Не-референтно секвенционирање на мРНК-NGS
Карактеристики
● Фаќање на поли mRNA пред подготовка на библиотеката
● Независен од кој било референтен геном: врз основа на de novo склопување на транскрипти, генерирање листа на унигени кои се нотирани со повеќе бази на податоци (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Сеопфатна биоинформатска анализа на генската експресија и структурата на транскриптот
Предности на услугата
●Широка експертиза: со досие за обработка на над 600.000 примероци во BMKGENE, кои опфаќаат различни типови примероци како што се клеточни култури, ткива и телесни течности, нашиот тим носи богато искуство во секој проект. Успешно затворивме над 100.000 mRNA-Seq проекти во различни истражувачки домени.
●Ригорозна контрола на квалитетот: ги имплементираме основните контролни точки во сите фази, од подготовка на примерок и библиотека до секвенционирање и биоинформатика. Овој прецизен мониторинг обезбедува испорака на конзистентно висококвалитетни резултати.
● Сеопфатна прибелешка: користиме повеќе бази на податоци за функционално да ги прибележиме диференцијално изразените гени (DEG) и да ја извршиме соодветната анализа на збогатување, обезбедувајќи увид во клеточните и молекуларните процеси кои се во основата на одговорот на транскриптом.
●Пост-продажна поддршка: нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Примерок барања и испорака
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачани податоци | Контрола на квалитет |
| Поли А збогатен | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Барања за примероци:
Нуклеотиди:
| Конк.(ng/μl) | Количина (μg) | Чистота | Интегритет |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација на протеини или ДНК е прикажана на гелот. | За растенија: RIN≥4.0; За животни: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или без основна елевација |
● Растенија:
Корен, стебло или ливче: 450 mg
Лист или семе: 300 mg
Овошје: 1,2 гр
● Животно:
СРЦЕ или ЦРЕВА: 300 mg
Висцера или мозок: 240 mg
Мускули: 450 mg
Коски, коса или кожа: 1гр
● Членконоги:
Инсекти: 6гр
Рака: 300 mg
● Цела крв: 1 цевка
● Клетки: 106 клетките
Препорачана испорака на примероци
Контејнер: Цевче за центрифуга од 2 ml (не се препорачува лимена фолија)
Обележување на примерокот: Група+реплика на пр. A1, A2, A3; Б1, Б2, Б3.
Испорака:
1. Сув мраз: примероците треба да се пакуваат во вреќи и да се закопаат во сув мраз.
2. РНК стабилни цевки: РНК примероците може да се сушат во епрувета за стабилизација на РНК (на пр. RNAstable®) и да се испратат на собна температура.
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Екстракција на РНК
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
Биоинформатика
Склопување на транскриптом и избор на униген
Unigene прибелешка
Примерок корелација и проценка на биолошки реплики
Диференцијално изразени гени (DEGs)
Функционална прибелешка на DEG
Функционално збогатување на DEGs
Истражете ги достигнувањата олеснети од услугите за секвенционирање на еукариотски NGS mRNA на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Шен, Ф. и сор. (2020) „Склопување на транскриптом de novo и генска експресија пристрасна кон полот во гонадите на сом Амур (Silurus asotus)“, Геномикс, 112 (3), стр. 2603-2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Транскриптомска анализа на метаболизмот на сахароза за време на отекување и развој на сијалицата кај кромидот (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (септември), стр. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) „De novo склопување, карактеризација и прибелешка за транскриптомот на Sarcocheilichthys sinensis“, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo транскриптомната анализа обезбедува увид во толеранцијата на сол на Podocarpus macrophyllus под стрес на соленост', BMC Plant Biology, 21(1), стр. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/СЛИКИ/9.
