Топлинска карта
Алатката Heatmap прифаќа датотека со податоци со матрица како влез и им овозможува на корисниците да ги филтрираат, нормализираат и групираат податоците. Примарната употреба за топлинските карти е кластерска анализа на нивото на генска експресија помеѓу различни примероци.
Генска прибелешка
Алатката Gene Annotation врши генска прибелешка врз основа на усогласување на секвенцата на влезните датотеки FASTA во однос на различни бази на податоци.
Основна алатка за пребарување на локално порамнување (BLAST)
Алатката BLAST е интегрирана верзија на BMKCloud на NCBI BLAST и може да се користи за извршување на истите функции користејќи податоци поставени на сметката BMKCloud.
CDS_UTR Предвидување
Алатката за предвидување CDS_UTR е дизајнирана да предвидува региони за кодирање (CDS) и некодирачки региони (UTR) во дадени транскриптни секвенци засновани на резултатите од BLAST наспроти познати протеински бази на податоци и исходи од предвидување ORF.
Заплет на Менхетен
Алатката Manhattan Plot овозможува прикажување на експерименти со голем број примероци и вообичаено се користи во студиите за асоцијација низ целиот геном (GWAS).
Циркос дијаграм
Алатката CIRCOS Diagram обезбедува ефикасна визуелизација за тоа како геномските карактеристики се дистрибуираат низ геномот. Вообичаените карактеристики вклучуваат квантитативни локуси, SNP, InDels, варијанти на структурни и копирани броеви.
Збогатување на генската онтологија (GO).
Алатката GO Enrichment обезбедува функционална анализа на збогатување. Примарниот софтвер во оваа алатка е пакетот TopGO-Bioconductor, кој вклучува анализа на диференцијални изрази, анализа на збогатување GO и визуелизација на резултатите.
Пондерирана мрежна анализа на ко-изразување на гени (WGCNA)
WGCNA е широко користен метод за ископување податоци за откривање на модули за ко-изразување на гени. Тоа е применливо за различни сет на изрази, вклучувајќи податоци за изразување на микрони и NGS ген.
InterProScan
Алатката InterProScan обезбедува анализа и класификација на протеинската секвенца на InterPro.
GO KEGG збогатување
Алатката за збогатување GO KEGG е дизајнирана да генерира хистограм за збогатување GO, хистограм за збогатување KEGG и патека за збогатување KEGG врз основа на обезбедениот генски сет и соодветната прибелешка.