Нанопор Транскриптом со целосна должина

Секвенционирањето на транскриптом со нанопори е моќен метод за секвенционирање на cDNA со целосна должина, прецизно идентификување и квантифицирање на изоформите на транскриптот. Нафтоводот за транскриптом со целосна должина на BMKCloud Nanopore е дизајниран да ги анализира податоците од RNA-Seq генерирани на платформата Nanopore наспроти висококвалитетен добро забележан референтен геном, обезбедувајќи квалитативна и квантитативна анализа и на ниво на ген и на транскрипт. По контролата на квалитетот, се добиваат нехимерични (FLNC) секвенци со целосна должина и се мапираат консензусните секвенци на референтниот геном за да се отстранат вишокот транскрипти. Од овој сет на транскрипти, изразувањето се квантифицира и диференцијално изразените гени и транскриптите се идентификуваат и функционално се забележуваат. Гасоводот, исто така, вклучува анализа на алтернативна полиаденилација (APA), анализа на алтернативна спојување, анализа на едноставна секвенца повторување (SSR), предвидување на lncRNA и соодветните цели, предвидување на секвенци за кодирање (CDS), анализа на семејството на гени, анализа на факторите на транскрипција, предвидување на нови гени и функционална прибелешка на транскриптите.