Комплексните и променливи алтернативни изоформи во организмите се важни генетски механизми за регулирање на изразот на гени и разновидност на протеините. Точната идентификација на структурите на транскриптите е основа за детална студија на моделите на регулирање на изразот на гени. Платформата за секвенционирање на нанопоре успешно донесе транскриптомска студија на ниво на изоформ. Оваа платформа за анализа е дизајнирана да ги анализира податоците за РНК-сек генерирани на нанопоре платформата врз основа на референтен геном, која постигнува квалитативни и квантитативни анализи и во ниво на гени и на ниво на транскрипти.