Хроматинска интеракција базирана на Hi-C
Карактеристики на услугата
● Секвенционирање на Illumina NovaSeq со PE150.
● Услугата бара примероци од ткиво, наместо екстрахирани нуклеински киселини, да се вкрстат со формалдехид и да ги зачуваат интеракциите ДНК-протеин.
● Експериментот Hi-C вклучува ограничување и поправка на крајот на лепливите краеви со биотин, проследено со кружење на добиените тапи краеви додека се зачувуваат интеракциите. ДНК потоа се влече надолу со стрептавидински зрна и се прочистува за последователна библиотечна подготовка.
Предности на услугата
●Дизајн на оптимален ензим за ограничување: за да се обезбеди висока Hi-C ефикасност кај различни видови со до 93% валидни парови на интеракција.
●Широка експертиза и записи за објавување:BMKGene има огромно искуство со >2000 проекти за секвенционирање Hi-C од 800 различни видови и различни патенти. Над 100 објавени случаи со акумулативен импакт фактор од над 900.
●Високо квалификуван тим за биоинформатика:со внатрешни патенти и софтверски авторски права за експерименти и анализа на податоци Hi-C и софтвер за податоци за визуелизација што е развиен самостојно.
●Поддршка по продажбата:Нашата посветеност се протега надвор од завршувањето на проектот со 3-месечен период на услуга по продажбата. Во ова време, нудиме следење на проектот, помош за решавање проблеми и сесии за прашања и одговори за да одговориме на какви било прашања поврзани со резултатите.
●Сеопфатна прибелешка: користиме повеќе бази на податоци за функционално да ги прибележиме гените со идентификувани варијации и да ја извршиме соодветната анализа на збогатување, обезбедувајќи увид за повеќе истражувачки проекти.
Спецификации за услуги
| Библиотека | Стратегија за секвенционирање | Препорачан излез на податоци | Резолуција на сигналот Hi-C |
| Hi-C библиотека | Illumina PE150 | Хроматинска јамка: 150x TAD: 50x | Хроматинска јамка: 10 Kb TAD: 40 Kb |
Услуги барања
| Тип на примерок | Потребна сума |
| Животинско ткиво | ≥ 2 g |
| Цела крв | ≥2mL |
| Габи | ≥ 1 g |
| Растително-младо ткиво | 1 g/aliquot, препорачани 2-4 аликвоти |
| Културни клетки | ≥ 1x107 |
Ја вклучува следната анализа:
● КК на сурови податоци;
● КК на библиотека за мапирање и Hi-C: валидни парови на интеракција и експоненти на распаѓање на интеракција (IDE);
● Профилирање на интеракција на ниво на геном: cis/trans анализа и мапа на интеракција Hi-C;
● Анализа на распределбата на A/B одделот;
● Идентификација на TAD и хроматински јамки;
● Диференцијална анализа на елементите на структурата на 3Д хроматин меѓу примероците и соодветната функционална прибелешка на придружните гени.
Cis и транспропорционална дистрибуција
Топлинска карта на хромозомски интеракции помеѓу примероците
Дистрибуција на A/B оддели низ целиот геном
Дистрибуција на хроматински јамки низ целиот геном
Визуелизација на TADs
Истражете го напредокот во истражувањето олеснет од услугите за секвенционирање Hi-C на BMKGene преку курирана колекција на публикации.
Менг, Т. и сор. (2021) „Компаративна интегрирана мулти-омична анализа го идентификува CA2 како нова цел за хордома“,Невро-онкологија, 23 (10), стр. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Ксу, Л. и сор. (2021) „3Д дезорганизацијата и преуредувањето на геномот обезбедуваат увид во патогенезата на NAFLD со интегрирано секвенционирање Hi-C, Nanopore и RNA“,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), стр. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
