-
Анализа на асоцијација на ниво на геном
Целта на студиите за асоцијација низ геномот (GWAS) е да се идентификуваат генетските варијанти (генотипови) поврзани со специфични особини (фенотипови). Со детално испитување на генетските маркери низ целиот геном кај голем број индивидуи, GWAS ги екстраполира асоцијациите на генотип-фенотип преку статистички анализи на ниво на популација. Оваа методологија наоѓа широка примена во истражувањето на човечките болести и истражувањето на функционалните гени поврзани со сложените особини кај животните или растенијата.
Во BMKGENE, нудиме два начини за спроведување на GWAS на големи популации: користење на секвенционирање на целиот геном (WGS) или избор на метод за секвенционирање на геном со намалена застапеност, внатрешно развиен Специфичен-локус засилен фрагмент (SLAF). Додека WGS одговара на помали геноми, SLAF се појавува како исплатлива алтернатива за проучување на поголеми популации со подолги геноми, ефективно минимизирајќи ги трошоците за секвенционирање, истовремено гарантирајќи висока ефикасност на откривање на генетски маркери.
-
Секвенционирање на РНК со единечни јадра
Развојот на техники за снимање со една клетка и прилагодена изградба на библиотека, заедно со секвенционирање со висок процент, ги револуционизираа студиите за генска експресија на клеточно ниво. Овој пробив овозможува подлабока и посеопфатна анализа на сложените клеточни популации, надминувајќи ги ограничувањата поврзани со просечниот генетски израз над сите клетки и зачувување на вистинската хетерогеност во овие популации. Додека едноклеточното секвенционирање на РНК (scRNA-seq) има непобитни предности, се соочува со предизвици во одредени ткива каде што создавањето на едноклеточна суспензија се покажува тешко и бара свежи примероци. Во BMKGene, ја решаваме оваа пречка нудејќи секвенционирање на РНК со едно јадро (snRNA-seq) со користење на најсовремената технологија 10X Genomics Chromium. Овој пристап го проширува спектарот на примероци кои се подложни на транскриптомска анализа на едноклеточно ниво.
Изолацијата на јадрата се постигнува преку иновативниот чип 10X Genomics Chromium, кој се одликува со осумканален микрофлуиден систем со двојни вкрстувања. Во рамките на овој систем, зрната од гел кои содржат бар-кодови, прајмери, ензими и едно јадро се инкапсулирани во капки масло со големина на нанолитар, формирајќи Гел Беад-во-емулзија (ГЕМ). По формирањето на ГЕМ, лизата на клетките и ослободувањето на баркодот се случуваат во секој ГЕМ. Последователно, молекулите на mRNA се подложени на обратна транскрипција во cDNA, инкорпорирајќи 10X бар-кодови и Единствени молекуларни идентификатори (UMI). Овие cDNA потоа се подложени на стандардна конструкција на библиотека за секвенционирање, што го олеснува робусното и сеопфатно истражување на профилите на генска експресија на ниво на една клетка.
Платформа: 10× Genomics Chromium и Illumina NovaSeq платформа
-
Секвенционирање на целиот геном на растенијата/животините
Секвенционирање на целиот геном (WGS), познато и како ресеквенционирање, се однесува на целокупното секвенционирање на геномот на различни индивидуи на видови со познати референтни геноми. Врз основа на ова, геномските разлики на поединци или популации може дополнително да се идентификуваат. WGS овозможува идентификација на еден нуклеотиден полиморфизам (SNP), вметнување бришење (InDel), варијација на структурата (SV) и варијација на број на копирање (CNV). SV сочинуваат поголем дел од варијациската база од SNP и имаат поголемо влијание врз геномот, значително влијаејќи на живите организми. Додека ресеквенцирањето со кратко читање е ефективно во идентификувањето на SNP и InDels, долгочитаното ресеквенционирање овозможува попрецизно идентификување на големи фрагменти и комплицирани варијации.
-
10x Genomics Visium просторен транскриптом
Просторната транскриптомика е најсовремена технологија која им овозможува на истражувачите да ги истражат моделите на генска експресија во ткивата додека го зачувуваат нивниот просторен контекст. Една моќна платформа во овој домен е 10x Genomics Visium заедно со секвенционирање на Illumina. Принципот на 10X Visium лежи на специјализиран чип со одредена област за фаќање каде што се поставуваат делови од ткиво. Оваа област за фаќање содржи баркодирани точки, секоја одговара на единствена просторна локација во ткивото. Заробените РНК молекули од ткивото потоа се означени со единствени молекуларни идентификатори (УМИ) за време на процесот на обратна транскрипција. Овие баркодирани точки и UMI овозможуваат прецизно просторно мапирање и квантификација на генската експресија со резолуција на една клетка. Комбинацијата на просторно баркодирани примероци и UMI обезбедува точност и специфичност на генерираните податоци. Со користење на оваа технологија за просторна транскриптомика, истражувачите можат да стекнат подлабоко разбирање за просторната организација на клетките и сложените молекуларни интеракции што се случуваат во ткивата, нудејќи непроценлив увид во механизмите кои лежат во основата на биолошките процеси во повеќе области, вклучувајќи онкологија, невронаука, развојна биологија, имунологија. , и ботанички студии.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq
-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина-Нанопора
Додека секвенционирањето на mRNA базирано на NGS е разноврсна алатка за квантифицирање на генската експресија, неговото потпирање на кратки читања ја ограничува неговата ефикасност во сложените транскриптомски анализи. Од друга страна, секвенционирањето на нанопори користи долгопрочитана технологија, овозможувајќи секвенционирање на транскрипти на mRNA со целосна должина. Овој пристап го олеснува сеопфатното истражување на алтернативно спојување, фузија на гени, полиаденилација и квантификација на изоформите на mRNA.
Секвенционирањето на нанопори, метод кој се потпира на нанопорни едномолекули електрични сигнали во реално време, обезбедува резултати во реално време. Водена од моторните протеини, двоверижна ДНК се врзува за нанопорните протеини вградени во биофилм, одмотувајќи се додека минува низ нанопорниот канал под напонска разлика. Карактеристичните електрични сигнали генерирани од различни бази на нишката на ДНК се детектирани и класифицирани во реално време, што го олеснува прецизното и континуирано секвенционирање на нуклеотиди. Овој иновативен пристап ги надминува ограничувањата за кратко читање и обезбедува динамична платформа за сложена геномска анализа, вклучувајќи сложени транскриптомски студии, со непосредни резултати.
Платформа: Nanopore PromethION 48
-
Секвенционирање на мРНК со целосна должина - PacBio
Додека секвенционирањето на mRNA базирано на NGS е разноврсна алатка за квантифицирање на генската експресија, неговото потпирање на кратки читања ја ограничува неговата употреба во сложени транскриптомски анализи. Од друга страна, секвенционирањето на PacBio (Iso-Seq) користи долгопрочитана технологија, овозможувајќи секвенционирање на транскрипти на mRNA со целосна должина. Овој пристап го олеснува сеопфатното истражување на алтернативно спојување, фузија на гени и полиаденилација. Сепак, постојат и други избори за квантификација на генската експресија поради големата количина на потребни податоци. Технологијата за секвенционирање на PacBio се потпира на секвенционирање со една молекула, во реално време (SMRT), обезбедувајќи посебна предност во снимањето на транскрипти на mRNA со целосна должина. Овој иновативен пристап вклучува користење брановоди со нула режим (ZMWs) и микрофабрикувани бунари кои овозможуваат во реално време набљудување на активноста на ДНК полимеразата за време на секвенционирањето. Во рамките на овие ZMWs, ДНК полимеразата на PacBio синтетизира комплементарна нишка на ДНК, генерирајќи долги читања што ја опфаќаат целата мРНК транскрипти. Работата на PacBio во режимот за секвенционирање на кружни консензус (CCS) ја подобрува точноста со постојано секвенционирање на истата молекула. Генерираните читања на HiFi имаат прецизност споредлива со NGS, што дополнително придонесува за сеопфатна и сигурна анализа на сложените транскриптомски карактеристики.
Платформа: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Секвенционирање на еукариотска mRNA-NGS
Секвенционирањето на мРНК, разновидна технологија, го поттикнува сеопфатното профилирање на сите транскрипти на мРНК во клетките под специфични услови. Со своите широки апликации, оваа најсовремена алатка открива сложени профили на генска експресија, генски структури и молекуларни механизми поврзани со различни биолошки процеси. Широко усвоен во фундаменталните истражувања, клиничката дијагностика и развојот на лекови, секвенционирањето на mRNA нуди увид во сложеноста на клеточната динамика и генетската регулација, предизвикувајќи љубопитност за нејзиниот потенцијал во различни области.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Не-референтно секвенционирање на мРНК-NGS
Секвенционирањето на mRNA го поттикнува сеопфатното профилирање на сите транскрипти на mRNA во клетките под специфични услови. Оваа врвна технологија служи како моќна алатка, откривајќи сложени профили на генска експресија, генски структури и молекуларни механизми поврзани со различни биолошки процеси. Широко прифатено во фундаменталните истражувања, клиничката дијагностика и развојот на лекови, секвенционирањето на mRNA нуди увид во сложеноста на клеточната динамика и генетската регулација.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Долго некодирачко секвенционирање-Илумина
Долгите некодирачки РНК (lncRNAs) се подолги од 200 нуклеотиди кои поседуваат минимален потенцијал за кодирање и се клучни елементи во некодирачката РНК. Пронајдени во јадрото и цитоплазмата, овие РНК играат клучна улога во епигенетската, транскрипциската и пост-транскрипциската регулација, нагласувајќи го нивното значење во обликувањето на клеточните и молекуларните процеси. Секвенционирањето на LncRNA е моќна алатка во клеточната диференцијација, онтогенезата и човечките болести.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенционирање на мала РНК-Илумина
Мали РНК (sRNA) молекули, вклучуваат микроРНК (миРНК), мали интерферентни РНК (сиРНК) и РНК што интерактираат со пиви (пиРНК). Меѓу нив, miRNAs, долги околу 18-25 нуклеотиди, се особено значајни за нивните клучни регулаторни улоги во различни клеточни процеси. Со модели на изразување специфични за ткиво и специфични за фаза, miRNAs покажуваат висока конзервација кај различни видови.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенционирање на CircRNA-Илумина
Кружно секвенционирање на РНК (circRNA-seq) е да се профилираат и анализираат кружните РНК, класа на молекули на РНК кои формираат затворени јамки поради не-канонски настани на спојување, обезбедувајќи ја оваа РНК зголемена стабилност. Додека некои цирКРНК се покажаа дека дејствуваат како сунѓери на микроРНК, засекувајќи ги микроРНК и ги спречуваат да ги регулираат целните мРНК, други цирцРНК може да комуницираат со протеините, да ја модулираат генската експресија или да имаат улоги во клеточните процеси. Анализата на експресија на circRNA обезбедува увид во регулаторните улоги на овие молекули и нивното значење во различни клеточни процеси, развојни фази и состојби на болеста, придонесувајќи за подлабоко разбирање на сложеноста на регулацијата на РНК во контекст на генската експресија.
-
Цело секвенционирање на транскриптом – Илумина
Секвенционирањето на целото транскриптом нуди сеопфатен пристап за профилирање на разновидни РНК молекули, опфаќајќи ги кодираните (mRNA) и некодирачките РНК (lncRNA, circRNA и miRNA). Оваа техника го доловува целиот транскриптом на специфични клетки во даден момент, овозможувајќи сеопфатно разбирање на клеточните процеси. Исто така познат како „вкупно секвенционирање на РНК“, има за цел да открие сложени регулаторни мрежи на ниво на транскриптом, овозможувајќи длабинска анализа како што се конкурентна ендогена РНК (цеРНК) и заедничка РНК анализа. Ова го означува почетниот чекор кон функционална карактеризација, особено во разоткривањето на регулаторните мрежи кои вклучуваат цеРНК интеракции базирани на circRNA-miRNA-mRNA.
-
Секвенционирање на имунопреципитација на хроматин (ChIP-seq)
Хроматинската имунопреципитација (CHIP) е техника која ги користи антителата за селективно збогатување на протеините кои се врзуваат за ДНК и нивните соодветни геномски цели. Нејзината интеграција со NGS овозможува геномско профилирање на цели на ДНК поврзани со модификација на хистони, фактори на транскрипција и други протеини кои се врзуваат за ДНК. Овој динамичен пристап овозможува споредување на местата за врзување на различни типови на клетки, ткива или состојби. Апликациите на ChIP-Seq опфаќаат од проучување на транскрипциската регулација и развојните патишта до разјаснување на механизмите на болеста, што го прави неопходен инструмент за разбирање на пејзажите на геномската регулација и унапредување на терапевтските сознанија.
Платформа: Illumina NovaSeq