Геном заснован на Hi-C
Hi-C е метод дизајниран да ја долови конфигурацијата на хромозомот со комбинирање на интеракции засновани на блискост и секвенционирање со висок пропус. Се верува дека интензитетот на овие интеракции е негативно корелиран со физичкото растојание на хромозомите. Затоа, податоците на Hi-C се користат за водење на групирање, подредување и ориентирање на собраните секвенци во нацрт геномот и прицврстување на тие на одреден број хромозоми. Оваа технологија го зајакнува геномот на ниво на хромозом во отсуство на генетска карта заснована на популација. На секој геном му треба Hi-C.
Карактеристики на услугата
● Секвенционирање на Illumina NovaSeq со PE150.
● Услугата бара примероци од ткиво, наместо екстрахирани нуклеински киселини, да се вкрстат со формалдехид и да ги зачуваат интеракциите ДНК-протеин.
● Експериментот Hi-C вклучува ограничување и поправка на крајот на лепливите краеви со биотин, проследено со кружење на добиените тапи краеви додека се зачувуваат интеракциите. ДНК потоа се влече надолу со стрептавидински зрна и се прочистува за последователна библиотечна подготовка.
Предности на услугата
Преглед на Hi-C
(Либерман-Ајден Е и др.,Науката, 2009)
●Елиминирање на потребата од генетски податоци за популацијата:Hi-C ги заменува основните информации потребни за постојано прицврстување.
●Висока густина на маркер:што доведува до висок сооднос на закотвување над 90%.
●Широка експертиза и евиденција за објавување:BMKGene има огромно искуство со повеќе од 2000 случаи на склопување на геном Hi-C од 1000 различни видови и различни патенти. Над 200 објавени случаи имаат акумулативен импакт фактор од над 2000.
●Високо квалификуван тим за биоинформатика:со внатрешни патенти и софтверски авторски права за Hi-C експерименти и анализа на податоци, софтверот за податоци за визуелизација што самостојно го развил овозможува рачно преместување, превртување, отповикување и повторно правење блокови.
●Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
●Сеопфатна прибелешка: користиме повеќе бази на податоци за функционално да ги прибележиме гените со идентификувани варијации и да ја извршиме соодветната анализа на збогатување, обезбедувајќи увид за повеќе истражувачки проекти.
Спецификации за услуги
| Подготовка на библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачан излез на податоци | Контрола на квалитет |
| Hi-C библиотека | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Примерок барања
| Ткиво | Потребна сума |
| Животински внатрешни органи | ≥ 2 g |
| Животински мускул | |
| Крв од цицачи | ≥ 2 mL |
| Крв од живина/риба | |
| Растение - свеж лист | ≥ 3 g |
| Културни клетки | ≥ 1x107 |
| Инсект | ≥ 2 g |
Тек на услужна работа
Дизајн на експеримент
Испорака на примероци
Изградба на библиотека
Секвенционирање
Анализа на податоци
Услуги по продажба
1) Сурови податоци КК
2) Hi-C библиотека QC: проценка на валидни Hi-C интеракции
3) Hi-C склоп: групирање на контиги во групи, проследено со контигно подредување во секоја група и доделување контигна ориентација
4) евалуација на Hi-C
Hi-C Library QC – проценка на Hi-C валидни парови за интеракција
Hi-C собрание – статистика
Евалуација по склопување – топлинска карта на интензитетот на сигналот помеѓу корпите
Истражете ги достигнувањата олеснети од услугите за склопување Hi-C на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Тијан, Т. и сор. (2023) „Склопување на геном и генетска дисекција на истакната гермплазма на пченка отпорна на суша“, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), стр. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Ванг, ЗЛ и сор. (2020) „Склопување на хромозомска скала на азискиот геном на медоносна пчела Apis cerana“, Граници во генетиката, 11, стр. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Џанг, Ф. и сор. (2023) „Откривање на еволуцијата на биосинтезата на тропан алкалоид преку анализа на два генома во семејството Solanaceae“, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) „Геномите на дрвото Банјан и опрашувачот на осата обезбедуваат увид во коеволуцијата на Fig-Wasp“, Cell, 183(4), стр. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
