mRNA-seq (NGS) റഫറൻസ് ജീനോം
ജിനോമുകളും പ്രോട്ടിയോമുകളും തമ്മിലുള്ള വിടവ് നികത്തുന്ന, ജീവിതത്തിലും വിള ശാസ്ത്രത്തിലും ഉടനീളമുള്ള ഒരു സാധാരണ ഉപകരണമാണ് RNA-seq. പുതിയ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിലും അവയുടെ ഭാവം ഒരു പരിശോധനയിൽ അളക്കുന്നതിലുമാണ് അതിൻ്റെ ശക്തി. താരതമ്യ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്‌റ്റോമിക് പഠനങ്ങൾക്കായി ഇത് വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു, മ്യൂട്ടൻ്റുകളെ വൈൽഡ്-ടൈപ്പുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുന്നത് അല്ലെങ്കിൽ പ്രത്യേക സാഹചര്യങ്ങളിൽ ജീൻ എക്സ്പ്രഷൻ വെളിപ്പെടുത്തുന്നത് പോലെയുള്ള വിവിധ സ്വഭാവങ്ങളുമായോ ഫിനോടൈപ്പുകളുമായോ ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകളിലേക്ക് വെളിച്ചം വീശുന്നു. BMKCloud mRNA(റഫറൻസ്) APP, mRNA-seq(NGS) ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് പൈപ്പ്‌ലൈനിലേക്ക് എക്സ്പ്രഷൻ ക്വാണ്ടിഫിക്കേഷൻ, ഡിഫറൻഷ്യൽ എക്‌സ്‌പ്രെഷൻ അനാലിസിസ് (DEG), സീക്വൻസ് സ്ട്രക്ചർ വിശകലനം എന്നിവ സമന്വയിപ്പിക്കുകയും സമാന സോഫ്‌റ്റ്‌വെയറിൻ്റെ ശക്തികൾ സംയോജിപ്പിക്കുകയും സൗകര്യവും ഉപയോക്തൃ സൗഹൃദവും ഉറപ്പാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. ഉപയോക്താക്കൾക്ക് അവരുടെ RNA-seq ഡാറ്റ ക്ലൗഡിലേക്ക് അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യാൻ കഴിയും, അവിടെ ആപ്പ് സമഗ്രവും ഒറ്റത്തവണ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക് വിശകലന പരിഹാരം വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു. കൂടാതെ, ഇത് ഉപഭോക്തൃ അനുഭവത്തിന് മുൻഗണന നൽകുന്നു, ഉപയോക്താക്കളുടെ പ്രത്യേക ആവശ്യങ്ങൾക്ക് അനുയോജ്യമായ വ്യക്തിഗത പ്രവർത്തനങ്ങൾ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു. ഉപയോക്താക്കൾക്ക് പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിക്കാനും പൈപ്പ്ലൈൻ ദൗത്യം സ്വയം സമർപ്പിക്കാനും ഇൻ്ററാക്ടീവ് റിപ്പോർട്ട് പരിശോധിക്കാനും ഡാറ്റ/ഡയഗ്രമുകൾ കാണാനും പൂർണ്ണമായ ഡാറ്റ മൈനിംഗ് നടത്താനും കഴിയും: ടാർഗെറ്റ് ജീൻ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ, ഫങ്ഷണൽ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, ഡയഗ്രമിംഗ് മുതലായവ.
പ്ലാറ്റ്ഫോം:ഇല്ലുമിന, എംജിഐ
തന്ത്രം:RNA-Seq
ലേഔട്ട്: പരിഹരിച്ച, ക്ലീൻ-ഡാറ്റ.
ലൈബ്രറി തരം:fr-unstranded, fr-firststrand അല്ലെങ്കിൽ fr-secondstrand
വായന ദൈർഘ്യം:150 ബിപി
ഫയൽ തരം:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz അല്ലെങ്കിൽ *.fq.gz. സംവിധാനം ചെയ്യും.fastq ഫയലുകൾ അവയുടെ ഫയൽ പേരുകൾക്കനുസരിച്ച് യാന്ത്രികമായി ജോടിയാക്കുക,ഉദാ *_1.fastq ജോടിയാക്കിയത് *._2.fastq.
സാമ്പിളുകളുടെ എണ്ണം:എണ്ണത്തിൽ നിയന്ത്രണങ്ങളൊന്നുമില്ലസാമ്പിളുകൾ, എന്നാൽ വിശകലന സമയം എണ്ണം വർദ്ധിപ്പിക്കുംസാമ്പിളുകൾ വളരുന്നു.
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ തുക:ഓരോ സാമ്പിളും 6G