l Достапни се два егзома панели врз основа на збогатување на целта со сонди: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) и xGen Exome хибридизациски панел v2 (IDT).
● Секвенционирање на Illumina NovaSeq.
● Биоинформатички цевковод насочен кон анализа на болеста или анализа на туморот.
●Цели на регионот за кодирање на протеини: Со фаќање и секвенционирање на протеинските кодирани региони, hWES се користи за откривање на варијанти поврзани со структурата на протеините.
●Ефективно:hWES дава приближно 85% од мутациите поврзани со човечки болести од 1% од човечкиот геном.
●Висока прецизност: Со голема длабочина на секвенционирање, hWES го олеснува откривањето и на вообичаените и на ретки варијанти со фреквенции помали од 1%.
●Ригорозна контрола на квалитетот: Ние имплементираме пет основни контролни точки во сите фази, од подготовка на примерок и библиотека до секвенционирање и биоинформатика. Овој прецизен мониторинг обезбедува испорака на конзистентно висококвалитетни резултати.
●Сеопфатна биоинформатичка анализа: нашиот цевковод оди подалеку од идентификување варијации на референтниот геном, бидејќи вклучува напредна анализа дизајнирана конкретно да одговори на истражувачките прашања поврзани со генетските аспекти на болестите или анализата на туморот.
●Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
Exon Capture Strategy | Стратегија за секвенционирање | Препорачан излез на податоци |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) или xGen Exome хибридизациски панел v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 GB За менделови нарушувања/ретки болести: > 50x За примероци од тумор: ≥ 100x |
Тип на примерок
| Износ(Qubit®)
| Концентрација | Волумен
| Чистота (NanoDrop™) |
Геномска ДНК
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 без деградација, без контаминација
|
Биоинформатската анализа на примероците од hWES-болест вклучува:
● КК на податоци за секвенционирање
● Порамнување на референтен геном
● Идентификација на SNP и InDels
● Функционална прибелешка на SNP и InDels
Биоинформатската анализа на примероците на туморот вклучува:
● КК на податоци за секвенционирање
● Порамнување на референтен геном
● Идентификација на SNP, InDels и соматски варијации
● Идентификација на герминативни варијанти
● Анализа на потписи на мутации
● Идентификација на погонски гени врз основа на мутации со зголемување на функцијата
● Прибелешка за мутација на ниво на чувствителност на лекови
● Анализа на хетерогеност – пресметка на чистота и плоидија
Податоци КК - Статистика за снимање на Exome
Идентификација на варијанта – InDels
Напредна анализа: идентификација и дистрибуција на штетни SNP/InDels – заплет Circos
Анализа на тумори: идентификација и дистрибуција на соматски мутации – Циркос заплет
Анализа на тумор: клонални линии