-
Хроматинска интеракција базирана на Hi-C
Hi-C е метод дизајниран да ја доловува геномската конфигурација со комбинирање на интеракции засновани на блискост и високопропусна секвенца. Методот се заснова на вкрстено поврзување на хроматин со формалдехид, проследено со дигестија и религација на начин што само фрагменти кои се ковалентно поврзани ќе формираат производи за лигатура. Со секвенционирање на овие производи за врзување, можно е да се проучи 3Д организацијата на геномот. Hi-C овозможува проучување на дистрибуцијата на деловите од геномот кои се лесно спакувани (А одделенија, еухроматин) и со поголема веројатност да бидат транскрипциски активни, и регионите кои се поцврсто спакувани (Б оддели, Хетерохроматин). Hi-C, исто така, може да се користи за прецизно одредување на тополошки поврзани домени (TADs), региони на геномот кои имаат преклопени структури и веројатно ќе имаат слични шеми на изразување, како и за идентификување на хроматинските јамки, ДНК регионите кои се закотвени заедно со протеините и кои се често збогатен со регулаторни елементи. Услугата за секвенционирање Hi-C на BMKGene ги овластува истражувачите да ги истражуваат просторните димензии на геномијата, отворајќи нови патишта за разбирање на регулацијата на геномот и нејзините импликации врз здравјето и болестите.
-
Секвенционирање на имунопреципитација на хроматин (ChIP-seq)
Хроматинската имунопреципитација (CHIP) е техника која ги користи антителата за селективно збогатување на протеините кои се врзуваат за ДНК и нивните соодветни геномски цели. Нејзината интеграција со NGS овозможува геномско профилирање на цели на ДНК поврзани со модификација на хистони, фактори на транскрипција и други протеини кои се врзуваат за ДНК. Овој динамичен пристап овозможува споредување на местата за врзување на различни типови на клетки, ткива или состојби. Апликациите на ChIP-Seq опфаќаат од проучување на транскрипциската регулација и развојните патишта до разјаснување на механизмите на болеста, што го прави неопходен инструмент за разбирање на пејзажите на геномската регулација и унапредување на терапевтските сознанија.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвенционирање на бисулфит на целиот геном (WGBS)
Секвенционирањето на бисулфит на целиот геном (WGBS) е методологија со златен стандард за длабинско истражување на метилацијата на ДНК, особено петтата позиција во цитозин (5-mC), клучен регулатор на генската експресија и клеточната активност. Принципот на WGBS вклучува третман со бисулфит, поттикнувајќи конверзија на неметилирани цитозини во урацил (C во U), додека метилираните цитозини остануваат непроменети. Оваа техника нуди резолуција со една основа, дозволувајќи им на истражувачите сеопфатно да го истражат метиломот и да откријат абнормални модели на метилација поврзани со различни состојби, особено со рак. Со користење на WGBS, научниците можат да добијат неспоредлив увид во пејзажите на метилација на геномот, обезбедувајќи нијансано разбирање на епигенетските механизми кои лежат во основата на различните биолошки процеси и болести.
-
Анализа за хроматин достапен до транспозаза со секвенционирање со висок пропусен опсег (ATAC-seq)
ATAC-seq е техника на секвенционирање со висок пропусен опсег што се користи за анализа на пристапност на хроматин ширум геномот. Неговата употреба обезбедува подлабоко разбирање на сложените механизми на глобалната епигенетска контрола над генската експресија. Методот користи хиперактивна Tn5 транспозаза за истовремено фрагментирање и обележување на отворените хроматински региони со вметнување на адаптери за секвенционирање. Последователното засилување на PCR резултира со создавање на библиотека за секвенционирање, која овозможува сеопфатна идентификација на отворените хроматински региони под специфични просторно-временски услови. ATAC-seq обезбедува холистички поглед на пристапните пејзажи на хроматин, за разлика од методите кои единствено се фокусираат на местата за врзување на факторот на транскрипција или специфични региони модифицирани со хистон. Со секвенционирање на овие отворени региони на хроматин, ATAC-seq открива региони со поголема веројатност за активни регулаторни секвенци и потенцијални места за врзување на факторот на транскрипција, нудејќи вредни сознанија за динамичната модулација на генската експресија низ геномот.
-
Секвенционирање на бисулфит со намалена застапеност (RRBS)
Секвенционирање на бисулфит со намалена застапеност (RRBS) се појави како рентабилна и ефикасна алтернатива на секвенционирањето на бисулфит на целиот геном (WGBS) во истражувањето за метилација на ДНК. Додека WGBS обезбедува сеопфатни увиди со испитување на целиот геном со единствена основна резолуција, неговата висока цена може да биде ограничувачки фактор. RRBS стратешки го ублажува овој предизвик со селективна анализа на репрезентативен дел од геномот. Оваа методологија се потпира на збогатување на регионите богати со CpG острови со расцепување MspI проследено со избор на големина на фрагменти од 200-500/600 bps. Следствено, само регионите проксимални до CpG островите се секвенционирани, додека оние со далечни CpG острови се исклучени од анализата. Овој процес, во комбинација со секвенционирање на бисулфит, овозможува откривање на метилација на ДНК со висока резолуција, а пристапот на секвенционирање, PE150, се фокусира конкретно на краевите на влошките наместо на средината, зголемувајќи ја ефикасноста на профилирањето на метилацијата. RRBS е непроценлива алатка која овозможува економично истражување за метилација на ДНК и го унапредува знаењето за епигенетските механизми.
