Секвенционирање на геномот на растенијата/животинските де Ново
Де Новосеквенционирањето се однесува на изградбата на целиот геном на еден вид користејќи технологии за секвенционирање во отсуство на референтен геном. Воведувањето и широкото усвојување на секвенционирање од трета генерација, со подолги читања, значително го подобрија составувањето на геномот со зголемување на преклопувањето помеѓу читањата. Ова подобрување е особено релевантно кога се работи со предизвикувачки геноми, како што се оние кои покажуваат висока хетерозиготност, висок сооднос на повторливи региони, полиплоиди и региони со повторувачки елементи, абнормална содржина на GC или висока сложеност кои обично се слабо составени користејќи секвенционирање на кратко читање. сам.
Нашето едношалтерско решение обезбедува интегрирани услуги за секвенционирање и биоинформатска анализа кои обезбедуваат висококвалитетен de novo склопен геном. Почетното истражување на геномот со Illumina обезбедува проценки на големината и сложеноста на геномот, а овие информации се користат за да се води следниот чекор на долгочитаното секвенционирање со PacBio HiFi, проследено соде новосклопување на контиги. Последователната употреба на склопот на HiC овозможува закотвување на контигите на геномот, со што се добива склоп на ниво на хромозом. Конечно, геномот е означен со генско предвидување и со секвенционирање на изразените гени, прибегнувајќи кон транскриптоми со кратки и долги читања.
Карактеристики на услугата
● Интеграција на повеќекратно секвенционирање и биоинформатички услуги во едношалтерско решение:
Истражување на геномот со Illumina за да се процени големината на геномот и да се насочат следните чекори;
Долго читано секвенционирање заде новосклопување на контиги;
Hi-C секвенционирање за закотвување на хромозомите;
mRNA секвенционирање за анотација на гени;
Валидација на собранието.
● Услуга погодна за изградба на нови геноми или подобрување на постоечките референтни геноми за видови од интерес.
Предности на услугата
Развој на платформи за секвенционирање и биоинформатика воде новосклопување на геномот
(Amarasinghe SL et al.,Биологија на геном, 2020)
●Обемна експертиза и евиденција за објавување: BMKGene има акумулирано огромно искуство во висококвалитетно склопување на геном на различни видови, вклучувајќи диплоидни геноми и високо сложени геноми на полиплоидни и алополиплоидни видови. Од 2018 година, придонесовме за над300 публикации со големо влијание, а над 20 од нив се објавени во Nature Genetics.
● Едношалтерско решение: нашиот интегриран пристап комбинира повеќе технологии за секвенционирање и биоинформатички анализи во кохезивен работен тек, обезбедувајќи висококвалитетен склопен геном.
●Прилагодени на вашите потреби: Нашиот работен тек на услугата е приспособлив, овозможувајќи адаптација за геномите со различни карактеристики и специфични потреби за истражување. Ова вклучува сместување на гигантски геноми, полиплоидни геноми, високо хетерозиготни геноми и многу повеќе.
●Високо квалификуван тим за биоинформатика и лабораторија: со големо искуство и во експерименталниот и во биоинформатичкиот фронт на сложени склопови на геном и низа патенти и софтверски авторски права.
●Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Спецификации за услуги
| Истражување на геномот | Геномски склоп | Ниво на хромозом | Прибелешка за геном |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi чита | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (опционално) Целосна должина на RNA-seq PacBio 40 Gb или Нанопора 12 Gb |
Услуги барања
За истражување на геном, собрание на геном и собрание Hi-C:
| Ткиво или екстрахирани нуклеински киселини | Истражување за геном | Геном собрание со PacBio | Hi-C собрание |
| Животински внатрешни органи | 0,5-1 гр
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Животински мускул | ≥ 5 g | ||
| Крв од цицачи | 1,5 мл
| ≥ 5 ml | ≥2 mL |
| Крв од живина/риба | ≥ 0,5 mL | ||
| Растение - свеж лист | 1-2 гр | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Културни клетки |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Инсект | 0,5-1 гр | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Извлечена ДНК | Концентрација: ≥1 ng/µL Количина ≥ 30 ng Ограничена или без деградација или контаминација | Концентрација: ≥ 50 ng/µL Количина: 10 µg/проточна ќелија/примерок OD260/280=1,7-2,2 OD260/230=1,8-2,5 Ограничена или без деградација или контаминација |
-
|
За прибелешка за геном со транскриптомика:
| Ткиво или екстрахирани нуклеински киселини | Транскриптом на Илумина | Транскриптом на PacBio | Нанопор транскриптом |
| Растение- корен/стебло/ливче | 450 mg | 600 mg | |
| Растение – Лист/Семе | 300 mg | 300 mg | |
| Растение - овошје | 1,2 гр | 1,2 гр | |
| Животинско срце/црево | 300 mg | 300 mg | |
| Животински внатрешни органи/мозок | 240 mg | 240 mg | |
| Животински мускул | 450 mg | 450 mg | |
| Животински коски/коса/кожа | 1 гр | 1 гр | |
| Членконоги - инсекти | 6 | 6 | |
| Членконоги - Ракови | 300 mg | 300 mg | |
| Цела крв | 1 цевка | 1 цевка | |
| Екстрактирана РНК | Концентрација: ≥ 20 ng/µL Количина ≥ 0,3 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Концентрација: ≥ 100 ng/µL Количина ≥ 0,75 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Концентрација: ≥ 100 ng/µL Количина ≥ 0,75 µg OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
(За повеќето примероци, препорачуваме да не се чуваат во етанол.)
Обележување на примерокот: примероците мора да бидат јасно означени и идентични со поднесениот формулар за информации за примероци.
Испорака: сув мраз: примероците прво треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
Работен тек
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на ДНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Комплетна биоинформатска анализа, поделена во 4 чекори:
1) Истражувањето на геномот, врз основа на k-mer анализа со NGS гласи:
Проценка на големината на геномот
Проценка на хетерозиготност
Проценка на повторливи региони
2) Склопување на геном со PacBio HiFi:
Де новосклопување
Проценка на склопот: вклучувајќи анализа на BUSCO за комплетноста на геномот и мапирање на читањата на NGS и PacBio HiFi
3) Hi-C склоп:
Hi-C библиотека QC: проценка на валидни Hi-C интеракции
Hi-C склоп: групирање на контигни во групи, проследено со контигно подредување во секоја група и доделување контигна ориентација
Евалуација на Hi-C
4) Прибелешка за геном:
Некодирачка РНК предвидување
Идентификација на повторливи секвенци (транспозони и повторувања на тандем)
Предвидување на гени
§Де ново: алгоритми ab initio
§ Врз основа на хомологија
§ Врз основа на транскриптом, со долги и кратки читања: се читаде новосклопени или мапирани на нацрт-геномот
§ Прибелешка на предвидените гени со повеќе бази на податоци
1) Истражување на геном- k-mer анализа
2) Собрание на геном
2) Склопување на геном - PacBio HiFi чита мапирање до склопување нацрти
2) Hi-C собрание – проценка на Hi-C валидни парови за интеракција
3) Hi-C Пост-склопување евалуација
4) Прибелешка за геном – интеграција на предвидените гени
4) Прибелешка на геномот – предвидена прибелешка на гени
Истражете ги достигнувањата олеснети од услугите за склопување на геном de novo на BMKGene преку курирана колекција на публикации:
Li, C. et al. (2021) „Геномските секвенци откриваат глобални патишта на распрснување и сугерираат конвергентни генетски адаптации во еволуцијата на морските коњи“, Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. и сор. (2023) „Хромозомските промени во големи размери доведуваат до промени во изразот на ниво на геном, адаптација на животната средина и специација кај гејалот (Bos frontalis)“, Молекуларна биологија и еволуција, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Тијан, Т. и сор. (2023) „Склопување на геном и генетска дисекција на истакната гермплазма на пченка отпорна на суша“, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), стр. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Џанг, Ф. и сор. (2023) „Откривање на еволуцијата на биосинтезата на тропан алкалоид преку анализа на два генома во семејството Solanaceae“, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Предизвикувачки студии на случај:
Склопување теломер-теломер:Фу, А. и сор. (2023) „Склопувањето на геном од теломер до теломер на горчлива диња (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) го открива развојот на овошјето, составот и зреењето генетски карактеристики“, Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Хаплотип склопување:Ху, В. и сор. (2021) 'Геномот дефиниран со алели открива биалелна диференцијација за време на еволуцијата на маниока', Molecular Plant, 14(6), стр. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гигантско собрание на геном:Јуан, Ј. и сор. (2022) „Геномска основа на гига-хромозомите и гига-геномот на дрвото божур Paeonia ostii“, Nature Communications 2022 13:1, 13(1), стр. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Полиплоидно склопување на геном:Zhang, Q. et al. (2022) „Геномски увиди во неодамнешното намалување на хромозомите на автополиплоидната шеќерна трска Saccharum spontaneum“, Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), стр. 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
