ഹൈ-സി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ക്രോമാറ്റിൻ ഇടപെടൽ
സേവന സവിശേഷതകൾ
● PE150 ഉപയോഗിച്ച് Illumina NovaSeq-ൽ സീക്വൻസിങ്.
● ഫോർമാൽഡിഹൈഡുമായി ക്രോസ്-ലിങ്ക് ചെയ്യാനും ഡിഎൻഎ-പ്രോട്ടീൻ ഇടപെടലുകൾ സംരക്ഷിക്കാനും വേർതിരിച്ചെടുത്ത ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾക്ക് പകരം ടിഷ്യു സാമ്പിളുകൾ സേവനത്തിന് ആവശ്യമാണ്.
● ഹൈ-സി പരീക്ഷണത്തിൽ ബയോട്ടിൻ ഉപയോഗിച്ച് ഒട്ടിപ്പിടിക്കുന്ന അറ്റങ്ങളുടെ നിയന്ത്രണവും അവസാന അറ്റകുറ്റപ്പണിയും ഉൾപ്പെടുന്നു, തുടർന്ന് പാരസ്പര്യങ്ങൾ സംരക്ഷിക്കുമ്പോൾ തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന മൂർച്ചയുള്ള അറ്റങ്ങൾ വൃത്താകൃതിയിലാക്കുന്നു. തുടർന്ന് സ്ട്രെപ്റ്റാവിഡിൻ മുത്തുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡിഎൻഎ വലിച്ചെടുക്കുകയും തുടർന്നുള്ള ലൈബ്രറി തയ്യാറാക്കലിനായി ശുദ്ധീകരിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●ഒപ്റ്റിമൽ നിയന്ത്രണ എൻസൈം ഡിസൈൻ: 93% വരെ സാധുതയുള്ള ഇൻ്ററാക്ഷൻ ജോഡികളുള്ള വിവിധ സ്പീഷീസുകളിൽ ഉയർന്ന ഹൈ-സി കാര്യക്ഷമത ഉറപ്പാക്കാൻ.
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യവും പ്രസിദ്ധീകരണ രേഖകളും:BMKGene-ന് 800 വ്യത്യസ്ത ഇനങ്ങളിൽ നിന്നും വിവിധ പേറ്റൻ്റുകളിൽ നിന്നുമുള്ള > 2000 ഹൈ-സി സീക്വൻസിങ് പ്രോജക്റ്റുകളിൽ വിപുലമായ അനുഭവമുണ്ട്. 900-ലധികം ശേഖരണ ഇംപാക്ട് ഫാക്ടർ ഉള്ള 100-ലധികം പ്രസിദ്ധീകരിച്ച കേസുകൾ.
●ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ടീം:ഹൈ-സി പരീക്ഷണങ്ങൾക്കും ഡാറ്റാ വിശകലനത്തിനുമുള്ള ഇൻ-ഹൗസ് പേറ്റൻ്റുകളും സോഫ്റ്റ്‌വെയർ പകർപ്പവകാശവും സ്വയം വികസിപ്പിച്ച വിഷ്വലൈസേഷൻ ഡാറ്റ സോഫ്റ്റ്‌വെയറും.
●വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
●സമഗ്രമായ വ്യാഖ്യാനം: തിരിച്ചറിഞ്ഞ വ്യതിയാനങ്ങളുള്ള ജീനുകളെ പ്രവർത്തനപരമായി വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നതിനും അനുബന്ധ സമ്പുഷ്ടീകരണ വിശകലനം നടത്തുന്നതിനും ഞങ്ങൾ ഒന്നിലധികം ഡാറ്റാബേസുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഒന്നിലധികം ഗവേഷണ പ്രോജക്റ്റുകളെക്കുറിച്ചുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ നൽകുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| ലൈബ്രറി | സീക്വൻസിങ് സ്ട്രാറ്റജി | ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഡാറ്റ ഔട്ട്പുട്ട് | ഹൈ-സി സിഗ്നൽ റെസല്യൂഷൻ |
| ഹൈ-സി ലൈബ്രറി | ഇല്ലുമിന PE150 | ക്രോമാറ്റിൻ ലൂപ്പ്: 150x TAD: 50x | ക്രോമാറ്റിൻ ലൂപ്പ്: 10Kb TAD: 40Kb |
സേവന ആവശ്യകതകൾ
| സാമ്പിൾ തരം | ആവശ്യമായ തുക |
| മൃഗങ്ങളുടെ ടിഷ്യു | ≥2 ഗ്രാം |
| മുഴുവൻ രക്തം | ≥2mL |
| ഫംഗസ് | ≥1 ഗ്രാം |
| ചെടി - ഇളം ടിഷ്യു | 1g/aliquot, 2-4 aliquotes ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു |
| സംസ്കരിച്ച കോശങ്ങൾ | ≥1x107 |
ഇനിപ്പറയുന്ന വിശകലനം ഉൾപ്പെടുന്നു:
● റോ ഡാറ്റ QC;
● മാപ്പിംഗും ഹൈ-സി ലൈബ്രറിയും ക്യുസി: സാധുവായ ഇൻ്ററാക്ഷൻ ജോഡികളും ഇൻ്ററാക്ഷൻ ഡീകേ എക്‌സ്‌പോണൻ്റുകളും (IDEകൾ);
● ജീനോം-വൈഡ് ഇൻ്ററാക്ഷൻ പ്രൊഫൈലിംഗ്: സിസ്/ട്രാൻസ് വിശകലനവും ഹൈ-സി ഇൻ്ററാക്ഷൻ മാപ്പും;
● A/B കമ്പാർട്ട്മെൻ്റ് വിതരണത്തിൻ്റെ വിശകലനം;
● TADകളുടെയും ക്രോമാറ്റിൻ ലൂപ്പുകളുടെയും ഐഡൻ്റിഫിക്കേഷൻ;
● സാമ്പിളുകൾക്കിടയിലുള്ള 3D ക്രോമാറ്റിൻ ഘടന മൂലകങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ഡിഫറൻഷ്യൽ വിശകലനവും അനുബന്ധ ജീനുകളുടെ പ്രവർത്തനപരമായ വ്യാഖ്യാനവും.
സിസ്, ട്രാൻസ് അനുപാത വിതരണം
സാമ്പിളുകൾ തമ്മിലുള്ള ക്രോമസോം ഇടപെടലുകളുടെ ഹീറ്റ്മാപ്പ്
A/B കമ്പാർട്ടുമെൻ്റുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ
ക്രോമാറ്റിൻ ലൂപ്പുകളുടെ ജീനോം-വൈഡ് വിതരണം
TAD-കളുടെ ദൃശ്യവൽക്കരണം
പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളുടെ ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത ശേഖരത്തിലൂടെ BMKGene-ൻ്റെ Hi-C സീക്വൻസിങ് സേവനങ്ങൾ സുഗമമാക്കിയ ഗവേഷണ പുരോഗതികൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യുക.
മെങ്, ടി. തുടങ്ങിയവർ. (2021) 'ഒരു താരതമ്യ സംയോജിത മൾട്ടി-ഓമിക്സ് വിശകലനം CA2 നെ കോർഡോമയുടെ ഒരു പുതിയ ലക്ഷ്യമായി തിരിച്ചറിയുന്നു',ന്യൂറോ-ഓങ്കോളജി, 23(10), പേജ്. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'ജീനോമിൻ്റെ 3D അസംഘടിതവും പുനഃക്രമീകരിക്കലും സംയോജിത ഹൈ-സി, നാനോപോർ, ആർഎൻഎ സീക്വൻസിങ് വഴി NAFLD യുടെ രോഗകാരികളെക്കുറിച്ചുള്ള ഉൾക്കാഴ്ചകൾ നൽകുന്നു',ആക്റ്റ ഫാർമസ്യൂട്ടിക്ക സിനിക്ക ബി, 11(10), പേജ്. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
