Секвенционирање на прокариотска РНК
Карактеристики
● Обработката на примерокот на РНК вклучува трошење на РРНК проследено со директна подготовка на библиотека на РНК.
● Биоинформатска анализа базирана на усогласување со референтен геном
● Анализата вклучува генска експресија и DEG, но исто така и структура на транскрипти и анализа на sRNA
Предности на услугата
●Ригорозна контрола на квалитетот: ги имплементираме основните контролни точки во сите фази, од подготовка на примерок и библиотека до секвенционирање и биоинформатика. Овој прецизен мониторинг обезбедува испорака на конзистентно висококвалитетни резултати.
●Податоци за секвенционирање специфични за влакно: поради тоа што подготовката на библиотеката РНК е насочена, што овозможува идентификација на транскрипти со анти-смисла.
●Комплетна анализа прилагодена на прокариотски транскриптоми: биоинформатскиот цевковод вклучува не само анализа на генската експресија туку и анализа на структурата на транскриптот, вклучувајќи идентификација на оперони, UTR и промотори. Вклучува и анализа на sRNA, имено прибелешка и предвидување на секундарната структура и цели.
●Пост-продажна поддршка: нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Примерок барања и испорака
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Насочена библиотека со исцрпена rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Барања за примероци:
| Конк.(ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | RIN≥6,5 |
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3; Б1, Б2, Б3.
Испорака:
1. Сув мраз: примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2. РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Работен тек на биоинформатска анализа
Ја вклучува следната анализа:
● Контрола на квалитетот на необработените податоци
● Порамнување со референтниот геном
● Проценка на квалитетот на библиотеката: случајност на фрагментација на РНК, големина на вметнување и заситеност на секвенционирање
● Функционална прибелешка на предвидените гени за кодирање
● Анализа на изразување: корелација и анализа на главни компоненти (PCA)
● Диференцијален генски израз (DEGs)
● Функционална прибелешка и збогатување на DEG
● Анализа на sRNA: предвидување, прибелешка, предвидување цел и секундарна структура
● Анализа на структурата на транскриптот: оперони, почетна и крајна позиција, непреведен регион (UTS), промотор и SNP/InDel анализа
Секвенционирање на сатурација
Функционална прибелешка на гените за кодирање
Корелација помеѓу примероците
Анализа на диференцијални изразени гени (DEGs).
Анализа на функционално збогатување
sRNA прибелешка
Истражете ги достигнувањата олеснети од Nanopore услугите за секвенционирање на mRNA со целосна должина на BMKGene во оваа објавена публикација.
Гуан, ЦП и сор. (2018) „Глобални транскриптомски промени на Staphylococcus epidermidis што формира биофилм кој реагира на вкупните алкалоиди на Sophorea alopecuroides“,Полски весник за микробиологија, 67 (2), стр. 223. дои: 10.21307/ПЈМ-2018-024.
