Намалена репрезентација на секвенционирање на бисулфит (RRBS)
Намалената репрезентација на секвенционирање на бисулфит (RRBS) се појави како економична и ефикасна алтернатива на секвенционирање на целиот геном бисулфит (WGBS) во истражувањето на ДНК метилација. Додека WGBS обезбедува сеопфатен увид со испитување на целиот геном со единечна резолуција, неговата висока цена може да биде ограничувачки фактор. RRBS стратешки го ублажува овој предизвик со селективно анализирање на репрезентативен дел од геномот. Оваа методологија се потпира на збогатување на регионите богати со островот CPG со расцеп на MSPI, проследено со избор на големина од 200-500/600 bps фрагменти. Како резултат на тоа, само регионите се проксимални на островите CPG се секвенционирани, додека оние со далечни CPG острови се исклучени од анализата. Овој процес, во комбинација со секвенционирање на бисулфит, овозможува откривање на висока резолуција на метилацијата на ДНК, а пристапот за секвенционирање, PE150, се фокусира конкретно на краевите на инсерти, а не од средната, зголемувајќи ја ефикасноста на профилирањето на метилацијата. RRBS е непроценлива алатка која овозможува економично истражување на ДНК метилација и го напредува познавањето на епигенетските механизми.
Карактеристики на услугите
● Бара референтен геном.
● Ламбда ДНК се користи за следење на ефикасноста на конверзија на бисулфит.
Исто така, се следи и ефикасноста на варењето на MSPI.
● Двојно варење на ензимите за растителни примероци.
● Секвенционирање на Илумина Новасек.
Предности на услугата
●Економична и ефикасна алтернатива на WGBS: Овозможување на анализата да се изврши по пониска цена и со пониски барања за примерок.
●Комплетна платформа:Обезбедете едно-стоп одлична услуга од обработка на примероци, градба на библиотека и секвенционирање до анализа на биоинформатика.
●Широка експертиза: Со проектите за секвенционирање на RRBS успешно завршени во разновиден спектар на видови, BMKgene носи повеќе од една деценија искуство, високо квалификуван тим за анализа, сеопфатна содржина и одлична поддршка за пост-продажба.
Спецификации на услугите
| Библиотека | Стратегија за секвенцирање | Препорачано излез на податоци | Контрола на квалитетот |
| Библиотеката за третирана со MSPI и бисулфит | Илумина PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Конверзија на бисулфит> 99% Ефикасност на сечење на MSPI> 95% |
Барања за примероци
| Концентрација (ng/μL) | Вкупна количина (μg) |
| |
| Геномска ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Ограничена деградација или загадување |
Проток на работа на услуги
Испорака на примерок
Библиотека изградба
Секвенцирање
Анализа на податоците
Услуги по продажба
Вклучува следнава анализа:
● Контрола на квалитетот на секвенционирање на суровини;
● Мапирање до референтен геном;
● Откривање на метилизирани основи на 5MC и идентификација на мотивот;
● Анализа на дистрибуција на метилација и споредба на примероци;
● Анализа на различно метилизирани региони (DMRs);
● Функционално прибележување на гените поврзани со ДМР.
Контрола на квалитетот: Ефикасност на варењето (во мапирање на геном)
Контрола на квалитетот: Конверзија на бисулфит (во екстракција на метилација)
Мапа за метилација: дистрибуција ширум геном од 5MC метилација
Споредба на примерокот: Анализа на главната компонента
Анализа на различно метилизирани региони (DMRs): топлинска мапа
Истражете ги напредокот во истражувањето олеснети со услугите за секвенционирање на секвенционирање на BMKgene на BMKgene преку курирана колекција на публикации.
Ли, З. и др. (2022) „Репрограмирање на висока верност во клетките слични на Лејдиг со активирање на CRISPR и фактори на паракрин“,PNAS Nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Тјан, Х. и др. (2023) 'Анализа на метилацијата на ДНК-геном ширум ДНК на составот на телото во кинески монозиготни близнаци,,Европски весник за клиничка истрага, 53 (11), стр. E14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Ву, Ј и др. (2022) „ДНК метилација и сооднос на половината до колкот: студија за асоцијација широк епигеном во кинески монозиготни близнаци“,Весник на ендокринолошка истрага, 45 (12), стр. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
