PacBio 2+3 മുഴുനീള mRNA സൊല്യൂഷൻ
ഫീച്ചറുകൾ
● പഠന രൂപകൽപ്പന:
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് ഐസോഫോമുകൾ തിരിച്ചറിയാൻ PacBio ഉപയോഗിച്ച് ക്രമീകരിച്ച സാമ്പിൾ പൂൾ ചെയ്തു
പ്രത്യേക സാമ്പിളുകൾ (പരീക്ഷിക്കേണ്ട പകർപ്പുകളും വ്യവസ്ഥകളും) ക്രമീകരിച്ചുട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് എക്സ്പ്രഷൻ അളക്കാൻ NGS
● CCS മോഡിൽ PacBio സീക്വൻസിങ്, HiFi റീഡുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു
● പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളുടെ ക്രമം
● വിശകലനത്തിന് ഒരു റഫറൻസ് ജീനോം ആവശ്യമില്ല; എന്നിരുന്നാലും, അത് ഉപയോഗിച്ചേക്കാം
● ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലനത്തിൽ ജീൻ, ഐസോഫോം തലത്തിലുള്ള ആവിഷ്‌കാരം മാത്രമല്ല, lncRNA, ജീൻ ഫ്യൂഷനുകൾ, പോളി-അഡെനൈലേഷൻ, ജീൻ ഘടന എന്നിവയുടെ വിശകലനവും ഉൾപ്പെടുന്നു.
പ്രയോജനങ്ങൾ
● ഉയർന്ന കൃത്യത: HiFi കൃത്യതയോടെ വായിക്കുന്നു >99.9% (Q30), NGS-ന് താരതമ്യപ്പെടുത്താവുന്നതാണ്
● ഇതര സ്പ്ലിസിംഗ് വിശകലനം: എല്ലാ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളും ക്രമപ്പെടുത്തുന്നത് ഐസോഫോം ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷനും സ്വഭാവരൂപീകരണവും പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
● PacBio, NGS ശക്തികളുടെ സംയോജനം: ഐസോഫോം തലത്തിൽ ആവിഷ്കാരത്തിൻ്റെ അളവ് സാധ്യമാക്കുന്നു, മുഴുവൻ ജീൻ എക്സ്പ്രഷനും വിശകലനം ചെയ്യുമ്പോൾ മറച്ചുവെക്കപ്പെട്ടേക്കാവുന്ന മാറ്റം അനാവരണം ചെയ്യുന്നു
● വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യം: 1100-ലധികം PacBio മുഴുനീള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം പ്രോജക്‌റ്റുകൾ പൂർത്തിയാക്കിയതിൻ്റെയും 2300-ലധികം സാമ്പിളുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നതിൻ്റെയും ട്രാക്ക് റെക്കോർഡ് ഉള്ളതിനാൽ, ഞങ്ങളുടെ ടീം ഓരോ പ്രോജക്‌റ്റിനും ധാരാളം അനുഭവസമ്പത്ത് നൽകുന്നു.
● വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ: ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറമാണ്. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും
| ലൈബ്രറി | ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം | ഡാറ്റ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു | ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം |
| PolyA സമ്പുഷ്ടമാക്കിയ mRNA CCS ലൈബ്രറി | PacBio സീക്വൽ II PacBio റിവിയോ | 20/40 ജിബി 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| പോളി എ സമ്പുഷ്ടമാക്കി | ഇല്ലുമിന PE150 | 6-10 ജിബി | Q30≥85% |
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ
|
| Conc.(ng/μl) | തുക (μg) | ശുദ്ധി | സമഗ്രത |
| ഇല്ലുമിന ലൈബ്രറി | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ജെല്ലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന പ്രോട്ടീനോ DNA മലിനീകരണമോ പരിമിതമോ ഇല്ലയോ. | ചെടികൾക്ക്: RIN≥4.0; മൃഗങ്ങൾക്ക്: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അടിസ്ഥാനപരമായ ഉയരം ഇല്ല |
| PacBio ലൈബ്രറി | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ജെല്ലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന പ്രോട്ടീനോ DNA മലിനീകരണമോ പരിമിതമോ ഇല്ലയോ. | സസ്യങ്ങൾ: RIN≥7.5 മൃഗങ്ങൾ: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; പരിമിതമായ അല്ലെങ്കിൽ അടിസ്ഥാനപരമായ ഉയരം ഇല്ല |
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
കണ്ടെയ്നർ: 2 മില്ലി സെൻട്രിഫ്യൂജ് ട്യൂബ് (ടിൻ ഫോയിൽ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല)
സാമ്പിൾ ലേബലിംഗ്: ഗ്രൂപ്പ്+റെപ്ലിക്കേറ്റ് ഉദാ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
കയറ്റുമതി:
1. ഡ്രൈ-ഐസ്:സാമ്പിളുകൾ ബാഗുകളിൽ പായ്ക്ക് ചെയ്യുകയും ഡ്രൈ-ഐസിൽ കുഴിച്ചിടുകയും വേണം.
2. RNA-സ്റ്റബിൾ ട്യൂബുകൾ: RNA സാമ്പിളുകൾ RNA സ്റ്റെബിലൈസേഷൻ ട്യൂബിൽ ഉണക്കി (ഉദാ: RNAstable®) ഊഷ്മാവിൽ അയയ്ക്കാം.
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
അസംസ്കൃത ഡാറ്റ ഗുണനിലവാര നിയന്ത്രണം
ആൾട്ടർനേറ്റീവ് പോളിഡെനൈലേഷൻ അനാലിസിസ് (APA)
ഫ്യൂഷൻ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് വിശകലനം
ഇതര സ്പ്ലിസിംഗ് വിശകലനം
ബെഞ്ച്മാർക്കിംഗ് യൂണിവേഴ്സൽ സിംഗിൾ കോപ്പി ഓർത്തോലോഗ്സ് (BUSCO) വിശകലനം
നോവൽ ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് വിശകലനം: കോഡിംഗ് സീക്വൻസുകളുടെ പ്രവചനവും (സിഡിഎസ്) പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും
lncRNA വിശകലനം: lncRNAയുടെയും ലക്ഷ്യങ്ങളുടെയും പ്രവചനം
മൈക്രോ സാറ്റലൈറ്റ് ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ (എസ്എസ്ആർ)
ഡിഫറൻഷ്യലി എക്സ്പ്രസ്ഡ് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ (ഡിഇടി) വിശകലനം
ഡിഫറൻഷ്യലി എക്സ്പ്രസ്ഡ് ജീനുകൾ (DEGs) വിശകലനം
DEG-കളുടെയും DET-കളുടെയും പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനം
BUSCO വിശകലനം
ഇതര സ്പ്ലിസിംഗ് വിശകലനം
ആൾട്ടർനേറ്റീവ് പോളിഡെനൈലേഷൻ അനാലിസിസ് (APA)
വ്യത്യസ്തമായി പ്രകടിപ്പിക്കപ്പെട്ട ജീനുകളും (DEGs) ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളും (DETs9 വിശകലനം
ഡിഇടികളുടെയും ഡിഇജികളുടെയും പ്രോട്ടീൻ-പ്രോട്ടീൻ ഇൻ്ററാക്ഷൻ നെറ്റ്‌വർക്കുകൾ
ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത പ്രസിദ്ധീകരണ ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene-ൻ്റെ PacBio 2+3 മുഴുനീള mRNA സീക്വൻസിംഗ് വഴി സുഗമമാക്കിയ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
ചാവോ, ക്യു. തുടങ്ങിയവർ. (2019) 'ദി ഡെവലപ്‌മെൻ്റ് ഡൈനാമിക്‌സ് ഓഫ് ദി പോപ്പുലസ് സ്റ്റെം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം', പ്ലാൻ്റ് ബയോടെക്‌നോളജി ജേർണൽ, 17(1), പേജ്. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ഡെങ്, എച്ച്. തുടങ്ങിയവർ. (2022) 'ആക്ടിനിഡിയ ലാറ്റിഫോളിയ (അസ്കോർബേറ്റ്-സമ്പന്നമായ പഴവിള), അസോസിയേറ്റഡ് മോളിക്യുലാർ മെക്കാനിസങ്ങൾ എന്നിവയുടെ പഴങ്ങൾ വികസിപ്പിക്കുകയും പാകമാകുകയും ചെയ്യുന്ന സമയത്ത് അസ്കോർബിക് ആസിഡിലെ ചലനാത്മക മാറ്റങ്ങൾ', ഇൻ്റർനാഷണൽ ജേണൽ ഓഫ് മോളിക്യുലാർ സയൻസസ്, 23(10), പേ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'പാരീസ് പോളിഫില്ലയിലെ ബയോആക്ടീവ് പോളിഫില്ലുകളിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ബയോസിന്തറ്റിക് പാത്ത്‌വേ ജീനുകളുടെ ഫലപ്രദമായ പ്രവചനം', കമ്മ്യൂണിക്കേഷൻസ് ബയോളജി 2022 5:1, 5(1), പേജ്. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ലിയു, എം. തുടങ്ങിയവർ. (2023) 'കംബൈൻഡ് പാക്ബയോ ഐസോ-സെക് ആൻഡ് ഇല്ലുമിന ആർഎൻഎ-സെക് അനാലിസിസ് ഓഫ് ദ ട്യൂട്ട അബ്സൊലൂട്ട (മെറിക്ക്) ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോം, സൈറ്റോക്രോം പി450 ജീനുകൾ', പ്രാണികൾ, 14(4), പേ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
വാങ്, ലിജുൻ തുടങ്ങിയവർ. (2019) 'റിസിനസ് കമ്മ്യൂണിസിലെ റിസിനോലെയിക് ആസിഡ് ബയോസിന്തസിസിനെ കുറിച്ച് നന്നായി മനസ്സിലാക്കുന്നതിനായി PacBio സിംഗിൾ-മോളിക്യൂൾ റിയൽ-ടൈം അനാലിസിസ് ഉപയോഗിച്ച് Illumina RNA സീക്വൻസിങ്ങ് ഉപയോഗിച്ചുള്ള ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റം സങ്കീർണ്ണതയുടെ ഒരു സർവേ', BMC ജീനോമിക്സ്, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
