ്റേഷ്യ | 300 മില്ലിഗ്രാം | 300 മില്ലിഗ്രാം | |
മുഴുവൻ രക്തം | 1 ട്യൂബ് | 1 ട്യൂബ് | |
വേർതിരിച്ചെടുത്ത RNA | ഏകാഗ്രത: ≥ 20 ng/ µL തുക ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ഏകാഗ്രത: ≥ 100 ng/ µL തുക ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ഏകാഗ്രത: ≥ 100 ng/ µL തുക ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
കണ്ടെയ്നർ: 2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (ടിൻ ഫോയിൽ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല)
(മിക്ക സാമ്പിളുകളിലും, എത്തനോളിൽ സൂക്ഷിക്കരുതെന്ന് ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.)
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: സാമ്പിളുകൾ വ്യക്തമായി ലേബൽ ചെയ്യുകയും സമർപ്പിച്ച സാമ്പിൾ വിവര ഫോമിന് സമാനമായിരിക്കുകയും വേണം.
കയറ്റുമതി: ഡ്രൈ-ഐസ്: സാമ്പിളുകൾ ആദ്യം ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്യുകയും ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടുകയും വേണം.
പൂർണ്ണമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനം, 4 ഘട്ടങ്ങളായി വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു:
1) NGS ഉപയോഗിച്ചുള്ള k-mer വിശകലനത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ജീനോം സർവേ ഇങ്ങനെ വായിക്കുന്നു:
ജീനോം വലിപ്പം കണക്കാക്കൽ
ഹെറ്ററോസൈഗോസിറ്റിയുടെ വിലയിരുത്തൽ
ആവർത്തിച്ചുള്ള പ്രദേശങ്ങളുടെ ഏകദേശ കണക്ക്
2) PacBio HiFi ഉള്ള ജീനോം അസംബ്ലി:
ഡി നോവോഅസംബ്ലി
അസംബ്ലി വിലയിരുത്തൽ: ജീനോം പൂർണ്ണതയ്ക്കായുള്ള BUSCO വിശകലനം ഉൾപ്പെടെ, NGS, PacBio HiFi റീഡുകൾ എന്നിവയുടെ മാപ്പിംഗ് ബാക്ക്
3) ഹൈ-സി അസംബ്ലി:
ഹൈ-സി ലൈബ്രറി ക്യുസി: സാധുവായ ഹൈ-സി ഇടപെടലുകളുടെ അനുമാനം
ഹൈ-സി അസംബ്ലി: ഗ്രൂപ്പുകളിലെ കോണ്ടിഗുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, തുടർന്ന് ഓരോ ഗ്രൂപ്പിനുള്ളിലും കോൺടിഗ് ഓർഡറിംഗും കോൺടിഗ് ഓറിയൻ്റേഷൻ നൽകലും
ഹൈ-സി മൂല്യനിർണ്ണയം
4) ജീനോം വ്യാഖ്യാനം:
നോൺ-കോഡിംഗ് ആർഎൻഎ പ്രവചനം
ആവർത്തന ക്രമങ്ങൾ തിരിച്ചറിയൽ (ട്രാൻസ്പോണുകളും ടാൻഡം ആവർത്തനങ്ങളും)
ജീൻ പ്രവചനം
§ഡി നോവോ: എബി ഇനീഷ്യോ അൽഗോരിതങ്ങൾ
§ ഹോമോളജിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി
§ ദൈർഘ്യമേറിയതും ഹ്രസ്വവുമായ വായനകളുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി: വായനകൾഡി നോവോഡ്രാഫ്റ്റ് ജീനോമിലേക്ക് കൂട്ടിച്ചേർക്കുകയോ മാപ്പ് ചെയ്യുകയോ ചെയ്തു
§ ഒന്നിലധികം ഡാറ്റാബേസുകളുള്ള പ്രവചിക്കപ്പെട്ട ജീനുകളുടെ വ്യാഖ്യാനം
1) ജീനോം സർവേ- k-mer വിശകലനം
2) ജീനോം അസംബ്ലി
2) ജീനോം അസംബ്ലി - ഡ്രാഫ്റ്റ് അസംബ്ലിയിലേക്ക് പാക്ബയോ ഹൈഫൈ മാപ്പിംഗ് റീഡ് ചെയ്യുന്നു
2) ഹൈ-സി അസംബ്ലി - ഹൈ-സി സാധുവായ ഇൻ്ററാക്ഷൻ ജോഡികളുടെ അനുമാനം
3) ഹൈ-സി പോസ്റ്റ് അസംബ്ലി മൂല്യനിർണ്ണയം
4) ജീനോം വ്യാഖ്യാനം - പ്രവചിക്കപ്പെട്ട ജീനുകളുടെ സംയോജനം
4) ജീനോം വ്യാഖ്യാനം - പ്രവചിക്കപ്പെട്ട ജീൻ വ്യാഖ്യാനം
പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene-ൻ്റെ ഡി നോവോ ജീനോം അസംബ്ലി സേവനങ്ങൾ സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക:
ലി, സി. തുടങ്ങിയവർ. (2021) 'ജീനോം സീക്വൻസുകൾ ഗ്ലോബൽ ഡിസ്പേഴ്സൽ റൂട്ടുകൾ വെളിപ്പെടുത്തുകയും കടൽക്കുതിര പരിണാമത്തിൽ കൺവേർജൻ്റ് ജനിതക അഡാപ്റ്റേഷനുകൾ നിർദ്ദേശിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു', നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ്, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ലി, Y. et al. (2023) 'വലിയ തോതിലുള്ള ക്രോമസോം മാറ്റങ്ങൾ ജീനോം-ലെവൽ എക്സ്പ്രഷൻ മാറ്റങ്ങൾ, പരിസ്ഥിതി അഡാപ്റ്റേഷൻ, ഗയാൽ (ബോസ് ഫ്രൻ്റാലിസ്) എന്നിവയിലേക്ക് നയിക്കുന്നു', മോളിക്യുലർ ബയോളജി ആൻഡ് എവല്യൂഷൻ, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ടിയാൻ, ടി. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'ജീനോം അസംബ്ലിയും ഒരു പ്രമുഖ വരൾച്ച-പ്രതിരോധശേഷിയുള്ള ചോളം ജേംപ്ലാസ്മിൻ്റെ ജനിതക വിഘടനവും', നേച്ചർ ജെനറ്റിക്സ് 2023 55:3, 55(3), പേജ്. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ഷാങ്, എഫ്. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'സോളനേസി കുടുംബത്തിലെ രണ്ട് ജീനോമുകൾ വിശകലനം ചെയ്തുകൊണ്ട് ട്രോപേൻ ആൽക്കലോയ്ഡ് ബയോസിന്തസിസിൻ്റെ പരിണാമം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു', നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ് 2023 14:1, 14(1), പേജ്. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
വെല്ലുവിളി നിറഞ്ഞ കേസ് പഠനങ്ങൾ:
ടെലോമിയർ-ടു-ടെലോമിയർ അസംബ്ലി:ഫു, എ. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'Telomere-to-telomere genome അസംബ്ലി ഓഫ് ബിറ്റർ മെലൺ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) പഴങ്ങളുടെ വികസനം, ഘടന, പാകമാകുന്ന ജനിതക സവിശേഷതകൾ എന്നിവ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു', ഹോർട്ടികൾച്ചർ റിസർച്ച്, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ഹാപ്ലോടൈപ്പ് അസംബ്ലി:ഹു, ഡബ്ല്യു. തുടങ്ങിയവർ. (2021) 'അലീൽ-നിർവചിക്കപ്പെട്ട ജീനോം കാസവ പരിണാമസമയത്ത് ബയലെലിക് വ്യത്യാസം വെളിപ്പെടുത്തുന്നു', മോളിക്യുലർ പ്ലാൻ്റ്, 14(6), പേജ്. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
ഭീമൻ ജീനോം അസംബ്ലി:യുവാൻ, ജെ. തുടങ്ങിയവർ. (2022) 'ഗിഗാ-ക്രോമസോമുകളുടെയും ഗിഗാ-ജീനോം ഓഫ് ട്രീ പിയോണി പെയോണിയ ഓസ്റ്റി'യുടെയും ജീനോമിക് അടിസ്ഥാനം', നേച്ചർ കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ് 2022 13:1, 13(1), പേജ്. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
പോളിപ്ലോയിഡ് ജീനോം അസംബ്ലി:Zhang, Q. et al. (2022) 'ഓട്ടോപോളിപ്ലോയിഡ് കരിമ്പിൻ്റെ സാച്ചരം സ്പോണ്ടേനിയത്തിൻ്റെ സമീപകാല ക്രോമസോം റിഡക്ഷനിലേക്കുള്ള ജനിതക സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ', നേച്ചർ ജനറ്റിക്സ് 2022 54:6, 54(6), പേജ്. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.