Секвенционирање на целиот геном на растенијата/животините
Карактеристики на услугата
● Подготовката на библиотеката може да биде стандардна или без PCR
● Достапно во 4 платформи за секвенционирање: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 или PacBio Revio.
● Биоинформатска анализа фокусирана на детекција на варијанти: SNP, InDel, SV и CNV
Предности на услугата
●Широка експертиза и евиденција за објавување: Акумулираното искуство во секвенционирањето на геномот за над 1000 видови резултираше со над 1000 објавени случаи со кумулативен фактор на влијание од над 5000.
●Сеопфатна биоинформатичка анализа: Вклучувајќи повици за варијации и прибелешка за функции.
● Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
●Сеопфатна прибелешка: Ние користиме повеќе бази на податоци за функционално да ги прибележиме гените со идентификувани варијации и да ја извршиме соодветната анализа на збогатување, обезбедувајќи увид во повеќе истражувачки проекти.
Спецификации за услуги
| Варијанти кои треба да се идентификуваат | Стратегија за секвенционирање | Препорачана длабочина |
| SNP и InDel | Illumina NovaSeq PE150 или MGI T7 | 10x |
| SV и CNV (помалку прецизни) | 30x | |
| SV и CNV (попрецизни) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV и CNV | PacBio Revio | 10x |
Примерок барања
| Ткиво или екстрахирани нуклеински киселини | Illumina/MGI | Нанопор | PacBio
| ||
| Животински внатрешни органи | 0,5-1 гр | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Животински мускул | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Крв од цицачи | 1,5 мл | ≥ 0,5 mL
| ≥ 5 ml
| ||
| Крв од живина/риба | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,5 mL
| |||
| Растение - свеж лист | 1-2 гр | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Културни клетки |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Меко ткиво од инсекти/Поединец | 0,5-1 гр | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Извлечена ДНК
| Концентрација: ≥ 1 ng/µL Количина: ≥ 30 ng Ограничена или без деградација или контаминација
| Концентрација Износ
OD260/280
OD260/230
Ограничена или без деградација или контаминација
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/проточна ќелија/примерок
1,7-2,2
≥1,5 | Концентрација Износ
OD260/280
OD260/230
Ограничена или без деградација или контаминација | ≥ 50 ng/µL 10 µg/проточна ќелија/примерок
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| Подготовка на библиотека без PCR: Концентрација≥ 40 ng/µL Количина≥ 500 ng | |||||
Тек на услужна работа
Испорака на примероци
Екстракција на ДНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Испорака на податоци
Ја вклучува следната анализа:
- Контрола на квалитет на сурови податоци
- Статистика на усогласување со референтниот геном
- Идентификација на варијанта: SNP, InDel, SV и CNV
- Функционална прибелешка на варијанти
Статистика на усогласување со референтниот геном – дистрибуција на длабочина на секвенционирање
SNP повикува меѓу повеќе примероци
Идентификација на InDel – статистика за должината на InDel во регионот CDS и регионот на целиот геном
Дистрибуција на варијанта низ геномот – Циркос заплет
Функционална прибелешка на гени со идентификувани варијанти – Генска онтологија
Chai, Q. et al. (2023) „Глутатион С-трансфераза GhTT19 ја одредува пигментацијата на цветните ливчиња преку регулирање на акумулацијата на антоцијанинот во памукот“, Plant Biotechnology Journal, 21(2), стр. 433. дои: 10.1111/PBI.13965.
Ченг, Х. и сор. (2023) „Геномот на дивиот Hevea brasiliensis на ниво на хромозом обезбедува нови алатки за геномско потпомогнато размножување и вредни места за подигнување на приносот на гума“, Plant Biotechnology Journal, 21(5), стр. 1058-1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Ли, А. и сор. (2021) „Геномот на остригите на вливот дава увид во влијанието на климата и адаптивната пластичност“, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), стр. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Зенг, Т. и сор. (2022) „Анализата на промените на геномот и метилацијата кај кинеските домородни кокошки со текот на времето обезбедува увид во зачувувањето на видовите“, Communications Biology, 5(1), стр. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
