-
Метагеномско секвенционирање -NGS
Метагеном е збирка од вкупниот генетски материјал на мешана заедница на организми, како што се еколошки и човечки метагеном. Содржи геноми и на култивирачки и на некултивирачки микроорганизми. Метагеномското секвенционирање на пушка со NGS овозможува проучување на овие сложени геномски пејзажи вградени во примероци од животната средина, обезбедувајќи повеќе од таксономско профилирање, давајќи исто така грануларни увиди за разновидноста на видовите, динамиката на изобилството и сложените структури на населението. Надвор од таксономските студии, метагеномијата со сачмарки нуди и функционална геномична перспектива, овозможувајќи истражување на кодирани гени и нивните наводни улоги во еколошките процеси. Конечно, воспоставувањето на корелациски мрежи помеѓу генетските елементи и факторите на животната средина придонесува за сеопфатно разбирање на сложената интеракција помеѓу микробните заедници и нивната еколошка позадина. Како заклучок, метагеномското секвенционирање стои како клучен инструмент за разоткривање на геномските сложености на различните микробиолошки заедници, осветлувајќи ги повеќеслојните односи помеѓу генетиката и екологијата во овие сложени екосистеми.
Платформи: Illumina NovaSeq и DNBSEQ-T7
-
Метагеномско секвенционирање-TGS
Метагеном е збирка на генетски материјал на мешана заедница на организми, како што се еколошки и човечки метагеном. Содржи геноми и на култивирачки и на некултивирачки микроорганизми. Метагеномското секвенционирање овозможува проучување на овие сложени геномски предели вградени во еколошки примероци преку обезбедување повеќе од таксономско профилирање. Исто така, нуди функционална геномска перспектива со истражување на кодираните гени и нивните наводни улоги во процесите на животната средина. Додека традиционалните пристапи со сачмарка со секвенционирање на Illumina се широко користени во метагеномските студии, појавата на долгочитаното секвенционирање Nanopore и PacBio го промени полето. Технологијата Nanopore и PacBio ги подобруваат низводните биоинформатички анализи, особено склопувањето на метагеномот, обезбедувајќи поконтинуирано склопување. Извештаите покажуваат дека метагеномијата базирана на Nanopore и PacBio успешно генерира целосни и затворени бактериски геноми од сложени микробиоми (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Интегрирањето на читањата на Nanopore со читањата на Illumina обезбедува стратешки пристап за корекција на грешки, ублажувајќи ја вродената мала точност на Nanopore. Оваа синергетска комбинација ги користи силните страни на секоја платформа за секвенционирање, нудејќи стабилно решение за надминување на потенцијалните ограничувања и унапредување на прецизноста и доверливоста на метагеномските анализи.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia и PacBio Revio
-
Секвенционирање на бисулфит на целиот геном (WGBS)
Секвенционирањето на бисулфит на целиот геном (WGBS) е методологија со златен стандард за длабинско истражување на метилацијата на ДНК, особено петтата позиција во цитозин (5-mC), клучен регулатор на генската експресија и клеточната активност. Принципот на WGBS вклучува третман со бисулфит, поттикнувајќи конверзија на неметилирани цитозини во урацил (C во U), додека метилираните цитозини остануваат непроменети. Оваа техника нуди резолуција со една основа, дозволувајќи им на истражувачите сеопфатно да го истражат метиломот и да откријат абнормални модели на метилација поврзани со различни состојби, особено со рак. Со користење на WGBS, научниците можат да добијат неспоредлив увид во пејзажите на метилација на геномот, обезбедувајќи нијансано разбирање на епигенетските механизми кои лежат во основата на различните биолошки процеси и болести.
-
Анализа за хроматин достапен до транспозаза со секвенционирање со висок пропусен опсег (ATAC-seq)
ATAC-seq е техника на секвенционирање со висок пропусен опсег што се користи за анализа на пристапност на хроматин ширум геномот. Неговата употреба обезбедува подлабоко разбирање на сложените механизми на глобалната епигенетска контрола над генската експресија. Методот користи хиперактивна Tn5 транспозаза за истовремено фрагментирање и обележување на отворените хроматински региони со вметнување на адаптери за секвенционирање. Последователното засилување на PCR резултира со создавање на библиотека за секвенционирање, која овозможува сеопфатна идентификација на отворените хроматински региони под специфични просторно-временски услови. ATAC-seq обезбедува холистички поглед на пристапните пејзажи на хроматин, за разлика од методите кои единствено се фокусираат на местата за врзување на факторот на транскрипција или специфични региони модифицирани со хистон. Со секвенционирање на овие отворени региони на хроматин, ATAC-seq открива региони со поголема веројатност за активни регулаторни секвенци и потенцијални места за врзување на факторот на транскрипција, нудејќи вредни сознанија за динамичната модулација на генската експресија низ геномот.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Гените 16S и 18S rRNA, заедно со регионот на внатрешен транскрибиран простор (ITS), служат како клучни маркери за молекуларни отпечатоци поради нивната комбинација на високо конзервирани и хиперпроменливи региони, што ги прави непроценливи алатки за карактеризирање на прокариотски и еукариотски организми. Засилувањето и секвенционирањето на овие региони нудат пристап без изолација за истражување на микробниот состав и разновидноста низ различни екосистеми. Додека секвенционирањето на Illumina обично цели на кратки хиперпроменливи региони како V3-V4 од 16S и ITS1, докажано е дека супериорната таксономска прибелешка може да се постигне со секвенционирање на целата должина на 16S, 18S и ITS. Овој сеопфатен пристап резултира со повисоки проценти на точно класифицирани секвенци, постигнувајќи ниво на резолуција што се протега на идентификација на видовите. Платформата за секвенционирање во реално време со единечна молекула на PacBio (SMRT) се издвојува со обезбедување на високо прецизни долги читања (HiFi) кои ги покриваат ампликоните со целосна должина, ривалувајќи се со прецизноста на секвенционирањето на Illumina. Оваа способност им овозможува на истражувачите да постигнат неспоредлива предност - панорамски поглед на генетскиот пејзаж. Проширената покриеност значително ја зголемува резолуцијата во прибелешките за видовите, особено во бактериските или габичните заедници, овозможувајќи подлабоко разбирање на сложеноста на популацијата на микробите.
-
16S/18S/ITS Секвенционирање на засилувачи-NGS
Ампликонското секвенционирање со технологијата Illumina, конкретно насочено кон генетските маркери 16S, 18S и ITS, е моќен метод за откривање на филогенијата, таксономијата и изобилството на видови во микробните заедници. Овој пристап вклучува секвенционирање на хиперпроменливите региони на генетските маркери за домаќинство. Првично претставен како молекуларен отпечаток од прстWoeses et alво 1977 година, оваа техника го револуционизира профилирањето на микробиомот овозможувајќи анализи без изолација. Преку секвенционирањето на 16S (бактерии), 18S (габи) и внатрешен транскрибиран простор (ITS, габи), истражувачите можат да идентификуваат не само обилни видови, туку и ретки и неидентификувани. Широко усвоено како клучна алатка, секвенционирањето на ампликони стана инструментално за откривање на диференцијални микробиолошки композиции низ различни средини, вклучувајќи ја човечката уста, цревата, столицата и пошироко.
-
Повторно секвенционирање на целиот геном на бактериски и габички
Проектите за повторно секвенционирање на целиот геном на бактерии и габи се клучни за унапредување на микробната геномика преку овозможување на комплетирање и споредба на микробиолошките геноми. Ова го олеснува инженерството за ферментација, оптимизацијата на индустриските процеси и истражувањето на секундарните патеки на метаболизмот. Понатаму, габичното и бактериското повторно секвенционирање е од клучно значење за разбирање на еколошката адаптација, оптимизирање на соеви и откривање на динамиката на генетската еволуција, со широки импликации во медицината, земјоделството и науката за животната средина.
-
Секвенционирање на засилувачи на PacBio-целосна должина 16S/18S/ITS
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е развиена со долгогодишно искуство во анализа на проекти за микробиолошка разновидност, која содржи стандардизирана основна анализа и персонализирана анализа: основната анализа ја покрива содржината на мејнстрим анализа на тековните микробиолошки истражувања, содржината на анализата е богата и сеопфатна, а резултатите од анализата се претставени во форма на проектни извештаи; Содржината на персонализираната анализа е разновидна. Може да се изберат примероци и параметрите може да се постават флексибилно во согласност со основниот извештај за анализа и целта на истражувањето, за да се реализираат персонализираните барања. Оперативен систем Windows, едноставен и брз.
-
PacBio-целосна транскриптом (не-референца)
Земајќи ги податоците за секвенционирање на изоформи на Pacific Biosciences (PacBio) како влез, оваа апликација може да идентификува секвенци на транскрипти со целосна должина (без склопување). Со мапирање на секвенци со целосна должина против референтниот геном, транскриптите може да се оптимизираат со познати гени, транскрипти, региони за кодирање итн. Во овој случај, може да се постигне попрецизна идентификација на структурите на mRNA, како што е алтернативно спојување итн. Заедничката анализа со податоците за секвенционирање на транскриптомите NGS овозможува посеопфатна прибелешка и попрецизно квантифицирање во изразот на ниво на транскрипција, што во голема мера има корист низводно диференцијално изразување и функционална анализа.
-
Секвенционирање на бисулфит со намалена застапеност (RRBS)
Секвенционирање на бисулфит со намалена застапеност (RRBS) се појави како рентабилна и ефикасна алтернатива на секвенционирањето на бисулфит на целиот геном (WGBS) во истражувањето за метилација на ДНК. Додека WGBS обезбедува сеопфатни увиди со испитување на целиот геном со единствена основна резолуција, неговата висока цена може да биде ограничувачки фактор. RRBS стратешки го ублажува овој предизвик со селективна анализа на репрезентативен дел од геномот. Оваа методологија се потпира на збогатување на регионите богати со CpG острови со расцепување MspI проследено со избор на големина на фрагменти од 200-500/600 bps. Следствено, само регионите проксимални до CpG островите се секвенционирани, додека оние со далечни CpG острови се исклучени од анализата. Овој процес, во комбинација со секвенционирање на бисулфит, овозможува откривање на метилација на ДНК со висока резолуција, а пристапот на секвенционирање, PE150, се фокусира конкретно на краевите на влошките наместо на средината, зголемувајќи ја ефикасноста на профилирањето на метилацијата. RRBS е непроценлива алатка која овозможува економично истражување за метилација на ДНК и го унапредува знаењето за епигенетските механизми.
-
Секвенционирање на прокариотска РНК
Секвенционирањето на РНК го поттикнува сеопфатното профилирање на сите транскрипти на РНК во клетките под специфични услови. Оваа врвна технологија служи како моќна алатка, откривајќи сложени профили на генска експресија, генски структури и молекуларни механизми поврзани со различни биолошки процеси. Широко прифатено во основните истражувања, клиничката дијагностика и развојот на лекови, секвенционирањето на РНК нуди увид во сложеноста на клеточната динамика и генетската регулација. Нашата обработка на примерок од прокариотска РНК е прилагодена за прокариотски транскриптоми, што вклучува исцрпување на rRNA и подготовка на насочена библиотека.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Метатранскриптомско секвенционирање
Користејќи ја технологијата за секвенционирање на Illumina, услугата за секвенционирање на метатранскриптом на BMKGENE ја открива динамичната генска експресија на разновидна низа микроби, кои опфаќаат еукариоти до прокариоти и вируси, во природни средини како што се почвата, водата, морето, столицата и цревата. Нашата сеопфатна услуга им овозможува на истражувачите да истражуваат во комплетните профили на генска експресија на сложените микробиолошки заедници. Надвор од таксономската анализа, нашата услуга за секвенционирање на метатранскриптом го олеснува истражувањето во функционалното збогатување, фрлајќи светлина на диференцијално изразените гени и нивните улоги. Откријте мноштво биолошки сознанија додека се движите низ сложените пејзажи на генска експресија, таксономска разновидност и функционална динамика во овие разновидни еколошки ниши.
-
Ново собрание на габичен геном
BMKGENE нуди разновидни решенија за габични геноми, задоволувајќи ги различните истражувачки потреби и посакуваната комплетност на геномот. Самото користење на секвенционирањето на Illumina со кратко читање овозможува генерирање на нацрт геном. Кратките отчитувања и долгочитаното секвенционирање со помош на Nanopore или Pacbio се комбинирани за попрефинет габичен геном со подолги контиги. Покрај тоа, интегрирањето на секвенционирањето Hi-C дополнително ги подобрува можностите, овозможувајќи постигнување на целосен геном на ниво на хромозом.
