Секвенционирање на бисулфит на целиот геном (WGBS)
Секвенционирањето на бисулфит на целиот геном (WGBS) е методологија со златен стандард за длабинско истражување на метилацијата на ДНК, особено петтата позиција во цитозин (5-mC), клучен регулатор на генската експресија и клеточната активност. Принципот на WGBS вклучува третман со бисулфит, поттикнувајќи конверзија на неметилирани цитозини во урацил (C во U), додека метилираните цитозини остануваат непроменети. Оваа техника нуди резолуција со една основа, дозволувајќи им на истражувачите сеопфатно да го истражат метиломот и да откријат абнормални модели на метилација поврзани со различни состојби, особено со рак. Со користење на WGBS, научниците можат да добијат неспоредлив увид во пејзажите на метилација на геномот, обезбедувајќи нијансано разбирање на епигенетските механизми кои лежат во основата на различните биолошки процеси и болести.
Карактеристики на услугата
● Потребен е референтен геном.
● Ламбда ДНК се додава за да се следи ефикасноста на конверзија на бисулфит.
● Секвенционирање на Illumina NovaSeq.
Предности на услугата
●Златен стандард за истражување на метилација на ДНК: Оваа зрела технологија за обработка на конверзија на метилација има висока точност и добра репродуктивност.
●Широка покриеност и единечна резолуција:откривање на места за метилација на ниво на ниво на геном.
●Комплетна платформа:обезбеди едношалтерски одлична услуга од обработка на примероци, изградба на библиотека, секвенционирање до биоинформатичка анализа.
●Широка експертиза: со проектите за секвенционирање на WGBS успешно завршени во различни видови видови, BMKGENE носи повеќе од една деценија искуство, високо квалификуван тим за анализа, сеопфатна содржина и одлична поддршка по продажбата.
●Можност за приклучување со транскриптомичка анализа: овозможувајќи интегрирана анализа на WGBS со други omics податоци како што е RNA-seq.
Примерок спецификации
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачан излез на податоци | Контрола на квалитет |
| Третирана со бисулфит | Illumina PE150 | 30x длабочина | Q30 ≥ 85% Конверзија на бисулфит > 99% |
Примерок барања
| Концентрација (ng/µL) | Вкупна количина (μg) | Дополнителни барања | |
| Геномска ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ограничена деградација или контаминација |
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Екстракција на ДНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Испорака на податоци
Ја вклучува следната анализа:
● Контрола на квалитетот на сурово секвенционирање;
● Мапирање на референтен геном;
● Детекција на 5mC метилирани бази;
● Анализа на дистрибуција на метилација и прибелешка;
● Анализа на диференцијално метилирани региони (DMRs);
● Функционална прибелешка на гените поврзани со DMRs.
Откривање на метилација од 5 mC: типови метилирани места
Карта на метилација. 5 mC метилација геном дистрибуција
Прибелешка на високо метилирани региони
Диференцијално метилирани региони: поврзани гени
Диференцијално метилирани региони: прибелешка на придружните гени (генетска онтологија)
Истражете ги достигнувањата во истражувањето олеснети од услугите за секвенционирање на бисулфити на целиот геном на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Фан, Y. et al. (2020) „Анализа на профилите на метилација на ДНК за време на развојот на скелетните мускули на овците со користење на секвенционирање на бисулфит со целиот геном“,BMC Genomics, 21 (1), стр. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Жао, X. и сор. (2022) „Нови пертурбации на метилација на деоксирибонуклеинска киселина кај работници изложени на винил хлорид“,Токсикологија и индустриско здравје, 38 (7), стр. 377-388. doi: 10.1177/07482337221098600
Зуо, Ј. и сор. (2020) „Односи помеѓу метилацијата на геномот, нивоата на некодирачки РНК, mRNA и метаболити во зрее овошје од домати“,The Plant Journal, 103 (3), стр. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
