-
BMKMANU S3000_Просторен транскриптом
Просторната транскриптомика стои на чело на научните иновации, давајќи им можност на истражувачите да истражуваат во сложените модели на генска експресија во ткивата, притоа зачувувајќи го нивниот просторен контекст. Среде различни платформи, BMKGene го разви BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, кој може да се пофали со подобрена резолуција од 3,5 µm, достигнувајќи го субклеточниот опсег и овозможува поставки за резолуција на повеќе нивоа. Чипот S3000, кој има приближно 4 милиони точки, користи микробунари обложени со монистра натоварени со просторно баркодирани сонди за фаќање. Библиотека cDNA, збогатена со просторни баркодови, е подготвена од чипот S3000 и последователно секвенционирана на платформата Illumina NovaSeq. Комбинацијата на просторно баркодирани примероци и UMI обезбедува точност и специфичност на генерираните податоци. Чипот BMKManu S3000 е исклучително разновиден, нуди поставки за резолуција на повеќе нивоа што може фино да се прилагодат на различни ткива и посакуваните нивоа на детали. Оваа приспособливост го позиционира чипот како извонреден избор за различни просторни транскриптомички студии, обезбедувајќи прецизно просторно групирање со минимален шум. Употребата на технологија за сегментација на клетки со BMKManu S3000 овозможува разграничување на транскрипциските податоци до границите на клетките, што резултира со анализа која има директно биолошко значење. Понатаму, подобрената резолуција на S3000 резултира со поголем број на гени и UMI откриени по клетка, што овозможува многу попрецизна анализа на шемите на просторна транскрипција и групирање на клетките.
-
Секвенционирање на РНК со единечни јадра
Развојот на техники за снимање со една клетка и прилагодена изградба на библиотека, заедно со секвенционирање со висок процент, ги револуционизираа студиите за генска експресија на клеточно ниво. Овој пробив овозможува подлабока и посеопфатна анализа на сложените клеточни популации, надминувајќи ги ограничувањата поврзани со просечниот генетски израз над сите клетки и зачувување на вистинската хетерогеност во овие популации. Додека едноклеточното секвенционирање на РНК (scRNA-seq) има непобитни предности, се соочува со предизвици во одредени ткива каде што создавањето на едноклеточна суспензија се покажува тешко и бара свежи примероци. Во BMKGene, ја решаваме оваа пречка нудејќи секвенционирање на РНК со едно јадро (snRNA-seq) со користење на најсовремената технологија 10X Genomics Chromium. Овој пристап го проширува спектарот на примероци кои се подложни на транскриптомска анализа на едноклеточно ниво.
Изолацијата на јадрата се постигнува преку иновативниот чип 10X Genomics Chromium, кој се одликува со осумканален микрофлуиден систем со двојни вкрстувања. Во рамките на овој систем, зрната од гел кои содржат бар-кодови, прајмери, ензими и едно јадро се инкапсулирани во капки масло со големина на нанолитар, формирајќи Гел Беад-во-емулзија (ГЕМ). По формирањето на ГЕМ, лизата на клетките и ослободувањето на баркодот се случуваат во секој ГЕМ. Последователно, молекулите на mRNA се подложени на обратна транскрипција во cDNA, инкорпорирајќи 10X бар-кодови и Единствени молекуларни идентификатори (UMI). Овие cDNA потоа се подложени на стандардна конструкција на библиотека за секвенционирање, што го олеснува робусното и сеопфатно истражување на профилите на генска експресија на ниво на една клетка.
Платформа: 10× Genomics Chromium и Illumina NovaSeq платформа
-
10x Genomics Visium просторен транскриптом
Просторната транскриптомика е најсовремена технологија која им овозможува на истражувачите да ги истражат моделите на генска експресија во ткивата додека го зачувуваат нивниот просторен контекст. Една моќна платформа во овој домен е 10x Genomics Visium заедно со секвенционирање на Illumina. Принципот на 10X Visium лежи на специјализиран чип со одредена област за фаќање каде што се поставуваат делови од ткиво. Оваа област за фаќање содржи баркодирани точки, секоја одговара на единствена просторна локација во ткивото. Заробените РНК молекули од ткивото потоа се означени со единствени молекуларни идентификатори (УМИ) за време на процесот на обратна транскрипција. Овие баркодирани точки и UMI овозможуваат прецизно просторно мапирање и квантификација на генската експресија со резолуција на една клетка. Комбинацијата на просторно баркодирани примероци и UMI обезбедува точност и специфичност на генерираните податоци. Со користење на оваа технологија за просторна транскриптомика, истражувачите можат да стекнат подлабоко разбирање за просторната организација на клетките и сложените молекуларни интеракции што се случуваат во ткивата, нудејќи непроценлив увид во механизмите кои лежат во основата на биолошките процеси во повеќе области, вклучувајќи онкологија, невронаука, развојна биологија, имунологија. , и ботанички студии.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq
