താരതമ്യ ജീനോമിക്സ്
സേവന നേട്ടങ്ങൾ
●വിപുലമായ വൈദഗ്ധ്യവും പ്രസിദ്ധീകരണ രേഖകളും: കുമിഞ്ഞുകൂടി, BMKGene 90-ലധികം താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് പ്രോജക്ടുകൾ പൂർത്തിയാക്കി, ഒരു ക്യുമുലേറ്റീവ് ഇംപാക്ട് ഫാക്ടർ 900-ൽ എത്തി.
●സമഗ്രമായ ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനം: വിശകലന പാക്കേജിൽ ഏറ്റവും സാധാരണയായി ആവശ്യമുള്ള എട്ട് വിശകലനങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, നന്നായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത, പ്രസിദ്ധീകരിക്കാൻ തയ്യാറായ കണക്കുകൾ നൽകുകയും ഫലങ്ങളുടെ എളുപ്പത്തിലുള്ള വ്യാഖ്യാനം അനുവദിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
●ഉയർന്ന വൈദഗ്ധ്യമുള്ള ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ടീമും ഹ്രസ്വ വിശകലന സൈക്കിളും: താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് വിശകലനത്തിൽ മികച്ച അനുഭവപരിചയമുള്ള BMKGene ൻ്റെ ടീം ചുരുങ്ങിയ സമയത്തിനുള്ളിൽ വൈവിധ്യമാർന്ന വ്യക്തിഗത വിശകലന ആവശ്യങ്ങൾ നിറവേറ്റുന്നു.
●വിൽപ്പനാനന്തര പിന്തുണ:ഞങ്ങളുടെ പ്രതിബദ്ധത 3 മാസത്തെ വിൽപ്പനാനന്തര സേവന കാലയളവിനൊപ്പം പ്രോജക്റ്റ് പൂർത്തീകരണത്തിനപ്പുറം വ്യാപിക്കുന്നു. ഈ സമയത്ത്, ഞങ്ങൾ പ്രോജക്റ്റ് ഫോളോ-അപ്പ്, ട്രബിൾഷൂട്ടിംഗ് സഹായം, ഫലങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഏത് ചോദ്യങ്ങളും പരിഹരിക്കുന്നതിന് ചോദ്യോത്തര സെഷനുകൾ എന്നിവ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു.
സേവന സവിശേഷതകൾ
| കണക്കാക്കിയ തിരിയുന്ന സമയം | സ്പീഷിസുകളുടെ എണ്ണം | വിശകലനം ചെയ്യുന്നു |
| 30 പ്രവൃത്തി ദിനങ്ങൾ | 6 - 12 | ജീൻ ഫാമിലി ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ജീൻ കുടുംബത്തിൻ്റെ വികാസവും സങ്കോചവും ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ നിർമ്മാണം വ്യതിചലന സമയം കണക്കാക്കൽ (ഫോസിൽ കാലിബ്രേഷൻ ആവശ്യമാണ്) LTR ചേർക്കൽ സമയം (സസ്യങ്ങൾക്ക്) മുഴുവൻ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ (സസ്യങ്ങൾക്ക്) സെലക്ടീവ് മർദ്ദം സിൻ്റനി വിശകലനം |
ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് വിശകലനങ്ങൾ
● ജീൻ കുടുംബം
● ഫൈലോജെനെറ്റിക്സ്
● വ്യതിചലന സമയം
● തിരഞ്ഞെടുത്ത സമ്മർദ്ദം
● സിൻ്റനി വിശകലനം
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകളും ഡെലിവറിയും
സാമ്പിൾ ആവശ്യകതകൾ:
ജീനോം സീക്വൻസിംഗിനും അസംബ്ലിക്കുമുള്ള ടിഷ്യു അല്ലെങ്കിൽ ഡിഎൻഎ
ടിഷ്യുവിനായി
| സ്പീഷീസ് | ടിഷ്യു | സർവേ | PacBio CCS |
| മൃഗം | വിസെറൽ ടിഷ്യു | 0.5 ~ 1 ഗ്രാം | ≥ 3.5 ഗ്രാം |
| പേശി ടിഷ്യു | |||
| ≥ 5.0 ഗ്രാം | |||
| ≥ 5.0 മില്ലി | |||
| സസ്തനി രക്തം | |||
| ≥ 0.5 മില്ലി | |||
| കോഴി/മത്സ്യ രക്തം | |||
| പ്ലാൻ്റ് | പുതിയ ഇല | 1 ~ 2 ഗ്രാം | ≥ 5.0 ഗ്രാം |
| ഇതൾ/തണ്ട് | 1 ~ 2 ഗ്രാം | ≥ 10.0 ഗ്രാം | |
| റൂട്ട്/വിത്ത് | 1 ~ 2 ഗ്രാം | ≥ 20.0 ഗ്രാം | |
| കോശങ്ങൾ | സംസ്കരിച്ച സെൽ | - | ≥ 1 x 108 |
ഡാറ്റ
അടുത്ത ബന്ധമുള്ള സ്പീഷീസുകളുടെ ജീനോം സീക്വൻസ് ഫയലുകളും (.fasta) വ്യാഖ്യാന ഫയലുകളും (.gff3)
സർവീസ് വർക്ക് ഫ്ലോ
പരീക്ഷണ രൂപകൽപ്പന
സാമ്പിൾ ഡെലിവറി
ലൈബ്രറി നിർമ്മാണം
സീക്വൻസിങ്
ഡാറ്റ വിശകലനം
വിൽപ്പനാനന്തര സേവനങ്ങൾ
*ഇവിടെ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഡെമോ ഫലങ്ങളെല്ലാം ബയോമാർക്കർ ടെക്നോളജീസ് ഉപയോഗിച്ച് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ജീനോമുകളിൽ നിന്നുള്ളതാണ്
1.LTR ഇൻസേർട്ട് ടൈം എസ്റ്റിമേഷൻ: മറ്റ് സ്പീഷീസുകളെ അപേക്ഷിച്ച്, വെയ്നിംഗ് റൈ ജീനോമിൽ LTR-RTs ഇൻസേർഷൻ ടൈമിൽ ഒരു തനതായ ബൈമോഡൽ ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ചിത്രം കാണിച്ചിരിക്കുന്നു. ഏറ്റവും പുതിയ കൊടുമുടി ഏകദേശം 0.5 ദശലക്ഷം വർഷങ്ങൾക്ക് മുമ്പ് പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടു.
ലി ഗുവാങ് et al.,പ്രകൃതി ജനിതകശാസ്ത്രം, 2021
2.ചയോട്ടിലെ ഫൈലോജെനിയും ജീൻ ഫാമിലി വിശകലനവും (സെച്ചിയം എഡ്യൂൾ) : ചയോട്ടിനെയും ജീൻ കുടുംബത്തിലെ മറ്റ് 13 അനുബന്ധ ഇനങ്ങളെയും വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിലൂടെ, ചയോട്ടിന് പാമ്പുമായി (ട്രൈക്കോസന്തസ് ആൻഗ്വിന) ഏറ്റവും അടുത്ത ബന്ധമുള്ളതായി കണ്ടെത്തി. ഏകദേശം 27-45 Mya-ൽ പാമ്പിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ ചയോട്ടെ, 25±4 Mya-ൽ ചയോട്ടിൽ മുഴുവൻ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ (WGD) നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ടു, ഇത് cucuibitaceaeയിലെ മൂന്നാമത്തെ WGD സംഭവമാണ്.
ഫു എ et al.,ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം, 2021
3.സിൻ്റനി വിശകലനം: പഴങ്ങളുടെ വികാസത്തിലെ ഫൈറ്റോഹോർമോണുകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ചില ജീനുകൾ ചയോട്ടിലും പാമ്പാക്കയിലും സ്ക്വാഷിലും കണ്ടെത്തി. ചയോട്ടും സ്ക്വാഷും തമ്മിലുള്ള പരസ്പരബന്ധം ചയോട്ടും പാമ്പും തമ്മിലുള്ള ബന്ധത്തേക്കാൾ അല്പം കൂടുതലാണ്.
ഫു എ et al.,ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം, 2021
4.ജീൻ കുടുംബ വിശകലനം: G.thurberi, G.davidsonii ജീനോമുകളിലെ ജീൻ ഫാമിലി വിപുലീകരണവും സങ്കോചവും സംബന്ധിച്ച കെഇജിജി സമ്പുഷ്ടീകരണം, സ്റ്റിറോയിഡ് ബയോസിന്തസിസും ബ്രാസിനോസ്റ്റീറോയിഡ് ബയോസിന്തസിസുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനുകളും വികസിപ്പിച്ചതായി കാണിക്കുന്നു.
Yang Z et al.,ബിഎംസി ബയോളജി, 2021
5. ഹോൾ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ വിശകലനം: 4DTV, Ks വിതരണ വിശകലനം മുഴുവൻ ജീനോം ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ ഇവൻ്റ് കാണിക്കുന്നു. ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ ഇവൻ്റുകൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഇൻട്രാ സ്പീഷീസുകളുടെ കൊടുമുടികൾ. സ്പീഷിസേഷൻ ഇവൻ്റുകൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ഇൻ്റർസ്പീഷിസിൻ്റെ കൊടുമുടികൾ. അടുത്ത ബന്ധമുള്ള മറ്റ് മൂന്ന് സ്പീഷീസുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, O. യൂറോപ്പിയ അടുത്തിടെ വലിയ തോതിലുള്ള ജീൻ ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷനിലൂടെ കടന്നുപോയി എന്ന് വിശകലനം സൂചിപ്പിച്ചു.
റാവു ജി തുടങ്ങിയവർ.ഹോർട്ടികൾച്ചർ ഗവേഷണം, 2021
ബിഎംകെ കേസ്
മുള്ളില്ലാത്ത റോസ്: ഈർപ്പം പൊരുത്തപ്പെടുത്തലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനോമിക് ഇൻസൈറ്റുകൾ
പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്: ദേശീയ ശാസ്ത്ര അവലോകനം, 2021
ക്രമപ്പെടുത്തൽ തന്ത്രം:
'ബസിയുടെമുള്ളില്ലാത്ത' (ആർ.വിച്ചുറൈനൻ) ജീനോം:
ഏകദേശം 93 X PacBio + ഏകദേശം. 90 X നാനോപോർ + 267 X ഇല്ലുമിന
പ്രധാന ഫലങ്ങൾ
1.ഉയർന്ന ഗുണമേന്മയുള്ള R.wichuraiana ജീനോം നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത് ലോംഗ്-റീഡ് സീക്വൻസിംഗ് ടെക്നിക്കുകൾ ഉപയോഗിച്ചാണ്, ഇത് 530.07 Mb അസംബ്ലി നൽകുന്നു (ഏകദേശം 525.9 Mb ഫ്ലോ സൈറ്റോമെട്രിയും 525.5 ജീനോം സർവേയും പ്രകാരം 525.5 Mb ആയിരുന്നു). BUSCO കണക്കാക്കിയ സ്കോർ 93.9% ആയിരുന്നു. "Old blush" (haploOB) മായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, ഈ ജീനോമിൻ്റെ ഗുണനിലവാരവും പൂർണ്ണതയും അടിസ്ഥാന സിംഗിൾ-ബേസ് കൃത്യതയും LTR അസംബ്ലി സൂചികയും (LAI=20.03) വഴി സ്ഥിരീകരിച്ചു. R.wichuraiana ജീനോമിൽ 32,674 പ്രോട്ടീൻ കോഡിംഗ് ജീനുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
2. താരതമ്യ ജീനോമിക്സ്, ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമിക്സ്, ജനിതക ജനസംഖ്യയുടെ QTL വിശകലനം എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്ന മൾട്ടി-ഓമിക്സ് സംയുക്ത വിശകലനം, R. വിച്ചുറൈയാനയും റോസ ചിനെൻസിസും തമ്മിലുള്ള നിർണായക പ്രത്യേകത വെളിപ്പെടുത്തി. കൂടാതെ, QTL-ലെ അനുബന്ധ ജീനുകളുടെ എക്സ്പ്രഷൻ വ്യതിയാനം സ്റ്റെം പ്രിക്കിൾ പാറ്റേണിംഗുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്.
സിൻ്റനി അനാലിസിസ്, ജീൻ ഫാമിലി ക്ലസ്റ്റർ, എക്സ്പാൻഷൻ, കോൺട്രാക്ഷൻ അനാലിസിസ് എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്ന Basye;s Thornless, Rosa chinensis എന്നിവ തമ്മിലുള്ള താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് അനാലിസിസ്, റോസാപ്പൂക്കളുടെ നിർണായക സ്വഭാവങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വലിയ വ്യതിയാനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തി. NAC, FAR1/FRS ജീൻ കുടുംബത്തിലെ അതുല്യമായ വികാസം ബ്ലാക്ക് സ്പോട്ടിനെതിരായ പ്രതിരോധവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്.
BT, haploOB ജീനോമുകൾ തമ്മിലുള്ള താരതമ്യ ജീനോമിക്സ് വിശകലനം.
സോങ്, എം., തുടങ്ങിയവർ. "കുത്തുകളില്ലാത്ത റോസ്: ഈർപ്പം പൊരുത്തപ്പെടുത്തലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട ജീനോമിക് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ"ദേശീയ ശാസ്ത്ര അവലോകനം, 2021;, nwab092.
