-
Компаративна геномика
Компаративната геномика вклучува испитување и споредба на целиот геномски секвенци и структури меѓу различни видови. Ова поле се обидува да ја открие еволуцијата на видовите, да ги декодира функциите на гените и да ги разјасни генетските регулаторни механизми преку идентификување на структури и елементи на конзервирана или дивергентна низа низ различни организми. Сеопфатна компаративна студија за геномика опфаќа анализи како што се генските семејства, еволутивниот развој, настаните на дуплирање на целиот геном и влијанието на селективните притисоци.
-
Еволутивна генетика
Платформата за популација и еволутивна генетска анализа е основана врз основа на огромното искуство акумулирано во тимот за истражување и развој на BMK со години. Тоа е алатка погодна за корисниците, особено за истражувачи кои не се занимаваат со биоинформатика. Оваа платформа овозможува основна основна анализа поврзана со еволутивната генетика, вклучувајќи конструкција на филогенетско дрво, анализа на нерамнотежа на поврзаноста, проценка на генетската разновидност, селективна анализа на бришење, анализа на сродство, PCA, анализа на структурата на населението итн.
-
Геном заснован на Hi-C
Hi-C е метод дизајниран да ја долови конфигурацијата на хромозомот со комбинирање на интеракции засновани на блискост и секвенционирање со висок пропус. Се верува дека интензитетот на овие интеракции е негативно корелиран со физичкото растојание на хромозомите. Затоа, податоците на Hi-C се користат за водење на групирање, подредување и ориентирање на собраните секвенци во нацрт геномот и прицврстување на тие на одреден број хромозоми. Оваа технологија го зајакнува геномот на ниво на хромозом во отсуство на генетска карта заснована на популација. На секој геном му треба Hi-C.
-
Секвенционирање на геномот на растенија/животински де Ново
Де Новосеквенционирањето се однесува на изградбата на целиот геном на еден вид користејќи технологии за секвенционирање во отсуство на референтен геном. Воведувањето и широкото усвојување на секвенционирање од трета генерација, со подолги читања, значително го подобрија составувањето на геномот со зголемување на преклопувањето помеѓу читањата. Ова подобрување е особено релевантно кога се работи со предизвикувачки геноми, како што се оние кои покажуваат висока хетерозиготност, висок сооднос на повторливи региони, полиплоиди и региони со повторувачки елементи, абнормална содржина на GC или висока сложеност кои обично се слабо составени користејќи секвенционирање на кратко читање. сам.
Нашето едношалтерско решение обезбедува интегрирани услуги за секвенционирање и биоинформатска анализа кои обезбедуваат висококвалитетен de novo склопен геном. Почетното истражување на геномот со Illumina обезбедува проценки на големината и сложеноста на геномот, а овие информации се користат за да се води следниот чекор на долгочитаното секвенционирање со PacBio HiFi, проследено соде новосклопување на контиги. Последователната употреба на склопот на HiC овозможува закотвување на контигите на геномот, со што се добива склоп на ниво на хромозом. Конечно, геномот е означен со генско предвидување и со секвенционирање на изразените гени, прибегнувајќи кон транскриптоми со кратки и долги читања.
-
Секвенционирање на човечка целина егзом
Секвенционирањето на човечка целина егзом (hWES) е широко прифатено како рентабилен и моќен пристап за секвенционирање за прецизно одредување на мутации што предизвикуваат болести. И покрај тоа што сочинуваат само околу 1,7% од целиот геном, егзоните играат клучна улога со директно одразување на профилот на вкупните протеински функции. Имено, во човечкиот геном, над 85% од мутациите поврзани со болести се манифестираат во регионите за кодирање на протеините. BMKGENE нуди сеопфатна и флексибилна услуга за секвенционирање на цели човечки егзоми со две различни стратегии за снимање на егзони достапни за исполнување на различни истражувачки цели.
-
Секвенционирање на фрагменти засилени со специфичен локус (SLAF-Seq)
Генотипизацијата со висок процент, особено кај популациите од големи размери, е фундаментален чекор во студиите за генетска асоцијација и обезбедува генетска основа за откривање на функционални гени, еволутивна анализа, итн. Наместо длабоко ресеквенционирање на целиот геном,Секвенционирање на геном со намалена застапеност (RRGS)често се користи во овие студии за да се минимизираат трошоците за секвенционирање по примерок додека се одржува разумна ефикасност во откривањето на генетските маркери. RRGS го постигнува ова со варење на ДНК со рестриктивни ензими и фокусирање на одреден опсег на големина на фрагментот, со што се секвенционира само дел од геномот. Помеѓу различните RRGS методологии, секвенционирањето на фрагменти со засилени специфични места (SLAF) е приспособлив и висококвалитетен пристап. Овој метод, развиен независно од BMKGene, го оптимизира рестриктивниот ензим за секој проект. Ова обезбедува генерирање на значителен број SLAF ознаки (400-500 bps региони на геномот што се секвенционира) кои се рамномерно распоредени низ геномот додека ефикасно се избегнуваат повторливите региони, со што се обезбедува најдоброто откритие на генетски маркер.
-
Претходно изработени библиотеки на Илумина
Технологијата за секвенционирање на Illumina, базирана на Sequencing by Synthesis (SBS), е глобално прифатена NGS иновација, одговорна за генерирање на над 90% од податоците за секвенционирање во светот. Принципот на SBS вклучува сликање на флуоресцентно означени реверзибилни терминатори како што се додава секој dNTP и последователно се расцепува за да се овозможи инкорпорирање на следната база. Со сите четири реверзибилни dNTP поврзани со терминатор присутни во секој циклус на секвенционирање, природната конкуренција ја минимизира пристрасноста на инкорпорацијата. Оваа разновидна технологија поддржува и библиотеки за едночитање и спарени библиотеки, кои се грижат за низа геномски апликации. Способностите и прецизноста на секвенционирањето на Illumina го позиционираат како камен-темелник во геномското истражување, давајќи им можност на научниците да ги откријат сложеноста на геномите со неспоредливи детали и ефикасност.
Нашата претходно направена услуга за секвенционирање на библиотеките им овозможува на клиентите да подготват библиотеки за секвенционирање од различни извори (мРНК, цел геном, ампликони, 10x библиотеки, меѓу другото). Последователно, овие библиотеки може да се испратат до нашите центри за секвенционирање за контрола на квалитетот и секвенционирање во платформите на Illumina.
