PacBio 2+3 Целосна должина на mRNA решение
Карактеристики
● Дизајн на студијата:
Здружен примерок секвенциониран со PacBio за да се идентификуваат изоформите на транскриптот
Одделни примероци (реплики и услови што треба да се тестираат) секвенционирани соNGS за квантифицирање на изразот на препис
l Секвенционирање на PacBio во режим CCS, генерирање читања на HiFi
● Редоследување на целосните транскрипти
● Анализата не бара референтен геном; сепак може да се вработи
● Биоинформатската анализа вклучува не само изразување на ниво на ген и изоформа, туку и анализа на lncRNA, фузија на гени, полиаденилација и генска структура
Предности
● Висока прецизност: HiFi чита со прецизност >99,9% (Q30), споредливо со NGS
● Алтернативна анализа на спојување: секвенционирањето на сите транскрипти овозможува идентификација и карактеризација на изоформите.
● Комбинација на јаки страни на PacBio и NGS: овозможување квантификација на изразување на ниво на изоформа, откривање на промена која може да се маскира кога се анализира целата генска експресија
● Широка експертиза: со досие за завршување на преку 1100 целосни проекти за транскриптом на PacBio и обработка на над 2300 примероци, нашиот тим носи богато искуство за секој проект.
● Пост-продажна поддршка: нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Примерок барања и испорака
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Библиотека CCS со mRNA збогатена со PolyA | Продолжение на PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 М CCS | Q30≥85% |
| Поли А збогатен | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Нуклеотиди
|
| Конк.(ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| Библиотека Илумина | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | За растенија: RIN≥4,0; За животни: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или без основна елевација |
| Библиотека PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | Растенија: RIN≥7,5 Животни: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или без основна елевација |
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3; Б1, Б2, Б3.
Испорака:
1. Сув мраз:Примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2. РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Ја вклучува следната анализа:
Контрола на квалитетот на необработените податоци
Алтернативна полиаденилација анализа (АПА)
Фузија транскрипт анализа
Алтернативна анализа на спојување
Анализа на универзални единечни ортолози (BUSCO) за споредување
Анализа на нов транскрипт: предвидување на секвенци за кодирање (CDS) и функционална прибелешка
lncRNA анализа: предвидување на lncRNA и цели
Микросателитска идентификација (SSR)
Анализа на диференцијално изразени транскрипти (DETs).
Анализа на диференцијално изразени гени (DEGs).
Функционална прибелешка на DEG и DET
BUSCO анализа
Алтернативна анализа на спојување
Алтернативна полиаденилација анализа (АПА)
Диференцијално изразени гени (DEGs) и транскрипти (анализа на DETs9).
Мрежи за интеракција протеин-протеин на DET и DEG
Истражете ги достигнувањата олеснети со секвенционирањето на мРНК со целосна должина PacBio 2+3 на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Chao, Q. et al. (2019) „Развојната динамика на транскриптомот на стеблото на Популус“, списание за биотехнологија на растенијата, 17(1), стр. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Денг, Х. и сор. (2022) „Динамички промени во содржината на аскорбинска киселина за време на развојот и зреењето на плодовите на Actinidia latifolia (овошна култура богата со аскорбат) и поврзаните молекуларни механизми“, Меѓународен весник за молекуларни науки, 23(10), стр. 5808. дои: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Хуа, Х. и сор. (2022) „Ефективно предвидување на гените на биосинтетичките патишта вклучени во биоактивни полифилини во париската полифила“, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стр. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Лиу, М. и сор. (2023) 'Комбинирана PacBio Iso-Seq и Illumina RNA-Seq анализа на гените Tuta absoluta (Meyrick) и цитохром P450', Инсекти, 14(4), стр. 363. дои: 10.3390/ИНСЕКТИ14040363/С1.
Ванг, Лиџун и сор. (2019) „Истражување на сложеноста на транскриптомите користејќи анализа на единечна молекула на PacBio во реално време, комбинирана со секвенционирање на РНК на Илумина за подобро разбирање на биосинтезата на рицинолеинската киселина во Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), стр. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
